一、現行農產品加工業的稅收政策分析
目前，我國并沒有專門制定針對農產品加工業的稅收政策，而是主要通過國家有關部門制定的一些優惠政策來體現的。主要有2000年10月農業部等八部委制定的《關于扶持農業產業化重點龍頭企業的意見》，2002年11月國務院辦公廳印發的《關于促進農產品加工業發展的意見》，2003年11月國務院發布的《關于改革現行出口退稅機制的決定》，2004年與2005年中央1號文件中規定的農產品加工業政策等。這些稅收優惠政策的實施在一定程度上減輕了農產品加工企業的稅收負擔，促進了農產品加工業的發展壯大；但同時也存在著稅收政策運行中的不足，具體反映在以下幾個方面：
一是農產品范圍與標準界定不清，進項稅額難抵扣。按照稅法規定，農產品加工企業銷售外購農產品以及外購農產品簡單加工后形成的初級農產品再銷售的，按13%的稅率計征增值稅；實行由農產品加工企業自行開具農產品收購發票，或者以從小規模納稅人購進農產品時取得對方開具的普通發票，并按收購發票票面金額的13%計提增值稅進項稅額。但現行《農業產品征稅范圍注釋》（財稅字[1995]52號）對農產品的解釋為種植業、養殖業、林業、牧業、水產業生產的各種植物、動物的初級產品。實際上，這個初級產品還包括部分以農產品為原料經簡單加工而成的農產品初級加工品或附產品。一方面由于農產品注釋范圍界定不清，造成農產品加工企業外購免稅農產品不能享受進項稅額抵扣或操作不便；另一方面農產品簡單加工與精、深加工無明確區分標準，在實際工作中很難把握農產品簡單加工后的產品類別歸屬，這也很容易造成增值稅進項稅額抵扣執行政策的不一致。
二是農產品深加土企業稅負偏高，不利于農產品加工企業的發展壯大。按照稅收政策規定，農產品加工企業加工的產成品，如果不是《農業產品征稅范圍注釋》的產品，則視為工業品按17%計提銷項稅額，如棉花加工成棉紗，黃豆加工成豆醬或醬油。由于這些產品的加工原材料屬子適用13%稅率的農產品，由此造成深加工產品稅率與原材料進項抵扣率之間的差異。表面上看來，從事農產品深加工的企業享受了初級農產品的抵扣優惠，但實際上卻由于“高征低扣”成企業的增值稅稅負高于其他企業，顯然不利于農產品深加工企業的生存與發展。目前我國農產品加工的一個主要發展方向是深化農產品的加工程度，提高農產品附加值，因此政府需要采用一定手段降低企業的增值稅稅負，以促進農產品深加工企業的發展壯大。
三是農產品加工出口的退稅率偏低，不利于我國農產品加工企業的國際化發展進程。目前我國農產品出口退稅執行的是5%或13%的退稅率，不僅低于一般發達國家水平，而且比國內其他出口行業平均15%的出口退稅率也要低；同時，由于農產品加工中所含的大量固定資產進項稅額不能抵扣，稅法規定的可抵扣進項稅額的農產品范圍過窄等因素，客觀上造成了出口農產品實際承擔稅款，降低了農產品在國際市場中的競爭力；出口退稅資格審批及程序的復雜性，也嚴重影響了企業的生產經營效率和產品出口的積極性，不利于我國農產品加工企業的國際化進程。
四是農產品加工企業所得稅優惠力度不夠，且嚴重傾向于重點龍頭企業。我國稅法規定，國有農口企事業單位從事種植業、養殖業和農林產品初加工業的所得暫免征收企業所得稅；對國務院認定的農業產業化重點龍頭企業從事種植業、養殖業和農林產品初加工暫免征企業所得稅；農產品加工企業研究開發新技術、新產品、新工藝所發生的各項費用在繳納企業所得稅前扣除；投資于符合國家產業政策的技術改造項目的農產品加工企業，其項目所需國產設備投資的40%，可從企業技術改造項目設備購置當年比前一年新增的企業所得稅中抵免；對經批準的重點農業產業化龍頭企業實行優惠政策，從 2005年起新建年銷售收入5000萬元以上的農產品加工龍頭企業，經稅務機關批準，暫免征企業所得稅等。可見，盡管我國對于農業企業實行了一定的稅收減免優惠，但相比較國外而言，利用稅收政策發展農產品加工業的力度還很不夠；同時，限于享受優惠政策的主體資格，相當一部分農產品加工企業享受不到切實的稅收優惠，相對來說企業所得稅稅負不輕。
二、促進農產品加工業發展的稅收政策建議
農業投資風險相對較大，資金回收期長，產品儲運和銷售的要求也較高。對此，應充分運用稅收杠桿，發揮其應有的宏觀調控作用。針對目前我國農產品加工業稅收政策中存在的問題，建議加快農產品加工業的增值稅改革，擴大企業所得稅、營業稅的稅收優惠力度，從而有效促進農產品加工業的發展。
1、加快農產品加工業的增值稅改革。一是擴大和統一農產品征稅注釋范圍，參照WTO《農產品協議》適用農產品范圍的注釋方法，制訂新的《農業產品征稅范圍注釋》，適當增加農產品的注釋品種，最大限度地將以農產品為原料的加工產品列入農產品征稅范圍，按 13%的稅率征稅并允許按13%計提進項抵扣，以減輕農產品加工企業的稅收負擔。二是適當降低農產品加工業的增值稅稅率，建議對從事農產品加工的一般納稅人企業，不論所有制形式、不論規模大小、不論加工程度深淺，其增值稅銷項稅率均降為13%.這樣可以解決增值稅在農產品收購方面“高征低扣”的問題，降低農產品的經營、生產加工行業的實際稅負，有效促進農業產業化的發展。三是對農產品加工業實行增值稅“轉型”試點，取消生產型增值稅改為消費型增值稅，對農產品規模經營大、精深加工程度高、加工生產高新技術產品以及出口產品等企業實行一次性抵扣固定資產進項稅額，而對其它農產品加工企業實行分期抵扣固定資產進項稅額的辦法，鼓勵企業增加固定資產的投資，以提升農產品科技含量和產品品質，促進我國農產品加工業的發展。四是實行增值稅即征即退、出口零稅率政策，對農產品加工企業實際增值稅稅負超過2%的部分實行即征即退政策，同時依據WTO規則和國際慣例許可的全額退稅原則，盡快恢復出口產品零稅率，即提高農產品出口退稅率，征多少退多少，從而增加我國農產品在國際市場上的競爭力。
2、擴大企業所得稅的稅收優惠。一是適度調減農產品加工企業所得稅稅率，可按照新企業所得稅法中規定的中小型企業20%的企業所得稅稅率征稅，提高農產品加工企業的利潤水平，鼓勵和支持農產品加工企業向規模化、產業化發展，推動農產品向深加工和高附加值方向延伸。二是增加稅前扣除項目金額，允許農產品加工企業開發新產品、新技術、新工藝所發生的各項費用不受比例限制，按實際發生額計入管理費用全額扣除，并允許農產品加工企業采用固定資產加速折舊方法，鼓勵高新技術向農產品加工企業的滲透，促進農產品加工企業的技術改造，提高加工產品的科技含量。三是加大減免稅優惠力度，對中小型農產品加工企業可給予一定期限的所得稅減免，新辦農產品加工企業進行技術改造、購買國產設備的投資，可按規定比例享受抵免企業所得稅的政策優惠，對于農產品加工企業引進的先進技術設備免征進口關稅和進口環節增值稅；同時，根據農產品加工業地區發展實際的不同，可以著重對西部地區、少數民族地區的農產品加工企業給予更大的稅收優惠，從而更好的利用地區農產品資源，加大農產品加工增值，提高農民的收入水平。
3、實行間接的營業稅優惠政策。農產品加工業的發展需要政府的引導和扶持，這不僅體現在對農產品加工企業的直接稅收優惠方式上，還體現在對農產品加工業發展提供支持的間接優惠方式上。按照國家農產品加工業“十一五”發展規劃，發展農產品加工業需要財政、金融、稅收的協調支持。目前資金短缺是很多農產品加工企業的發展瓶頸，因此除了積極拓寬金融融資渠道外，政府應在稅收上給予間接的支持。對給予農產品加工企業貸款的金融機構，減免部分營業稅或直接予以免稅；對于提供較低貸款利率的金融機構，其提供給農產品加工企業的貸款額達到一定數額后，可減免部分企業所得稅。這樣通過相應的稅收政策，鼓勵金融機構向農產品加工企業提供所需要的資金，促進農產品加工業的壯大發展。
