目前，雖然現行的一些會計相關法律法規的適用范圍包括了科研事業單位，但是側重點卻基本放在企業方面。另外，在科研事業單位中，內部控制也沒有與業績考核很好地掛鉤，缺乏約束力。因此，為建立和完善科研單位內部控制制度，需加強以下措施。
區分單位的支出，加強對成本的核算。首先，單位應明確成本核算對象。一般說來，科研事業單位應以科研課題或部門為成本核算的對象；其次，要正確劃分成本與費用之間的界限；再其次，要分清生產費用與產品成本之間的界限，明確生產費用與一定的時期相關聯，而與生產的產品無關；最后，還要認真分清生產費用與期間費用的界限，明確生產費用記入產品成本，期間費用直接記入當期損益。而且，期間費用還必須進一步劃分為管理費用、營業費用和財務費用。
逐步將科研事業單位會計制度與企業會計制度合二為一。隨著市場經濟的深化，科研事業單位的投資主體已發生變化，科研事業單位會計與企業單位會計的差別在縮小。首先，兩者的會計目標逐漸趨于一致。作為科研事業單位，其接受其他單位的投資，必須滿足債權人對科研事業單位經營情況和利潤情況了解的需求，要提供給債權人科研事業單位的償債能力信息以及自身發展狀況等信息。其次，兩者的業務內容趨于一致?？蒲惺聵I單位一般實行“核定收支、定額或者定向補助、超支不補、結余留用”的預算管理方法，且每年都會收到國家的科研經費投入。而科研單位通過科研活動又能把科技成果轉化為生產力，創造經濟效益。所以，可以將其作為企業的業務類型來對待。最后，在會計科目的設置、會計要素的確認、計量等方面，兩者也具有一致性。
這些都為科研事業單位會計制度與企業會計制度合二為一提出了可能。
明確各項會計人員職責，提高會計人員業務素質。在新《會計法》中規定：記賬人員與經濟業務事項和會計事項的審批人員、經辦人員、財務保管人員的職責權限應當明確，實行崗位分離、相互制約的機制。因此，在科研事業單位內控管理中，首先應明確會計人員的職責。其次，財會工作是一項專業性很強的工作，沒有一定的業務水平和職業道德難以勝任。因此，當前進行內部控制的重點應是盡快提高會計人員的職業道德和業務素質。需要經常通過業務培訓和基礎工作建設，提高單位會計信息的真實性和準確性。
建立和健全單位內部的會計審計制度。單位內部審計制度是加強內部會計監督，提高會計信息準確性和可靠性的有效手段。在科研事業單位的審計中，要將原始憑證、記賬憑證、會計報表、賬簿等作為審計對象，以對內控制度執行情況進行檢查作為審計的目標，從而監督單位內部的各項規章制度和措施的實施情況。在審計工作中，首先要及時了解實踐中存在的各種問題，并積極反饋給單位領導，以提高單位的管理效率，以便進一步完善制度。其次，要認識到內部會計控制制度涵蓋著單位中所有參與經濟活動的部門和人員，涉及的單位內部管理和會計核算基礎最終是對人和事的管理和約束。最后，在建立內部會計控制制度時，還必須控制好內部會計控制、管理成本、單位利潤三者間的關系，認識到內控制度的效果與工作效率成反比，與管理成本成正比。
因為內控制度建立越完善，效果就越明顯，但相對的工作效率就會低一些，并且隨之帶來的管理成本必定會提高。所以，在制定內控制度時，必須找出上述三者的平衡點。
