隨著人類社會的不斷發展，科學技術的不斷進步，電子信息技術也在一步一步的進入各個行業，會計電算化也就在這樣的形式下產生了。雖然各個企業在建立了會計電算化系統后，在很大程度上提高了企業會計核算的精確度和準確度，也大大的改善了企業內部的經營管理環境，但其作用也僅僅局限于取代傳統的人工賬目整理以及部分由人腦來完成的對會計信息的分析和判斷，而企業的內部控制則是需要通過人為的制定一些由人來監督并實施的相關方法，措施及其組織結構方案，由于兩者在管理上的不兼容性，這就必然為使用會計電算化系統的企業在內部控制及管理上帶來新的問題。所以如何讓二者在企業內部管理上更好的相結合，從而提高企業管理水平，防止企業資產流失，保護投資者投入資產的完整性，保證資本市場有效運行，為企業的經營發展決策提供切實可靠的信息，就顯得尤為重要。
縱觀目前企業會計電算化下會計工作出現的問題，主要有以下幾方面：
一、從內部管理方面看
(一)會計管理缺乏有效牽制
在以前的手工記賬環境下，企業的會計數據必須通過層層審核方可確認并簽章，但在會計電算化后，由于電算化功能的高度集中導致了會計職責的集中，特別是在某些中小型企業，老板為了節約人工成本，只設一個財務人員或有的只找兼職會計，就包攬了公司所有的財務及審計工作，這勢必為某些熟知內部控制缺陷的電算化工作人員人為操縱計算機數據處理結果提供可趁之機，加大了出現人為錯誤和舞弊機會。
(二)軟件使用不規范
隨著電子技術的不斷發展與完善，目前的會計軟件都擁有一套相對完整的權限控制功能，但許多企業在實際使用軟件過程中，為了工作的方便，讓軟件的這些功能形同虛設，系統密碼在員工當中公開，任何人都可以無限制的進入財務系統，導致會計信息丟失，數據被篡改的嚴重后果。
(三)會計人員自身業務素質偏低
目前國內很多私營企業在人員組織結構方面仍采取任人唯親，家族式經營的管理思想，特別很多中小企業最常見的做法就是任用自己的親屬做“出納”外聘高手處理對外會計業務，而這些會計人員自身的思想教育，業務培訓跟不上，思想素質差，對業務一知半解，連正常的會計業務都處理不好，更談不上熟練操作財務軟件及運用內部管理制度，特別是一些領導獨斷專行，無視會計政策法規，給企業造成無法挽回的經濟損失。
二、從軟件方面看
(一)輸入的差錯及憑證的無痕修改
在會計電算化下，電腦處理和輸出數據的準確性很大程度上取決于人工錄入數據的準確性，
如果會計人員錄入的數據是錯誤的，電腦不會自動識別，在操作人員毫不知情的情況下，必然導致會計數據的不真實，從而造成管理層的錯誤決策。另一方面，在實際工作中，對于巳錄入的憑證進行修改的方式，目前有不少會計軟件提供了“取消審核”、“反記賬”、“反結賬”的功能，這無疑為不法之徒提供了作弊空間。
(二)軟件出錯時的不可逆轉性
會計電算化系統主要依靠會計軟件，如果軟件在安裝和操作的過程中出現了任何問題，如：突然斷電、病毒侵襲、誤操作等意外因素，就很可能導致系統中電子數據被破壞、丟失，甚至系統癱瘓，很難恢復成原來的數據。
(三)系統錯誤發生的連鎖性和重復性
由于會計電算化信息系統是按照既定的程序運行的，則無可避免的會在將來每次相同情況中發生相同的錯誤，而這樣的錯誤又只能由開發方進行修改，從而增加了會計工作的麻煩。又由于系統處理的流程化和高速性，因此，一旦流程事務中的某一項發生錯誤，往往會在短時間內迅速蔓延，使得多種文件，賬薄乃至整個系統失真，這就是所謂的錯誤發生的連鎖性和重復性。
(四)利用軟件的數據化存儲形式進行舞弊行為
會計電算化下，企業的財務數據都是以電子數據的方式進行存儲，與傳統的手工做賬方式相比，它不帶有字跡特征，因此不能通過字跡來確定會計責任，就使得很多人利用軟件的這個缺點進行舞弊行為。
三、從網絡方面看
當今網絡是一個開放的環境，會計信息系統遭受黑客非法訪問或病毒的侵擾這些危險無處不在。
綜上所述，要在實行會計電算化核算體系的企業里加強企業的內部控制，應著重從以下幾方面入手：
(一)加強內部牽制管理，明確職責分工
會計電算化后，應在系統中劃分不同的部門并規定相關人員對各個會計業務的處理權限，規定同一人不能處理職責不相容的業務，具體做法可能過：注冊代碼，設置口令及操作權限，設置動態識別碼或者對操作碼實行雙人控制，從而達到內部管理相互牽制，監督的作用，防止舞弊行為的發生。
(二)加強企業內部員工組織結構的高素質性及“復合”型人才的建設
在企業管理全面自動化的今天，企業實行會計電算化系統后對會計人員業務知識能力的要求不再局限于僅僅只懂得財務知識，而是更要求會計人員擁有足夠的全面的計算機及網絡知識，信息安全知識，內部管理知識，以便減少工作中的盲目性。因此加強會計人員的培訓教育是電算化安全保障的現實需要。企業應深入開展電算化人員安全教育、職業道德教育，提高安全防范意識，培養工作責任心，同時定期選拔部份具備計算機基礎知識的業務骨干進入高校進修計算機專業。
(三)加強網絡安全控制及軟件保密控制
為保證會計軟件與數據文件不丟失、不損毀、不泄露，不被非法侵入，可采取設置口令、密碼、保存操作日志、對數據文件定時備份并加密等手段。同時，還要防止病毒對會計軟件的破壞。制定軟件的維護、保管、使用的規程及制度。關于網絡安全控制可采取一些必要的安全技術，如：數據加密技術，訪問控制技術，認證技術等。另外，網絡傳輸介質、接入口的安全性也是應該引起注意的問題，盡量使用光纖傳輸，接入口應保密。通過上述技術可基本確保財務信息在內部網絡及外部網絡傳輸中的安全性。還可設置多級防火墻，安裝殺毒軟件來減少病毒及黑客的侵擾。
