關于調整國家科技計劃和公益性行業科研專項經費管理辦法若干規定的通知發布，規定了科研經費開支范圍及預算編制和評估評審辦法，就科研資金撥付和結存結余經費的管理也有具體措施。
調整課題經費開支范圍方面，建立課題間接成本補償機制，將課題經費分為直接費用和間接費用。間接費用使用分段超額累退比例法計算并實行總額控制，按照不超過課題經費中直接費用扣除設備購置費后的一定比例核定，具體比例如下：500萬元及以下部分不超過20%；超過500萬元至1000萬元的部分不超過13%；超過1000萬元的部分不超過10%。間接費用中績效支出不超過直接費用扣除設備購置費后的5%。
強化預算編制和評估評審要求方面，課題申請單位應科學、合理、真實地編制課題經費預算。課題直接費用各項支出不得簡單按比例編列。課題經費預算評估評審中，不得簡單化地按比例核減課題直接費用預算。建立健全課題經費預算評估評審的溝通反饋機制。
《通知》提出，財政部正式批復部門預算前可以從1月1日起按“二上”預算數的1/4支付課題預算經費。課題結余經費應當按原渠道收回科技部或相關主管部門，由科技部或相關主管部門按照財政部關于財政撥款結轉和結余資金管理的有關規定執行。同時，對非涉密課題預算安排情況進行公示，接受社會監督；逐步探索建立課題績效情況公示制度；積極推進對違規使用科研經費的行為進行公開。
