何謂內部控制制度，就是單位為了確保會計信息的準確可靠，為了保證物資財產的完整安全，提高經濟效益，貫徹管理方針，以職責分工為基礎，建立對單位內部實行的各種經濟業務活動進行協調和制約的一系列內部管理制度。醫院的內部控制制度是醫院實現科學管理、安全經營、效益增長而以制度形成的自我調節、自我約束、自我控制的制衡機制。醫療市場日趨激烈的競爭事實，社會主義市場經濟的深入發展，都需要醫療機構立足自身生存和發展的實際，建立健全內部會計控制制度，為保持醫院強勁發展勢頭、實現科學發展、進行科學管理、提高經濟和社會效益創造條件。
一、醫院內部會計控制存在的主要問題
(一)對醫院內部會計控制的重要性認識不足
在醫療機構的管理中，一些醫院目前仍是傳統的經驗型管理模式，占據主導地位的仍然是管理者的主觀隨意性，管理者習慣于行政指揮，對內部控制的理論知識和實踐經驗知之甚少，醫院缺乏科學而嚴格的管理方法和管理制度，有章不循和無章可循的問題較為明顯。就會計內部控制制度而言，更是無從談起，會計內控制度的建立和實施流于紙上談兵。工作中的具體問題多以靈活性的方式處理，失去了程序性和嚴肅性。在一些建立了內部控制制度的醫院，由于種種原因，也只是流于形式，沒有可操作性。造成這些現象的主要原因，是醫院的管理者對內部控制的認識不足，組織機構和人員素質也有待提高，這就使得內部控制制度執行乏力，漏洞百出，造成經濟和社會效益的損失。
(二)缺乏必要的成本控制
沒有管理的醫院是不存在的，一些醫院出于自身管理的實際需要，開展了成本核算，這也是一種管理，也可以說是內部控制制度的內容，但僅僅停留在成本核算的水平上，不能說就建立了內部控制制度。成本考核指標體系、成本分析評價體系、成本信息反饋體系，這些系統性的體系還沒有建立。而且醫院與醫院之間的成本沒有可比性，就一所醫院來說，無統一的、標準的成本定額，這就造成成本控制沒有統一的可行的依據和標準。即使是建立了嚴格的成本核算，也不能說就實行了醫院的內部控制制度。而且還有這樣一種情況，醫院算成本分獎金，導致了超前分配，虛幻的光環嚴重影響了醫院的可持續發展和健康發展。
(三)醫院預算編制閉門造車,使預算執行困難
預算編制是一項嚴肅認真的工作，需要建立在可靠的依據之上，需要有可靠性和前瞻性。而一些醫院的預算編制只是簡單地根據上一年的預算數據進行簡單的增減，沒有對預算的可行性論證，沒有對醫療市場變化的科學研究和分析，沒有細化到具體的項目和具體的執行部門。這些預算編制的先天性缺陷，無形中削弱了預算的執行力和約束力，造成預算執行困難。表面上的預算管理，預算執行中的主觀隨意性，使預算執行失去控制，資金運行效率低，造成了醫院管理中的盲目性。
二、完善醫院內部控制的主要措施
(一)改變觀念,提高認識
醫院內部控制制度是一套相互聯系、相互制約、相互監督的控制系統，是一個涉及醫院全部經濟活動的全方位的控制體系，醫院的各個科室、各個部門、各個層面都要納入其中，只有全院上下協同一致，才能保證內部控制制度的建立和有效運行。因此，建立和實施醫院內部控制制度，需要全院上下轉變觀念提高認識，為制度的建立和運行奠定基礎。作為一所醫院的領導層，要立足醫院實際，高度重視內部控制制度的建立和運行，醫院的各個部門、各個單位都要通力協作，為內部控制制度的有效運行而努力，
(二)建立健全職務分離控制與授權批準控制制度
職務分離控制，就是在機構設置中，按照定位原則，按照各部門各科室的特點，對經濟業務活動劃分為具體的工作崗位，使不相容職務相分離，并建立嚴格的崗位責任制，同時要建立相應的內部約束監督和權力制衡機制，使醫院的全部經濟工作朝著職責分工、目標定位、相互監督、相互制衡的方向有序高效運轉。嚴密的職務分離控制制度，可以使責權分明，有效地防止漏洞和差錯的出現，有效地保護醫院資產的安全。授權批準控制制度建立的目的就是劃定醫院各級各類管理人員的職責范圍和和管理權限，明確他們所承擔的責任。醫院的每一項經濟活動，都要恰當授權，不能自作主張各自為政。還要嚴格界定一般授權和特別授權的范圍，審批人員要嚴格遵守規定，對超越授權范圍審批的事項，經辦人員有權拒絕辦理，及時向上級授權部門報告。
(三)建立醫院預算控制制度
醫院經營的的全過程都要納入預算控制的范圍，通過預算編制和預算執行情況的檢查，對各單位沒有完成預算的原因進行比較分析，及時啟動糾錯系統，采取改進措施，確保各項預算的嚴格執行。做好醫院預算控制應重點做好以下幾個關鍵環節控制：確定預算的項目、標準和程序;編制和審定預算;預算執行的授權;預算執行過程的監控;預算業績的考核和獎懲。
(四)建立健全內部審計機構,發揮其監督作用
造成內部控制制度執行不力的一個主要原因，是單位內部審計機構獨立性的缺失。審計機構要能夠獨立地行使職權，全面公正地對各部門行使監督權。對單位的經濟活動和財務收支的合法性、有效性進行嚴格審核，提出合理化的意見和建議，充分發揮內部監督在日常工作全過程的控制作用。與此同時，要強化單位領導者在審計工作中的法律責任，保證審計資料真實、合法、完整，保證會計信息的真實可靠。
(五)建立健全內控制度有效評價體系
評價醫院內部控制制度，一是健全性，內控制度是否全面建立，各個需要控制的環節是不是有效緊密銜接，是不是采取了控制措施，監督制衡機制是否有效運行；二是適應性，建立的內部控制制度與單位的實際情況是否相適應，內部控制制度能不能得到有效的遵守和執行；三是一致性，單位的總體目標與內部控制制度要相一致，各種控制措施要相配套；四是成本效益性，所建立的內部控制制度所產生的效益是明顯的，確定的，符合成本效益原則，但是不能只考慮經濟性而不考慮健全性，二者應該實現有機的統一。
