審計風險既有主觀原因也存在客觀和審計方法自身的原因。就外部控制制度而言，即通過制訂、完善與注冊會計師相關法律法規體系，進一步完善獨立審計準則體系，加強現代企業管理制度的執行等措施來降低注冊會計師的審計風險。內部控制制度，主要是注冊會計師有從事的審計業務即對合計會計報表的審計過程來實現。一般包括：審計準備、審計實施和審計終結三個階段。由于審計風險始終貫穿其中，因此，有效地控制審計風險必須控制審計的三個階段。
一、審計準備階段審計風險的控制
審慎選擇被審單位，選擇一個好被審單位在很大程度上可以減少或部分降低審計風險。在決定承辦審計事項后，為了做好審計計劃工作，會計師應充分了解被審單位的經營業務及所屬行業的基本情況，以便弄清楚對會計報表具有重大影響的事項、交易及慣例。認真調查了解被審單位的內部控制制度。對被審單位的內控制度進行評價時，首先要調查了解被審單位的內控制度的執行情況，并做好記錄；其次，要對被審單位的內控制度實施符合性測試程序，證實有關內部控制制度的設計和執行效果；第三，要對被審單位內控制度的強弱程度進行評價，即評價被審單位的控制風險水平的高低。
若內控制度執行得好的被審單位，相應的控制風險也較低，反之亦然。了解被審單位內控制度的實施情況，可以確定在內控制薄弱的領域擴展審計程序，以便在實質性測試過程中采取相應的對策來降低審計風險。與業務委托人簽訂明確的審計業務約定書，并取得其管理當局聲明書。審計業務約定書具有法律效力，它是確定會計師事務所與委托人之間權利和義務的重要文件。它規定了所執行業務的性質、審計對象、雙方的 責任 即會計 責任 和審計 責任 等事項。被審單位管理當局聲明書是一份表明其對所提供的會計報表及相關資料的真實性，并對審計工作不加以限制的書面證明，這對減輕注冊會計師的審計風險具有十分重要的作用。
二、審計實施階段審計風險控制
根據審計計劃確定的范圍、重點、步驟和方法等，進行取證、評價，借以形成審計結論，這是實現審計目標的中間環節。它是審計全過程的中間不可缺少的步驟，其主要工作應包括：對被審單位內控制度的建立和遵守情況進行符合性測試，根據測試結果修訂審計 計劃；對會計報表項目的數據進行實質性測試，根據其測試結果進行評價、鑒定。在這一階段中，注冊會計師不可能把全部的錯誤事項都審計出來，所以審計風險總是存在的。這就要求注冊會計師自己應嚴格遵循專業標準的要求執業，時刻保持慎重的警惕，盡量降低審計風險。
在審計過程中，注冊會計師應特別注意以下幾點：
(1)對于接近資產負債表日的大量產品銷售收入應執行有關的審計程序；
(2)對資產負債表日后一段 時間 的有關業務的執行必要的審計程序；
(3)公司的經營突然與一貫方式不同(可能有其實際上的需要，企業為適應環境的變化)，但注冊會計師必須謹防經營者借改變經營方式創造虛假的利潤；
(4)對于收益的確認必須注意有無其他附帶條件存在；
(5)對于不尋常或不合常規的交易，應保持謹慎態度，只憑合同上的法律文字或條款是不夠的，注冊會計師需憑其敏銳的專業嗅覺，對于合同條款加以認真仔細查核。對于合同上未列示的可能附帶的約定，應保持高度警覺。
在注冊會計師注意到表明可能存在違法行為的跡象時，他應獲取對這種行為及其產生環境的了解，并獲取充分、適當的審計證據來評價它對財務報表的可能影響。在進行這種評價時，注冊會計師應當考慮：
(1)潛在的財務后果。如罰款、刑事處罰、被沒收財務的損失、強制停業及訴訟等；
(2)是否要求揭示潛在的財務后果；
(3)潛在的財務后果是否嚴重，以致對財務報表的真實性和公允性產生了影響。此外，注冊會計師在發展被審計單位內控制度存在重大缺陷時，應將他的發現記錄工作底稿中(包括取得記錄底稿和文件的副本)，并與管理部門交換意見。甚至，在認為必要時，應向管理當局出具管理建議書。
三、審計終結階段審計風險控制
出具審計報告、作出審計結論和決定是審計的終結階段，即審計的最后階段。因為會計師事務所不同于一般的企業，審計質量是會計師事務所整體工作的生命線。如果一個會計師事務所質量不嚴，很有可能因某一個或一個部門的原因導致整個會計師事務所遭受滅頂之災。所以，在審計工作底稿編制成后，在簽發審計報告前，通過一定的程序、經過多層次的復核顯得十分必要。通過對審計工作底稿的復核，可以減少或消除人為的審計誤差，可以降低審計風險，提高審計質量。另外，在出具審計報告之前還應與客戶交換意見、進行溝通，使雙方達成共識，減少矛盾的發生。
四、審計風險控制還應采取的防范措施
(一)注重重要性問題。重要性與審計風險是注冊會計師必須慎重考慮的兩個問題，對不影響會計報表客觀、真實的次要事項，可以適當忽略。注冊會計師必須將重要性重化后運用于整個審計過程中，合理解決好它們之間的矛盾，這樣可以更有效地控制審計風險。
(二)防止或減少訴訟失敗所造成的損失。會計師事務所應當按照規定建立職業風險基金，辦理 職業 保險。
(三)聘請法律顧問。會計師事務所應聘請熟悉相關法規和注冊會計師法律責任的律師擔當其法律顧問。
(四)注重學習新知識。注冊會計師有取得執業資格后，還需要不斷學習，補充新的知識，跟上經濟發展的步伐。
