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根據《財政部 交通運輸部稅務總局關于海南自由貿易港國際運輸船舶有關增值稅政策的通知》（財稅〔2020〕41號）、《財政部 交通運輸部 稅務總局關于中國（上海）自由貿易試驗區臨港新片區國際運輸船舶有關增值稅政策的通知》（財稅〔2020〕52號）規定，稅務總局配套制發了《國際運輸船舶增值稅退稅管理辦法》（以下簡稱“《辦法》”）。現解讀如下：
一、出臺背景
為支持海南自由貿易港、上海自由貿易試驗區臨港新片區建設，財政部會同交通運輸部、稅務總局先后制發了《關于海南自由貿易港國際運輸船舶有關增值稅政策的通知》（財稅〔2020〕41號，以下簡稱“41號文件”）和《關于中國（上海）自由貿易試驗區臨港新片區國際運輸船舶有關增值稅政策的通知》（財稅〔2020〕52號，以下簡稱“52號文件”），明確對國際運輸企業自境內建造船舶企業購買、在海南洋浦港、上海洋山港登記的船舶，實行增值稅退稅政策（以下簡稱“船舶退稅”）。為確保船舶退稅政策落地，稅務總局制發了《辦法》，就船舶退稅的備案、辦理及后續管理等問題予以明確。
二、主要內容
（一）適用《辦法》的具體范圍？
《辦法》第二條明確，運輸企業購進符合41號文件第一條、52號文件第一條規定條件的船舶，按照《辦法》辦理船舶退稅。
（二）如何確定船舶退稅的退稅額？
《辦法》第二條明確，船舶退稅退還的增值稅額，為運輸企業購進船舶取得的增值稅專用發票上注明的稅額。
（三）適用船舶退稅政策的運輸企業，如何辦理船舶退稅備案？
《辦法》第四條明確，適用船舶退稅政策的運輸企業，應于首次申報船舶退稅時，憑以下資料向主管稅務機關辦理船舶退稅備案：一是內容填寫真實、完整的《出口退（免）稅備案表》及其電子數據。二是運輸企業從事國際運輸或港澳臺運輸業務的證明文件復印件。同時，為便利企業，《辦法》明確，上述資料運輸企業可通過電子化方式提交。
（四）適用船舶退稅政策的運輸企業，在填寫《出口退（免）稅備案表》時，有什么需要特別注意的地方？
《辦法》第四條明確，適用船舶退稅政策的運輸企業在填寫《出口退（免）稅備案表》時，應在“是否提供零稅率應稅服務”欄次填寫“是”；“提供零稅率應稅服務代碼”欄次填寫“01（國際運輸服務）”；“出口退（免）稅管理類型”欄次填寫“船舶退稅運輸企業”；其他欄次按填表說明填寫。
（五）此前未辦理過出口退（免）稅備案的運輸企業，如在適用船舶退稅政策的同時，還開展了貨物勞務出口業務，應當如何辦理出口退（免）稅備案？
《辦法》第五條明確，適用船舶退稅政策的運輸企業同時出口貨物勞務、且未辦理過出口退（免）稅備案的，除船舶退稅備案所需資料外，還應按現行規定提供加蓋備案登記專用章的《對外貿易經營者備案登記表》或《中華人民共和國外商投資企業批準證書》，以及《中華人民共和國海關報關單位注冊登記證書》等相關資料。
（六）已辦理船舶退稅備案的運輸企業，不再從事國際運輸業務的，是否需要向稅務機關辦理備案變更手續？如何辦理？
需要辦理。《辦法》第七條明確，已辦理船舶退稅備案的運輸企業，發生船籍所有人變更、船籍港變更或不再從事國際運輸（或港澳臺運輸）業務等不符合41號文件、52號文件規定的退稅條件的，須自條件變更之日起30日內，持相關資料向主管稅務機關辦理備案變更，并自條件變更之日起，停止享受船舶退稅政策。
（七）適用船舶退稅政策的運輸企業，應當如何申報辦理船舶退稅？
《公告》第九條明確，運輸企業向主管稅務機關申請辦理船舶退稅時,提供下列資料及電子信息:一是41號文件、52號文件第三條第1項、第2項規定的資料復印件。其中，此前已向主管稅務機關提供過的資料，如無變化，企業無需重復提供。二是《購進自用貨物退稅申報表》及其電子信息，并在該表業務類型欄填寫“CBTS”，備注欄填寫“船舶退稅”。三是境內建造船舶企業開具的增值稅專用發票及其電子信息。四是主管稅務機關要求提供的其他資料。同時，為便利企業，《辦法》明確，上述資料運輸企業可通過電子化方式提交。
（八）運輸企業在申報船舶退稅時，需要提供境內建造船舶企業開具的增值稅專用發票，對于上述發票有什么特別要求？
《辦法》第九條明確，運輸企業購進船舶的增值稅專用發票，應當已通過增值稅發票綜合服務平臺確認用途為“用于出口退稅”。
（九）已辦理船舶退稅備案的運輸企業，發生船籍所有人變更、船籍港變更或不再從事國際運輸（或港澳臺運輸）業務等不符合41號文件、52號文件規定情形的，是否需要補繳已退稅款？
需要補繳。《辦法》第十二條明確，已退稅船舶發生船籍所有人變更、船籍港變更或不再從事國際運輸（或港澳臺運輸）業務等不符合41號文件、52號文件規定的退稅條件的，運輸企業應當在條件變更次月的納稅申報期內，向主管稅務機關辦理補繳已退稅款手續。應補繳稅款按以下公式計算得出：
應補繳稅款＝購進船舶的增值稅專用發票注明的稅額×（凈值÷原值）
凈值＝原值－累計折舊
（十）運輸企業發生騙取船舶退稅等違法違規行為的，應當如何處理？
《辦法》第十四條明確，運輸企業發生騙取船舶退稅的，主管稅務機關應追回已退稅款，并依照稅收征管法的有關規定處理。
三、執行期限
41號文件明確，海南船舶退稅政策的施行期限為2020年10月1日～2024年12月31日，52號文件明確，上海船舶退稅政策的施行期限為2020年11月1日～2024年12月31日，施行期限均以《船舶所有權登記證書》的簽發日期為準。根據上述規定，《辦法》發布后，凡是《船舶所有權登記證書》簽發日期在上述政策施行期間的，均可按《辦法》申請船舶退稅。
（來源：國家稅務總局辦公廳）
