在實踐中，內控審計與財務報表審計結合起來應用會取得相互促進、相得益彰的效果。但如何將兩者更好地結合起來業界還研究得不多，有關思路、措施等還較為零散，有必要進行一個系統化的整合。
兩者結合可降低審計成本
2008年，財政部、證監會等五部委聯合發布《企業內部控制基本規范》。2010年，五部委再次聯合發布了《內部控制配套指引》并對我國企業提出具體要求：自2011年開始，上市公司需要逐步進行內控審計，注冊會計師可以進行獨立的內控審計，也可以將內控審計與財報審計相結合。
財報審計在我國發展時間較長，體系已經比較成熟，而內控審計出現較晚，還處于剛剛起步階段。
雖然從審計范圍、使用方法和審計流程上來看，財報審計和內控審計存在很大的不同，但從注冊會計師為兩種審計所提供的審計服務來看，內控審計和財報審計的目標都是保證鑒證業務的合理性，確保財務報表具有參考價值。因此，兩種審計具有很大的相似之處，可以互相借鑒，進行有效結合。
將內控審計和財報審計相結合，可以更加有效地完成審計工作，降低成本，提高效率，提升審計結果的準確性。
兩種審計在不同階段的“結合”
內控審計與財報審計一樣，都包括計劃階段、測試階段、發現缺陷階段和報告階段。在不同的階段，內控審計與財報審計相結合的側重點也有所不同。
在計劃階段，內控審計工作主要涉及企業內部風險管理、企業審計工作所需時間等，財報審計工作主要包括制定詳細的企業總體審計策劃等。對企業而言，內控是否存在巨大風險或者漏洞，是以會計報告是否發生重大錯報為依據的。
因此，在內控審計過程中需要對財報審計進行高度重視，并對財報審計工作進行詳細了解。而如果注冊會計師可以通過內控審計發現財報方面存在的重大問題，將利于財報審計的下一步進行。在審計計劃的初期采取內控審計和財報審計相結合的方式，可降低審計成本，增強審計的準確性。
對審計進行測試是財報審計和內控審計的關鍵步驟。財報審計大多采用實質性測試的方法，內控審計大多使用控制測試的方法。實質性測試可以對審計結果進行一定的支持。但是，當財報審計認為財報內容可能具有重大風險而財報審計過程中存在程序缺失時，就需要內控審計控制測試的配合。
進行內控審計控制測試的主要目的是獲取更加充足的證據，以對內控審計有效性和財報審計風險分析結果提出佐證。因此，只有內控審計和財報審計的測試有效進行，才能保證內控審計和財報審計相結合的有效性，確保審計結果的合理性。任何制度都存在一定的缺陷，內控制度也不例外。
內控缺陷可以劃分為設計上的缺陷和因為運行不暢造成的缺陷，而缺陷的嚴重程度也會對內控產生重要影響。有些內控制度的缺陷會對企業生產經營產生嚴重的影響，而某些缺陷可能對企業生產經營只產生很小的影響。
因此，評估內控缺陷對于審計報告的出具具有重要意義。注冊會計師在進行審計時需要了解內控缺陷的嚴重性，并確定缺陷到底會對內控產生什么影響。內控缺陷影響程度可以通過相關性分析等方式來確定。
在報告階段，注冊會計師需要綜合分析證據價值、對控制的測試結果、財報中的風險等問題，不可隨意了事。而根據我國內控審計的相關規定，將內控審計和財報審計相結合的審計，需要同時出具兩份審計報告。在出具內控審計報告和財報審計報告時，需要注明該注冊會計師同時進行了內控審計和財報審計，并說明審計意見類型。
內控審計與財報審計結合的“關鍵點”
為了將內控審計與財報審計進行“完美結合”，注冊會計師在審計過程中應注意如下幾點。
第一，注重劃分審計界限。雖然相關規定明確可以同時進行內控審計和財報審計，但是內控審計和財報審計仍然存在著較為明顯的不同。因此，需要明確劃分內控審計和財報審計的審計界限，以防內控審計和財報審計獨立性的缺失，影響審計報告結果的準確性。注冊會計師在進行內控審計時不可直接使用財報審計的結論數據，同樣在進行財報審計時也不可以直接引用內控審計的結果數據。
第二，從財報審計中查找內控審計的突破口。《企業內部控制審計指引》明確指出，注冊會計師需要使用自上而下的審計手段進行內控審計。這種審計手段最先出現在財報審計領域。注冊會計師要先對財報的風險進行整體評估，之后再逐步深入，把握重要項目的重點問題。而由于財務報表是注冊會計師可以較快獲得的一手資料，因此注冊會計師需要快速找到財報審計的關鍵點。財報反映出的問題，在某些時候也是內部控制失效所致。因此，通過財報中反映出的問題還可以尋找到內控審計的突破口。
第三，注重財報細節把控，查找內部控制缺陷。在進行財報審計分析時，注冊會計師一般會關注財務報表的各項內容，并對其中的重點項目進行重點分析。只有對財務報表中某些關鍵細節進行把握，才能更好地將內控審計與財報審計相結合，減少審計工作量。同時，在識別財務報表的重要項目后，注冊會計師還需要清楚確定財務報表中存在風險的這些項目的可能來源及發生原因。對財務報表尋根究底的分析態度，有助于注冊會計師快速發現財報中隱含的風險，找到企業內控存在的問題，做出正確的財報審計和內控審計判斷。
每個公司的內控制度都不是十全十美的，或多或少都存在著一定的缺陷，某些重大的內控缺陷將導致企業面臨極大的經營風險。在進行內控審計時，一旦發現了內控制度的缺陷，注冊會計師就要準確判斷，要通過綜合測評等方式全面了解內控缺陷的嚴重性，并確定該內控缺陷對企業進行內控造成了哪些方面的影響。
第四，把握企業整體風險，尋找有效的審計方式。內控審計和財報審計相結合的方式，可以促進注冊會計師更快速、更準確地把握企業整體風險，尋找更加有效的審計方式。同時，有效的審計手段將會減少注冊會計師的審計工作量，減少注冊會計師審計“繞彎”情況的出現。另外，對企業整體風險的把握有利于審計的順利進行。只有整體把握風險，才能集中力量尋找審計工作中的關鍵問題，最終出具合理有效的審計報告。
第五，加強學習培訓，合理配置審計小組成員。內控審計在我國起步較晚，審計模式并沒有完全成熟。這對于很多注冊會計師而言也是一個全新的領域，需要對該方面的審計流程進行重新學習。而將內控審計和財報審計相結合，對注冊會計師提出了更高的要求。如果沒有把握內控審計或財報審計中的任何一個方面，將會造成整體審計分析結果存在偏差，為注冊會計師行業帶來較大風險。同時，審計小組的人員配置將直接影響審計結果的準確性。因此，會計師事務所需要合理挑選審計小組成員，并進行相應的培訓，降低注冊會計師的從業風險，提高審計報告質量。
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