目前我國各醫院的成本核算流程是：根據財社[2010]306號和財會[2010]27號印發的《醫院財務制度》和《醫院會計制度》中有關將科室區分為：臨床科服務類、醫療技術類、醫療輔助類和行政后勤類進行成本核算，再按人員經費、衛生材料費、藥品費、資產折舊和攤銷、提取醫療風險基金、其他費用等項目進行直接費用的歸集；歸集完直接費用后，先將行政管理部門的相關費用按一定的參數向臨床服務類、醫療技術類和醫療輔助類科室進行分攤。再將醫療輔助類科室的運行成本以同樣的參數向臨床服務類和醫療技術類科室分攤；最后將醫療技術類科室成本向臨床服務類科室分攤，經過如此分攤后就形成門診、住院臨床服務類科室的成本，并可算出門診診次成本和床日成本。在開展科室成本核算時，要按照醫院目前的管理模式，建立并完善相關管理的網絡系統，著重建立二級衛生材料管理庫系統進行科室藥品核算和手術時間統計等。這樣就能把衛生材料支出，手術時間等統計到每位病人，藥品成本按門診、住院分別統計到科室。
一、病種成本核算應歸集的費用
病種成本核算應以科室為基礎進行成本核算，再在科室內部進行分攤歸集。科室成本核算的準確與否和分攤是否合理成了病種成本核算是否準確的關鍵。為與出院病人醫療費用相配比，主要將成本分為病房成本、藥品材料成本、醫技科室輔助檢查成本、手術麻醉成本。
(一)病房成本
屬于可直接歸集的成本，能從科室成本核算中直接取得；衛生材料費可根據科室二級庫中統計的各病種使用額，再按照病人的住院天數、換藥次數等，統計出病人所消耗的各類材料量，再與采購單價計算得出；資產設備折舊費用要按照病種不同，標明病人所用病床、床頭柜、監護儀等直接使用的資產或設備，再按照病人的住院天數，資產折舊等計算分攤的固定資產成本。病房中間接成本從科室全成本核算中獲得，再依據病人的住院天數進行分攤。
(二)藥品材料成本
藥品材料采購成本可通過加成率倒攤而得；分攤間接成本根據病種藥品采購成本占全院藥品采購成本比例分攤。
(三)醫技科室的輔助檢查成本
可按照醫技科室全部成本與檢查人次數，計算出每檢查人次的成本，醫技科室再確定具體每項輔助檢查占總檢查人次成本的比重，計算輔助檢查項目的成本。
(四)手術麻醉成本
可以按手術室和麻醉室分別計算，可直接
歸集的衛生材料成本根據采購價格計算；資產折舊依據病人手術、麻醉時間、設備折舊額計算；麻醉藥品成本可通過臨床所使用的麻醉藥品名稱、數量和采購價計算得出。間接成本要按照病人手術、麻醉的時間進行分攤。
二、病種成本核算的原則
首先病種選擇時，要按照漸進的原則，采用從簡單到復雜，從局部到整體的步驟。首選發病機制清楚、常見病、多發病，無合并癥、并發癥、療效確切，病程、質控易于控制，愈后良好的條件篩選病例，以外科手術病例的選擇為初始病例，推薦目錄一《國家發展改革委衛生部按病種收費推薦目錄》、山西省推薦目錄：《山西省新型農村合作醫療按病種付費病種推薦目錄》。當這些病種核算運行成熟后，再考慮這些病種所涉及的并發癥問題。對各種并發癥進行分類，在基礎病種數據上進行累加，這樣可以細化病種核算。
其次確定和優化臨床路徑。臨床路徑是既能貫徹持續性質量改進，又能降低病人費用、節約衛生資源的診療程序化標準模式。對所選取的病種要通過與關鍵知情人訪談、向專家進行咨詢，同時開展病史分析，確定具體的臨床路徑。準確統計該病種所消耗的衛生材料、手術材料數量、使用的設備、手術及麻醉時間，填入病房或麻醉科衛生材料的消耗明細表、資產折舊明細表、麻醉科藥品成本明細表等根據相關標準計算出醫療成本。 無法直接計入成本的，從科室成本核算數據中采集后填入病房、手術室或麻醉科分攤成本測算明細表，按照實際占用床日或手術時間分攤。藥品成本、輔助檢查成本通過上述計算后分別填入藥品成本測算明細表、輔助檢查成本測算明細表。
最后在上述計算分攤的基礎上，某病種成本核算模型就是將標準化診療項目進行相應成本匯總得出，其中可從醫技科室的輔助檢查項目開始進一步細化項目成本。最終可采用標準成本和作業成本法相結合的辦法對某病種進行過程管理和個案分析，這種方法既能保證醫療質量又能使病種成本計算科學合理。
需要特別注意的中病種成本應連續記載匯總，出院人次是病種成本計算準確與否的關鍵，因此必須健全相關手續和記錄，業務量相對穩定的醫院通常可不考慮在院病人數，業務量不穩定的醫院在進行核算時要注意期初與期末在院病人數的比較，根據實際情況對出院人次進行合理調整，以使計算得出的病種成本更加準確合理。最后將匯總得出的病種總成本除以某病種的住院人數，求出某病種患者的平均醫療成本。
