隨著財政改革體制的不斷深化，在新事業單位會計制度中，增加了與國庫集中支付、政府收支分類、部門預算、國有資產管理等財政改革相關的會計核算內容，實現了會計制度與其他財政法規政策的有機銜接，有利于促進各項財政改革政策的貫徹落實。新事業單位會計制度必將對我國事業單位提高財務管理水平產生極大促進作用。
一、改變會計核算基礎使事業單位的會計信息質量不斷提高
原事業單位會計核算基礎采用的是收付實現制，主要優點在于較簡便且容易運行，通過對客觀事物的直接反映預算執行情況，人工成本較低；但是它不利于反映真實、完整的事業單位的財務狀況、業務活動情況，無法為信息使用者提供真實的會計信息以及有利于會計目標的信息。
新事業單位會計制度中，除了一些專項業務需要采用收付實現制外，其它的通常都是采用權責發生制，即以收付實現制和權責發生制混合體為會計計量基礎。采用權責發生制核算，能夠全面反映資金的來龍去脈，能夠更客觀、更準確對單位的工作業績進行綜合評價，更符合會計核算的客觀性原則和謹慎性原則。
二、創新引入了固定資產折舊和無形資產攤銷，更加準確反映單位資產價值
原事業單位會計制度沒有對固定資產是否計提折舊做出明確的規定，會計制度通用科目中沒有折舊、攤銷等科目。在實務操作中，按照收入的一定比例提取修購基金作為凈資產的一部分。這種核算方式下，隨著固定資產使用和磨損，賬面價值與凈值會隨著時間的推移差額越來越大，存在著價值背離、虛增凈資產、成本不完整等弊端：另一方面，固定資產不計提折舊，人為降低了取得相應收入的成本，虛增了盈余，且不能真正體現會計核算的配比原則。
原事業單位會計制度對無形資產核算方法不完整，缺乏嚴密的無形資產核算體系，不能客觀、真實地記錄、反映事業單位財務狀況。原制度規定，對于實行內部成本核算的事業單位，其無形資產應在受益期內平均攤銷，分期計入經營支出。對于實行內部成本核算的事業單位，無形資產在受益期內平均攤銷是合理可行的，但對于不實行內部成本核算的事業單位，無形資產攤銷一次計入事業支出的會計處理不能在會計報表中客觀、真實地記錄、反映無形資產的存在，不利于單位內部對這些無形資產的控制、監督管理；
新制度創新引入了固定資產折舊和無形資產攤銷，要求事業單位按照事業單位財務規則或制度規定確定是否計提折舊，并規定了“虛提”折舊和攤銷的處理方法。這一處理兼顧了預算管理和財務管理雙重需要，既不影響事業單位支出的預算口徑，又有利于反映資產隨著時間推移和使用程度發生的價值消耗情況，促進事業單位落實“實物管理與價值管理相結合”的資產管理理念和原則，為事業單位進行內部成本核算提供會計數據支持。
三、規范會計核算體系，財務管理更加科學化、精細化
從新制度實現了預算、核算、決算的統一來看，新事業單位會計制度要求事業單位區分財政補助和非財政補助，并分別核算，由此提供的信息更為精細，與預算和決算相對應。
從提高會計核算質量來看，新制度對各收入、支出、結轉及結余等會計科目做了比較詳細的規定，要求各項收支按照政府收支分類科目進行明細核算，在財務報表組成中專門增加了“財政補助收入支出表”，由此所提供的會計信息更為精細、科學，有利于事業單位規范會計核算，加強財務管理。
綜上所述，新制度對事業單位財政預算發展產生了巨大影響，極大地促進了事業單位財務管理水平的提高。促使事業單位的財務狀況、事業成果、預算執行情況得到更為全面、真實、合理的反映，對于提高事業單位會計信息質量、加強財政對事業單位的科學化精細化管理、提升事業單位的財務管理水平、促進事業單位健康可持續發展具有十分重要的意義
