一、高校內部控制目標
在COSO報告中，內部控制的目標為營運的效率效果、財務報告的可靠性和相關法令的遵循性。我國《內部會計控制規范—基本規范》將企業內部控制的目標總結為：規范單位會計行為，保證會計資料真實、完整；堵塞漏洞、消除隱患，防止并及時發現、糾正錯誤及舞弊行為，保護單位資產的安全、完整；確保國家有關法律法規和單位內部規章制度的貫徹執行。高校作為非盈利組織，它的經營內容和運行性質與企業相差甚遠，其目標與企業目標更有著根本性的區別，不能簡單地照搬COSO報告目標，也不能簡單照搬我國企業內部會計控制規范中界定的目標，應該根據高校的目標和業務性質確定高校內部控制的目標。
高校的目標是培養人才、科學研究和服務社會，因此其內控控制目標應不同于審計視角的財務報告型，它應該是培養人才、服務社會導向型的。應該通過建立完善的內部控制制度，使高校更好地完成培養人才、科學研究和服務社會的任務。高校的內部控制制度，應該能夠組織好學校的教學和科研活動，節約有限的辦學資金，最大限度地發揮好學校教學和科研資源的作用，為社會培養更多的優秀人才，提供更優質的科技服務。教育經費投入的效益性和效率性應該成為高校內部控制的首要目標，其次要保證資產的安全性、財務報告的可靠性。
二、高校內部控制框架構建
結合高等學校實際，可以從以下七個方面探討高校管理型內部控制系統框架：控制環境、控制目標與預算編制、風險識別、控制措施、信息及溝通、監督與檢查、績效評價與激勵七項要素。
第一，控制環境。高校的內部控制環境，是實施內部控制的基礎，包括影響、制約內部控制建立與執行的各種內部因素。內部環境主要包括治理結構、組織機構設置與權責分配、文化、人力資源政策、反舞弊機制、內部審計機構設置等。
高校內部控制環境的關鍵在于構建科學的高校治理結構。高校治理結構是為實現高校的辦學目標，就高校內部治理的組織機構設置及其相互之間的權力配置，制衡與激勵的制度安排（彭宇文，2005）。高校治理結構的目標是保證高校辦學目標的實現。如果不能保證高校的高層決策活動的科學性，再完善的內部控制活動也難以保證高校順利實現其目標。
黨委領導下的校長負責制是目前國內公辦高校治理制度的基本安排。高校權利結構中黨政力量一支獨大，行政權力強大，學術權力微弱，作為高校主體的師生真正參與民主管理的機制還沒有形成。應該借鑒現代企業的治理理念，構建科學的高校治理機制，使高校的決策、執行和監督相彼此分離、相互制衡。對于目前高校運行機制而言，可以在高校內部成立類似于企業董事會的機構，比如理事會，并作為高校的最高權力機構和決策機構，確保高校重大決策的科學性和良好運轉。考慮到我國的實際情況，高校理事會可由出資人（政府、捐贈人等）、各院系專家學者、與學校沒有直接利益關系的社會賢達或教育專家、學生代表等組成，將理事會與以校長為首的行政系統適當分離，并賦予理事會最高的決策權力，使高校成為對社會而不是僅僅對內部人負責的機構。
第二，目標制定與預算編制。預算管理是對單位目標及其資源的配置方式、計劃的量化，這種量化有助于管理者協調、貫徹計劃，是一種重要的管理工具。預算管理由目標設定與預算編制、預算執行與控制、預算考評與分析等環節構成。我國公辦高校目前的主要資金來源是財政撥款和事業收入，高校撥款數額主要是依據部門預算來確定的，高校的支出也主要是通過編制和執行預算來進行控制，即高校的收支活動主要是通過預算進行控制的。因此，預算的編制和執行，作為高校內部控制框架的一個十分重要的要素，應當加強對預算編制環節的控制，對編制依據、編制程序、編制方法等做出明確規定，確保預算編制依據合理、程序適當、方法科學。
目前，許多高校在編制預算時，定額測定不合理，沒有充分的基礎資料，采用簡單的“基數+增長”的編制方法，使得高校經費預算只能增加、不能減少，“赤字預算”現象普遍，而且還會出現校內各部門互相爭經費的問題，不能達到合理配置高校資源的目的。作為管理導向型的內部控制制度，其目標制定應該區分戰略目標、職能性目標及具體執行子目標三個層次。高校的戰略目標，比如辦學定位、發展目標等，是對高校使命的進一步明確，是高校追求的長期結果。職能性目標是與高校功能結構相對應的目標，是對高校功能性目標的分解細化。具體執行子目標是按照高校功能和業務結構展開后所形成的具體業務目標，重點強調可操作性。各個層次的目標，都需要以預算形式體現出來，這些目標和預算就成為控制標準的主要組成部分。
第三，風險識別與應對。風險識別是及時識別、科學分析和評價影響企業內部控制目標實現的各種不確定因素并采取應對策略的過程。具體到高校內部控制，指對高校所面臨的風險以及潛在的風險加以判斷、歸類和鑒定的過程。風險控制是指采取回避、限制、轉移、分散和化解等措施將學校的辦學風險和財務風險控制在可容忍的范圍內。
從財務風險控制的角度來看，學者們普遍認為高等教育大眾化過程中高校負債經營是造成目前部分高校財務風險增加的直接原因，研究的焦點也主要聚集在高校貸款問題上（曹升元，2008）。當前高等教育的快速發展，辦學規模擴大和信貸資金的引入必然帶來辦學風險和財務風險，高校不能因為害怕風險而裹足不前，而應該確定一定的風險容忍度，將風險控制在可接受的范圍內。
第四，控制措施。根據《內部控制-基本規范》控制措施是根據風險評估結果、結合風險應對策略所采取的確保內部控制目標得以實現的方法和手段，是實施內部控制制度的具體方式。控制措施從執行層面，可以分為組織層面的控制措施和操作層面的控制措施。
以高校的資金安全性為例來說，高校資金流動的安全性作為內部控制的重要的目標之一，應該采取集中的資金控制模式，特別是對于產權沒有獨立和明確的二級核算單位，他們的重大經濟活動的財務權力堅決不允許完全脫離學校的統一領導，游離于學校控制中心管理權限范圍之外。從組織層面的控制措施來說，校辦企業、校內結算中心，甚至包括基本建設部門，其資金支付、對外投資、對外擔保等重大經濟活動能力都必須控制在集中領導的學校財務總體管理范圍之內。加強對二級單位資金的審計與監督，則屬于操作層面的控制措施。學校必須避免二級核算單位過分強調其自主權而逃避學校財務管理的監督，出現二級財務管理失控，最終造成國家財產損失，高校利益受損的現象。
第五，信息真實與溝通共享。信息與溝通是及時、準確、完整地收集與經營管理相關的各種信息，并使這些信息以適當的方式在高校有關層級之間進行及時傳遞、有效溝通和正確應用的過程。高校的會計信息作為主要的信息來源，被重視和利用的程度不高。所以，采取有效措施，提高會計信息的透明度，使高校不同職能部門能夠更便捷地獲取所需的財務信息，加強信息溝通，發揮會計信息的作用，促進高校內部控制的效率和效果。為了發揮會計信息在高校管理中的作用，應該從以下幾個方面著手：定期組織財務人員在干部會議上披露有關會計信息，使學校和職能部門的領導及時了解有關財務信息；財務處工作人員應該根據學校的日常運行情況和一定時期學校的工作重點，設計靈活多樣的內部財務報表，提供滿足多方面需要的會計信息；財務人員應該做好財務報表分析，及時發現高校財務運作中存在的問題；建立信息化集成環境，打破信息孤島，在高校的不同部門間實現信息共享。
第六，績效評價與激勵。績效評價與激勵是根據控制標準，即根據前文提到的預算，對高校經營、管理活動的實施結果，在信息傳遞與反饋的基礎上進行評價，并根據評價結果進行獎勵或懲罰。高校的主體是教學科研人員，他們的付出與努力是高校取得核心競爭力的有效保證，是高校發展的源泉與潛力。只有對他們的績效進行恰當的評價，并且給予合適的激勵，才能使他們萌發創意，為學校多做貢獻。教學科研人員受過正規教育，具有較高的專業技能和專業知識，一般地來說，他們具有以下特征：自我實現的欲望比較強烈、工作的自主性較強、對知識和事業的成長有著不懈的追求、要求獲得與自己付出相稱的報酬的傾向也更為明顯。目前我國對科研人員的考核主要是成果導向，引發了剽竊、買賣成果等許多急功近利的行為，這對于高校的長遠發展非常不利，因此，應該改變對高校科研人員唯成果論的績效評價與激勵模式。
第七，監控與反饋。監控與反饋是對其內部控制的健全性、合理性和有效性進行監督檢查與評估，形成書面報告做出相應處理，并對控制程序提出有針對性的改進措施的過程，是實施、完善內部控制的重要保證。預算管理、防止教育亂收費、預防和懲治腐敗是高校內部控制監控的主要對象，目前公辦高校的審計處在對內部控制措施的監控和反饋中發揮了重大作用，但是現行體制下，審計處是在黨委為中心的行政管理層的領導下辦理業務的，并對其負責，其監控的獨立性不強，產生的問題是內部人控制。因此，高校可以借鑒企業董事會下設審計委員會的做法，在高校理事會下設置審計委員會，審計委員會的成員可由類似于獨立董事的專家組成，監控學校管理層的管理工作，對理事會負責，即高校應該同時設置審計委員會和審計處。
