高校預算是指高校根據事業發展計劃和任務編制的年度財務收支計劃，是以預算編制為起點，對高校內部各種財務資源的使用進行監控，對使用結果進行考核，其質量的高低取決于預算編制的科學性、預算執行的嚴肅性、預算監控的有效性以及預算績效考評的推動性四個方面。
一、科學編制預算
預算編制是整個預算管理的基礎，預算編制方法是否科學，預算費用分配能否滿足高校辦學需求，項目選擇能否推動高校事業發展是科學編制預算的三個重要環節。
目前高校在預算編制方法的選擇上欠缺靈活，通常選擇單一的預算編制方法。如有的高校采用增量預算法，在預算編制中參考以前年度預算執行情況，根據預算年度事業發展計劃和任務與財力大小，以及年度收支增減因素確定年度預算。有的高校采用零基預算法，在編制費用預算時力求不受以往會計期間所發生的費用項目和數額的影響，所有的預算支出以零為出發點，一切從學校年度發展需求出發，確定費用支出項目，并逐項審定費用額度。
很顯然上述兩種方法并不完全適應當前高校預算編制的需要。增量預算法操作簡單，但缺乏對經費開支項目的量化分析和科學論證，可能導致原來不合理的費用開支繼續存在下去，造成資金浪費，變相鼓勵預算執行部門竭力用完年度預算，從而有利于下一年度維持并增加預算額度，不利于調動預算執行單位增收節支的積極性。零基預算法下，一切支出均以零為起點進行分析研究，編制預算的工作量較大，成本較高，而且重新評級和資源分配具有不同程度的主觀性，易產生偏差，引起部門間矛盾。
因此，高校在預算編制方法的選擇上不妨折中一下：結合高校發展規劃安排，每2至3年編制一次零基預算，根據項目的輕重緩急安排預算，在隨后的幾年內采用增量預算的方法，根據項目進程對預算進行調整，以減少浪費和低效。對于一些跨年實施的項目，可輔以滾動預算。
高校預算是為各部門完成各自的辦學功能提供資金保障，預算費用分配是否合理影響著各部門工作的開展和工作的成效。目前各高校資金短缺問題普遍存在，為了獲得足夠的預算費用，有的部門巧設名目、夸大預算額來取得預算，有的部門憑借與預算編制人員有著良好的關系而取得理想的預算。因缺乏有效的預算分配基礎，部分高校的預算編制成為各部門爭錢的平臺，爭錢能力的強弱成為預算分配的基礎，導致預算分配不合理、不科學。常常使得一些常態辦學項目得不到足夠的費用保障，一些推動高校事業發展的新興項目失去資金保障。
可見，沒有有效的預算編制基礎，完全依賴財務人員來取舍項目，決定金額，是不能適應高校事業發展要求的。對各高校而言，組成一支公正、高效的預算編制隊伍（預算管理委員會）是編制高水平預算的前提條件。公正是指預算編制隊伍組成人員要能從學校整體出發，從學校未來發展目標出發來編制預算，高效是指預算編制人員要了解學校發展現狀和發展目標，熟悉辦學規律，在預算編制過程中要能充分考慮各系部之間、專業之間、學科之間的差別，能有效分辨各預算項目的輕重緩急并妥善安排各項目的先后順序。
二、嚴格預算執行
預算執行是指各級預算責任人在經批準實施的年度預算框架下，動用資金完成各自工作的過程。它是預算的具體實施過程，也是整個預算管理的關鍵，包括年內由于各種因素變化對年度預算進行調增調減等活動。
預算執行效果主要受高校財務部門預算執行管理力度，高校預算增減規范性等因素影響。
通常，預算執行管理力度較強的高校，在預算費用的使用上能做到按核定數額和核定項目使用經費。預算執行管理力度弱的高校常出現超預算開支，跨項目開支等不規范現象。還有部分高校在預算執行上實行兩套標準，在各二級學院、職能部門的預算執行管理上能做到高標準、嚴要求，但在院辦等部門涉及校領導管理和開支的項目上則顯得無所作為。
預算執行中種種不規范現象的出現有著各自的個因，但其共因則是財務部門預算管理執行力度不夠。該類問題的出現，不外乎以下三方面的原因。一是部分高校在預算執行上無據可依，導致財務部門在預算執行管理上前后不一，松緊不一；二是部分高校在預算執行上“執法不嚴”，對財務部門預算執行管理缺乏必要的監督，導致財務部門在預算執行上厚此薄彼；三是部分高校民主治校、信息公開工作嚴重缺失，為特權部門和特權崗位超預算運行提供了便利。
高校預算增減是否規范是影響高校預算執行效果的另一重要因素。一般而言，各高校均設有預算管理委員會或財務管理委員會，并依賴該委員會編制預算。但眾多高校在增減預算時，則完全撇開預算管理委員會，直接由學校領導層拍板增減預算，或直接由分管財務的校領導確定，預算增減更多的表現為人治而不是法治。長期以往勢必降低預算管理委員會的工作熱情，弱化預算管理委員會的作用，對預算管理極其不利。
因此，建立一套完善的預算執行制度，為財務部門執行預算管理提供指導，為高校增減預算提供依據是嚴格執行預算的前提條件。
三、定期監控預算
定期監控預算是提高高校預算管理質量的保障。通過預算監控及時發現預算執行中存在的問題，分析預算目標與實際執行的偏差，并及時而有有針對性地糾正不利偏差，從而提高預算的科學性、嚴肅性和權威性，達到加強預算管理的目的。
高校預算監控分預算管理委員會監控、審計監控和財務監控三個層次。其中，預算管理委員會監控屬于第一層次，預算管理委員會對預算的監控主要側重于預算編制時對預算項目的選擇和預算金額的確定，預算執行過程中預算增減的審定，聽取預算執行中期和年度預算執行情況報告等工作。預算管理委員會監控效果受其獨立性和高校領導層對預算管理的干預程度影響，當前眾多高校的預算管理委員會在預算中的位置基本被學校領導層取代，沒有起到其應有的作用，更多的時候是充當一個可有可無的角色。審計監控位于監控體系的第二層次，由審計部門以第三方身份對預算執行進行監督，主要是對財務部門預算執行情況進行監督，了解財務部門在預算執行過程中能否做到按規定報銷費用，公平執行預算等事項，并對財務部門預算執行提出合理化的建議。財務監控是預算監控的第三層次，是預算的常態監控，也是預算監控的主體部分，主要是由財務部門對預算執行過程進行監控，檢查各業務部門預算執行情況，否決不符合預算要求的各項開支，定期公布預算使用進程，提請各業務部門控制好預算費用使用進度等。
因此，保證預算管理委員會工作的獨立性和權威性，賦予審計部門定期進行預算監控審計和大額預算使用審計的職能，加強財務部門在預算使用過程中的監控是確保預算增減有依據，預算使用不超標，預算支出不越界，預算管理有質量的有力保證。
四、推行績效預算
績效預算是以目標為導向、以業績評估為核心、以項目成本為衡量的一種預算體制，是將資源分配的增加與績效的提高緊密結合的預算系統。高校實施績效預算的核心是事先設定各部門預算的績效目標，建立相應的績效預算評價體系，實現資金注重投入管理轉向注重對支出效果的評價，因此績效預算也是一種結果導向型的預算。
目前高校績效預算管理尚處于探索階段，各高校在機構設置和發展方向上存在差異，不存在通用的高校預算績效目標和績效預算評價指標體系。因此，在推行績效預算工作上，各高校應根據本校機構設置情況及機構職能要求，逐步建立適合本校長遠發展的績效預算管理體系。
一套完整有效的高校績效預算管理體系在評價主體上應涵蓋各職能部門和二級學院；在評價周期安排上可以多樣性，不能單一以一年作為考評周期，一些長期項目一年很難反映資金使用的效果；在評價指標選擇上可考慮將平衡計分卡評價體系和關鍵績效指標體系相結合，兼顧定性指標和定量指標，在反應高校預算使用總體績效的基礎上力求指標設置科學，重點突出。在評價標準的選取上要注重可實施性，譬如在二級學院評價標準選取時要考慮學科間發展的不平衡帶來的二級學院之間的差異性等；在評價結果的應用上應重在資金使用水平和工作績效的提高，不能單純地以罰代管。
