醫院內部會計控制制度，涉及醫院經營活動的各個領域，主要包括預算控制、收入控制、支出控制、貨幣資金控制、藥品及庫存物資控制、固定資產控制、工程項目控制、對外投資控制、債權債務控制、財務電子信息化控制和監督檢查。
建立健全醫院內部會計控制制度，要以貫徹執行國家財經法律法規和規章制度為前提，堅持合法性、全面性、重要性、有效性、制衡性、適應性、成本效益原則，通過建立健全會計內部控制，使醫院各部門、各崗位相互監督、制約和聯系，從而達到維護國有資產安全與完整，堵塞漏洞，加強醫療機構財務管理，促進各醫療機構財務會計內部控制制度的建設，提高醫療機構財務管理水平和會計信息質量，為提高醫院自身競爭力和醫院發展戰略目標的實現，提供合理保證。
建立健全醫院內部控制制度，應著重落實好以下幾個方面的問題：
統一認識，塑造良好的控制環境
內部控制不同于傳統的一般牽制或經濟責任績效核算，而是一個涉及經濟活動全方位的控制，是一整套相互監督、制約、聯系的控制方法。由醫院各個層次的人員，上到院長下到各部門、科室職工共同實施。只有全院上下統一認識，才能保證內部控制的建立健全和有效實施。
落實建立健全內部控制與監督執行的崗位責任
醫院負責人對本單位財務會計內部控制制度的建立健全和有效實施負總責。醫院的財務部門具體組織本單位財務會計內部控制制度的落實。由內部審計機構或者指定專職人員具體負責財務會計內部控制制度的有效執行，并使內部控制在實際執行中得到不斷發展、改進和完善。
嚴格執行不相容職務（崗位）相互分離，關鍵崗位定期輪換制度
明確崗位的職責、權限、確保不相容職務相互分離，不得由同一部門或人員經辦經濟業務活動的全過程。有些醫院因人員條件限制對崗位分離沒有引起足夠的重視，常見有的單位銀行出納人員兼做銀行對賬單的余額調節表，不相容崗位沒有分設不同人員擔任。如果長期以未達賬項調節對賬單，又沒有很好地執行關鍵崗位定期輪換制，易發生貪污現象，給醫院造成損失。因此，醫院必須有2個或以上人員分工負責，起到相互制約的作用。
建立授權批準控制體系
建立起對辦理常規業務的常規性授權和對辦理例外業務的臨時性授權體系。明確授權批準的范圍、層次、程序和責任。形成責任明確，有權亦有責的管理控制體系。避免一旦出現問題，又難究其責的情況發生。每項經濟業務均納入授權批準范圍，如物資采購、款項的支付、預算編制執行與調整等等。
建立規范的重大經濟事項決策機制和程序，進行風險評估，實行集體決策
隨著市場經濟的發展，競爭日益激烈，不少三級以上醫院為了實現戰略目標，進行擴大規模，紛紛兼并周邊二級及以下醫院，還有對外投資性質的合作辦院，以及工程項目、籌資、對外擔保業務等重大事項。此時必須慎之又慎，加強對項目立項、評估、決策、實施、處置、報告制度等環節的控制，實行集體審議聯簽，控制風險。
建立退費管理制度，嚴格退費更正管理
增收是提高醫院經濟效益的主要環節，但退費環節亦不可小視。曾被媒體報道，中國醫學科學院腫瘤醫院住院處原主任石巧玲、中國醫學科學院北京協和醫院財務處下屬門診收費處原收費員馬鄲杰就是利用退費漏洞侵吞公款。抓退費管理，堵塞漏洞，是建立收入控制制度的重要一環。各項退費必須提供交費憑據及相關證明，核對原始憑證和原始記錄，嚴格審批權限，完備審批手續，做好相關憑證的保存和歸檔工作。第一，對門診、住院的藥品、檢查治療退費，必須提供原始發票、藥品處方或檢查治療單，經藥房主任或檢查治療科室主任及收費、住院處負責人審批簽注退款理由，經財務科專職人員審查簽字后，分別交門診收費處或住院處負責人辦理退款手續，并存檔。第二，對住院預收醫療款，除正常出院結算退費外，一般不予退款。確需退款，由病人或授權人提供有效身份證明并在原預收醫療款收據簽字，經財務負責人或授權人審批后方能退款。
