研究發現，醫院醫改管理中的必然選擇是提高醫院的財務管理水平。財務管理水平的提高是通過對預算管理的整體調控和醫學治療資源的在各個方面的全面運用實現的。
1、醫院全面預算管理當前情況的分析
在內控中有著及其重要作用的全面預算管理是面向未來，擁有控制，激勵和考評作用的綜合性的管理型的工具。在實際的全面預算管理中，大多數的醫院由于國家經濟體制改革的影響和國家經濟體制改革的限制，存在著不少的問題，主要包括有以下幾個問題
1.1預算管理主體模糊問題。根據醫院預算管理規定，醫院按國家這方面的相關政策，結合醫院的數據，將公立醫院的預算分析，測量運算，編制和審議，向主管部門匯報，經過衛生部門的審核，再向財政部門申報，申報成功后再讓下面各級的公立醫院執行預算情況。預算主體不僅醫院，還包括主管部門和財政部門等部門。主管部門的主要工作是監督和考察醫院的執行預算過程，醫院會依據其執行結果綜合目標進行考核。作為國有財政管理部門，財政部門也要對預算執行結果制定相關的考評和獎賞的方案。
1.2預算編制方法單一問題。現在很多的公立的醫院按照財務部門的預算編制要求，參考對照以往的財務數據的每年平均增長的比率，經過推算來編寫制定本年度的預算數據。因為沒有結合醫院本身在未來的發展情況，政治變化和醫療的動態，這種方法所得出的預算結果中存在著比較差的精確度，沒辦法使得醫院制度得到比較好的控制，沒辦法達到使醫院得到現代化管理的要求。
1.3預算編制內容片面問題。很多醫院編制內容不全面是因為沒嚴格規劃醫院的現金流量支出、資產負債支出、損益支出、資本支出等一系列預算支出，只編制了財務業務收支單一方面的預算支出。財務業務收支預算只重視財務的量化指標，沒辦法實現對醫院的人力資源、資金、業務、信息、治理等實際問題的較為全面的反映，對于醫院發展的控制和計劃太過簡單，很多必要的內容比如分析評估和預算編制的執行都是缺乏的。在醫院預算內容上，新的醫院財務制度要求在常規的預算內容基礎上還應該考慮醫療風險、病種成本、人員項目、公共衛生項目、高值耗材等預算管理內容。
1.4預算執行監督匱乏問題。執行和控制措施脫節是醫院在預算執行環節上控制監督體制沒有的到完善的主要表現，導致預算管理流于形式。當發現兩者存在較大偏差時及時找到具體的源頭并且找到相應的解決方法，完善全面預算執行控制措施。
1.5預算考評激勵不足問題。建立全面的預算考評激勵機制是保證醫院全面預算順利實現的有效方法。由于醫院所做的預算結果一般沒有被人像預算編制一樣重視，醫院各種項目因為缺少最基本的預算考評機構、指標和制度而不受預算控制。
1.6照搬模式普遍存在問題。當前涉及到醫院管理制度的制度比較少，主要有《醫院財務制度》和《醫院會計制度》等，存在一些情況是一些醫院的全面預算管理是模仿先進醫院的，并沒有根據自己醫院的實際進行修改，這樣會導致其全面預算形同虛設。
1.7預算編制方法單一問題。很多醫院都采用傳統的全面預算編制方法，基本上的模式是有上年完成數+增長率，運用現代預算編制方法如動態預算法、零基礎預彈性預算法等比較少，預算程序效率較低。
1.8全程性不足問題。醫院全面預算不僅要制定完畢然后執行，還要監控執行的全過程，當出現問題的時候進行及時的預算調控。而一些醫院存在的問題是沒對預算執行情況系統進行分析和監控，沒有把醫院科室核算與預算執行考察有機地結合，沒有建立必須的責任會計核算體系，使得預算失去其最根本的作用，質量比較低。
1.9沒能做到所有成員都參與問題。醫院全面預算管理應關注各個組成部門的協調性，合理配置資源，結合從下到上、從上到下兩個過程，聚集所有員工參與編制過程。當前很多醫院只中重視財務的收入和支出的量化預算而忽略非財務性的非量化預算。
2醫院全面預算治理管理方法
2.1明確醫院全面管理的理念。目前醫院發展的重要形式和完善醫療質量的重要方法是全面預算管理。主要的流程是建立其戰略性位置的理念，在統一理念后，然后再確定發展方向，增強其核心競爭能力使得預算管理的計劃監督和執行力得到更好的發揮，使醫院得到更好的發展。
2.2建立分級預算管理組織體系。醫院預算目標的根本保證是全面的預算管理。醫院需要建立一個由所有科室都涵蓋的全面預算管理機構，該機構是一個有著一定的決策能力的全面預算管理組織。該組織體系有三級，第一級組織體系主要包括院長和有關的科室主任，第二級組織體系主要包括計劃財務部門主任和科室人員，第三級組織體系主要包括醫院職能科室人員，每個科室都有對應的預算管理工作人員。每一級組織體系都有各自的相應的職能。
2.3確立合理科學預算的編制方法。要實現科學性與合理化，醫院預算編制第一步要平衡收支，用收入額確定支出額，以前幾年的收支情況為參考，結合當前的具體情況，突出重點，統籌兼顧。第二步要按不同的口徑在多個層次上分類核算，可按工作量、患者性質、病鐘、科室、項目等在不同角度和層次上制定出預算管理的具體方法。
2.4構建醫院全面預算考評機制。在管理中，醫院全面預算考評機制的作用是承上啟下作用。為建立完整的預算考評機制，各部門按全面預算對資源的分配和調控的完成情況和進度制定出相關的考核標準和核查制度。要把全面預算管理列入醫院的業績考核體系內，監督控制全面預算管理的實施全程，一步一步加強預算效果的考評，并在該基礎上不斷發展。考評的結果要對員工起到較大的監督和鼓勵作用，要同醫院績效考核相聯系。
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