從本質上來講，預算外資金是統收統支的財政體制下產生的一種畸形產物，其設置的根本目的在于在高度集中的財務體制之下，地方企事業單位為了獲得一定的財務自主權而進行的一種變通，一定程度上調動他們理財的積極性。近些年來，隨著行政事業單位預算外資金的不斷增長，該部分游離于預算外的資金和我國的財政體制改革存在著一定的沖突和矛盾，對公共財政體制的建設工作帶來了一定的麻煩，需要針對這些問題加以改善和解決。
一、行政事業單位預算外資金的作用
預算外資金形成于我國建國初期，適用于高度集中的計劃經濟時期，它的存在有其歷史必然性和必要性，它在我國的經濟發展中曾起到十分積極的作用。
(一)調動地方行政事業單位工作積極性
由于預算外資金和國家預算的那種“一經核定、不得隨意變更”的固定特征不同，部門、地方以及單位對于預算外的資金具有一個比較高的靈活使用性，能夠通過機動靈活的方式滿足單位的各種需要。由于該部分資金的多少、使用效率和分配等都和單位自身的利益密切相關，所以在使用過程中，地方行政單位都會予以密切的關注，在資金的使用效果和使用責任等方面都有較強的責任心，確保了行政單位必要的財力。
(二)有效彌補預算內資金的不足
由于近些年來，國家的建設項目多、規模浩大，導致國家的財政負擔很重，資金的需求與支出之間存在著較大的缺口。而預算外資金可以將這些零散的資金置于預算之外，使得地方行政事業單位可以通過自己的支配來獲得這些資金，通過因地制宜的方式靈活的解決一些國家預算管理不到而又必須發展的項目和事業。通過這種方式可以有效的彌補預算內資金的不足，解決全局性的需要要求。
二、行政事業單位預算外資金存在的問題
隨著社會經濟的進一步發展，經濟體制的不斷變革，預算外資金的大量存在，逐漸暴露出預算外資金管理制度不配套，措施不到位等弊端。
(一)預算外資金的收入缺乏有效的監管
當前預算外資金的收入一般是單位報多少，財政就審批多少。這主要是由于預算外收入是通過單位來進行，之后上繳到財政專門賬戶上，至于上繳的多少則完全由單位的自覺性來控制，財政還缺乏一個有效的監管辦法。從目前的情況來看，雖然已經出臺了關于預算外資金管理制度來對這部分資金進行加強與管理，但是地方單位對資金的瞞報、少報、截留、挪用以及坐收、支預算外資金的現象依然較為普遍。缺乏一個有效的管理手段導致財政部門難以準確的對預算外資金進行核算。
(二)缺乏對預算外資金支出的監管
預算外資金由于缺乏一個有效的管理和引導，容易導致對預算外資金
的分散性以及收支的自由性的問題。這時，就容易導致預算外資金的亂收亂支的問題。預算外資金的混亂在一定程度上導致了財政資金額的，有違財政資金的正常使用和流動，導致“用于正常建設的資金不能迅速的到位用于資金的支出和投資，導致財政資金不足”的問題。這些資金的泛濫不但影響到了社會資金的正常流動，導致財政資金的整體效益下降，同時還使得自身的使用效益和極大的下降。
(三)資金協調與監督檢查工作缺位
在一定程度上講，對預算外資金進行管理和規范時對單位既得利益集團的威脅，在實施的過程中必將會受到多方的阻礙。加之人們在觀念上對預算外資金的管理和規范的認識方面存在著一定的偏差，同時在管理方面缺乏應有的剛性，容易導致管理關系的欠規范。違紀檢查的力度不夠、處罰不到位等，都容易導致一些單位存在著僥幸、鉆漏洞的心理，容易出現“上有政策、下有對策”的違紀現象。
三、行政事業單位預算外資金問題應對策略
當前形勢下，由于國家預算外資金的性質發生了根本的變化，預算外資金的管理權限屬于國家，因此在針對預算外資金的管理過程中，應該采取一些針對性的措施予以解決。
(一)建立健全各項財務規章制度
加強制度建設，明確各種收入的項目及費標準，對各單位的收費管理，一律實行收支兩條線，嚴格收入渠道，以防亂收亂攤，堅持定期檢查、定期審計。
(二)采用信息手段，實現預算外資金管理工作的網絡化
在進行預算外資金的管理過程中，其中的一項重要工作就是要進行預算外資金收入方面的管理工作，實現應收盡收的目的。在管理的過程中，應該將收費票據作為監管的源頭，在現代信息網絡的基礎上，將財政票據的信息功能賦予到其中，然后在利用收費單位、代收銀行以及財政三者之間的信息網絡管理系統來建立起一個“單位開票、銀行代收、財政統管”的，針對預算外資金的預算外資金管理體系。同時，這樣還極大的提高了財政部門對預算外資金管理的力度以及管理效率，有效的遏制了那種巧立名目、自立收費標準以及自立收費項目的行為。
(三)構建法制化的預算外資金的運行體制
與預算內資金相比較，其既有一致之處，同時也存在一定的差別。一致之處在于對象都是財政資金。而本質的區別在于，對于一個行政單位而言，預算外資金的收支都是有聯系的，行政單位在收繳這部分資金時，也會關心自己單位支出的多少以及支出的方式。而預算內資金的收支情況則和單位是沒有瓜葛的。這在一定程度上要求在建立預算外資金的收入機制時應該與支出機制相聯系，同時既要做到施加動力和壓力，同時也要實施激勵和約束。通過保護合法收入、制止亂收費的現象來對預算外資金的收入進行控制。對合法收費任務應該進行明確的規范，通過制定科學有效的激勵機制來防止亂收費以及交叉收費的問題，避免之前預算外資金的所有權、使用權的單位任意收費、任意支出，有效的制止
了亂開口子的顯現。
(四)形成一個實時高效的預算外資金監督機制
預算外資金的管理應該在一套組織嚴密、管理方式科學的監督機制下運行，否則盲目的自我組織和管理將使得資金難以得到有效的控制。在對預算外資金監督機制建設和完善的過程中應該重點對管理過程中暴露出來的問題進行管理，諸如：監督機制不健全，監督力度弱化等。在建立和完善的過程中就應該通過完善的規范管理、健全財經法規和加大監督力度等方式來形成一個合理的體系。考慮到預算外資金點多、面廣以及情況較為復雜等特點，應該通過監督來發現其中存在的相關問題，并予以及時的改進，從而促進管理工作的逐步完善。再次，還應該做好體制的自我約束功能的建設工作，因為在建立資金的監督體制之后，財政部門既作為管理部門，同時又作為監督部門，其權利增大的同時也導致了責任的增大，進行自我約束就尤為必要，否則將容易出現問題。
從2002年起至今，國家實施“收支兩條線”的預算外資金管理逐步被“非稅收入”所取代，到 2011年《預算法》修正案的出臺，我國即將所有政府收入全部納入預算管理，全面取消預算外資金。
