根據財政部的要求，實行獨立核算的國有建設單位，對基建項目應獨立設置賬簿、獨立編制會計報表，形成目前的基建賬簿與事業類賬簿分別設立、分別編報的局面。事業單位基建賬簿執行《基本建設財務管理規定》，事業單位事業類賬簿執行《事業單位財務規則》，一個單位兩套賬簿并存構成了目前事業單位財務管理的主要框架。隨著事業單位的發展及財政改革的深化，事業單位兩套賬簿獨立存在顯然不適應當前事業單位財務核算的基本要求，其諸多弊端給加強事業單位財務管理、進一步深化財政改革及以防范財務風險帶來嚴重影響。從完善事業單位會計核算的視角下重構基建核算體系，把它并入《事業單位財務規則》的核算范圍，從更深層次及長遠來看，對構建事業單位會計核算大體系、加強事業單位財務管理和預算管理，具有更深遠的意義。
現行基本建設財務核算體系存在的問題
(一)獨立設置基建賬簿必然造成兩套賬簿、兩套報表并存的局面，影響一個單位財務報表的全面性和完整性。如一個單位的收入、支出、資產、負債按不同的核算口徑分別于兩套賬簿之中，使財務報表使用者在閱讀使用時霧里看花。
(二)一個事業單位兩套賬簿并存與會計理論相違背。從會計理論來分析獨立設置基建賬簿，把它與事業單位事業類賬簿人為分開，這與會計理論是相違背的，對構建完善全面完整的事業單位財務核算體系非常不利。
(三)單獨設置基建賬簿成為事業單位規避政府監督的有效途徑，成為事業單位財務管理產生諸多問題的溫床。
(四)兩套賬簿的核算妨礙了事業單位進行部門預算、國庫集中支付及政府收支分類科目等改革的進一步推進。根據財政部2006年頒發的《2007年政府收支分類科目》，對基本建設支出的核算主要歸口于兩個科目：基本建設支出及其他資本性支出。由于兩套賬簿對基建支出的核算內容重疊，在執行國庫集中支付時，實務中已出現同一工程項目的資金由于其來源的不同，其支出要在基建賬簿、事業支出賬簿分開核算及管理的問題,違反了“同一個建設項目，不論其建設資金來源性質，原則上必須在同一賬戶核算和管理”的規定。
把基建賬簿并入《事業單位財務規則》范圍進行統一核算已具備相應的基礎
首先，把基建賬簿并入行政事業單位的事業支出中進行統一核算已成為專家及會計工作者的共識，已有很多人撰文建議合并。其次，企業在把基建財務與企業財務并軌方面做出了很好的嘗試，并積累了許多寶貴的實踐經驗。第三，財政部頒發的《2007年政府收支分類科目》(以下簡稱《收支分類科目》)已為基建賬簿并入事業收支賬簿奠定了一定的基礎。
在事業單位會計準則核算框架下把基建核算并入事業收支賬簿的解決方法
首先，進一步完善事業單位制度。建議以《事業單位會計準則》、《事業單位財務規則》、《基本建設財務管理規定》、《收支分類科目》為基礎，相互銜接，達到既要滿足單位會計核算的要求，滿足政府部門預算管理的要求，又使開展基建項目的核算得以順利完成。
其次，統一核算后對基建業務進行會計處理。
一是收到財政基建撥款：借銀行存款(或零余額賬戶用款額度)，同時貸撥入專款-基本建設撥款。發生基建項目支出時：借基本建設支出(或其他資本性支出)，同時貸銀行存款(或零余額賬戶用款額度)，同時借在建工程-建安投資或待攤投資，貸固定基金。年末基建結轉支出：按照當年發生的金額按照不同的資金來源結轉收入。借基本建設支出(或其他資本性支出)，貸撥入專款-基本建設撥款(或事業收入、事業基金等)。其中撥入專款的結轉還應按照財政部門的規定程序才能結轉。基建工程的完工結轉：按照工程竣工財務結算報告及在建工程的累計余額，結轉工程成本。借固定資產，貸在建工程。
二是增設相關的基建報表。在事業單位會計報表中，還需把基建投資表、待攤投資明細表、基建借款明細表列入事業單位報表的編報內容，使之成為一個單位完整、全面的會計報表。基建報表原有的資金平衡表、主要指標表予以取消。
