要做到農村集體土地流轉，特別是集體建設用地流轉平穩有序，循序漸進，就必須在頂層制度設計上考慮全面，兼顧效率與公平。在操作層面需要形成引導激勵約束機制，發揮宏觀主體與微觀主體兩方面的積極作用，確保集體土地流轉改革創新取得預期成效。
——在決策層面上
一是做好土地確權工作。2011年5月，國土資源部、財政部和農業部聯合下發了《關于加快農村集體土地確權登記發證工作的通知》，要求完成農村集體土地所有權證的確權登記發證工作，這項工作意義重大，涉及廣大農民切身利益，對農村經濟社會發展影響深遠。通過農村集體土地確權登記發證，依法確認農民土地權利，強化農民特別是全社會的土地物權意識，有助于解決農村集體土地權屬糾紛，在城市化、工業化和農業現代化進程中切實維護農民權益。當然，由于歷史遺留及法制缺位等原因，在農村還存在一部分權屬不清、存在糾紛的集體土地，甚至有些土地沒有任何使用許可而長期被占用開發，處理起來非常棘手，既要凸顯公平正義，強調依法合規，又要顧及歷史遺留、現實情況與社會穩定，尤其是在集體建設用地即將入市的巨大利益誘惑下，一些人有可能會鋌而走險，這些都給土地確權工作帶來了不少困難，解決起來需要在法律與現實之間尋求平衡，必須下一番工夫。
二是要適時修訂調整相關法律法規。法律修訂調整是集體土地流轉利益最權威和恒久性的制度保障，也是構建城鄉統一建設用地市場的法律保障，有許多工作要做，比如現行《土地管理法》第四十三條“任何單位和個人進行建設，需要使用土地的，必須依法申請使用國有土地”和第六十三條“農民集體所有的土地的使用權不得出讓、轉讓或者出租用于非農業建設”等條款均須做出相應調整或修改，從而為集體建設用地上市提供法律依據。此外，法律應對征用農村集體土地規定更加嚴格的限定，非經法律認定的公共緊急突發事件、戰爭或國家重大公共基礎設施建設外，一般情況下不宜再征收農民土地，而一律改為使用權市場轉讓。
三是在規范清理的前提下實行集體建設用地流轉與國有土地流轉并軌。眾所周知，為保護耕地，少占或不占農田，依據《土地管理法》，農村集體建設用地不在城市住宅建設土地利用規劃之內，然而現實中農村集體經濟組織和鄉鎮政府及村委會或是利用集體土地建造廠房“反租倒包”，或是對集體土地“以租代征”以逃避監管，乃至利用宅基地甚至農田大量建造出售“小產權房”，既未履行任何國土規劃利用審批手續，也未繳納相應的土地出讓金。如果對此類現象沒有說法而無差別地將全部集體建設用地并入國有土地或房產交易市場，那就意味著之前的一系列違規違法行為合法化，這不僅嚴重沖擊合法的土地市場和房地產市場，導致國家損失巨額稅費，而且對正規土地承租者和房地產納稅人（包括開發商和購房者）來說也是不公平的。所以，作為集體建設用地與國有土地交易并軌的前提條件，應該是違法出租、轉讓或違法開發的集體建設用地必須補交相關稅費，中止違法交易并依法補辦手續后方可上市交易。對已出租或出售但無力或拒不繳納有關稅費的集體土地和“小產權房”，不予辦理相關證照，嚴禁上市交易，情節嚴重者依法向人民法院起訴解決。
四是要從審批監管向市場監管過渡。伴隨農民承包田流轉的逐步規范和集體建設用地入市，政府對農村土地的監管也應逐步從單一的行政審批監管向登記注冊、登記變更、登記交易、繳納稅費等市場環節的全程監管轉變，在轉變的過程中簡政放權，如將規劃建設用地的逐次審批逐漸改為一次性審批，同時對農用地的非農變更實行更加嚴格的審批加動態監管，完善集體建設用地流轉與耕地復墾掛鉤制度，確保承包田、林地、草場、流域等農地在集體建設用地上市后不會被再度侵占、掠奪。
五是要逐步形成市場定價的土地使用權轉讓機制。伴隨農民承包田流轉的逐步規范和集體建設用地入市，政府也不宜再對集體土地流轉設定最低保護價，不宜把“同權同價”絕對化，而是應當依法給與同等機會，引導、扶持市場定價機制體系的形成，讓市場在集體土地流轉過程中發揮決定性作用。
六是調整財稅收入分配格局。伴隨集體建設用地入市和部分農民承包田的資本化運作，對農村地區基礎設施和公共服務需求將日益增加，相應地，集體建設用地流轉的稅費收入亦應通過制度設計留給基層財政一部分，籍以通過集體建設用地流轉形成基層財政較為穩定的財源，緩和目前基層政府運轉困難的尷尬局面。
——在微觀操作層面上
一是完善集體土地流轉的民主監督程序。作為對集體建設用地上市的配合措施，應引導形成更加嚴密的民主程序，特別是整體連片的承包田以入股方式流轉、集體建設用地流轉及集體土地流轉收益分配處理的民主程序，維護農民的合法權益和國家利益。如任何未經集體經濟組織成員2/3以上同意的土地流轉不僅無效，而且應對相關責任者追責。同樣，對通過審計查出集體土地流轉收益未提取公積金和公益金的，要做出相應處罰并責令改正；對過去村屯債務應在集體土地流轉后的收益分配中做出妥善安排，拒不安排的禁止進行任何新的交易；對農民個人轉讓承包田使用權收益強制補足社會保險費用。
二是推廣合同管理。針對過去普遍存在的農民承包田流轉隨意現象，應在《土地承包法》基礎上制定相應細則，明確監管責任，統一農民承包土地的流轉程序，逐步推廣合同管理，規范農地在農業生產范圍內的流轉，妥善保護耕地，切實保護合同各方合法權益，確保農地流轉平穩有序。
三是規定集體經濟組織成為集體土地流轉的主體。面對集體建設用地即將入市，應改變過去鄉鎮政府或村委會直接參與集體土地流轉，特別是集體建設用地流轉的越位現象，而應激勵、引導農民建立、重組或完善集體經濟組織，而基層政府則專注服務。無論是以入股方式流轉的農民承包田，還是集體建設用地，均應通過農民集體經濟組織作為主體實施，這樣有利于提高效率，也有利于改變農民在市場交易中的弱勢群體地位。
四是構建第三方審計和評估體系。在政府逐步退出對集體土地流轉的價格干預后，應逐步扶持形成諸如會計事務所、土地事務所、投資公司、律師事務所等社會第三方評估體系，給予登記注冊等合法經營資格，依法承認其評估文件的權威性，依法處罰弄虛作假的評估機構，以制度化規定要求第三方機構介入集體建設用地流轉，甄別集體建設用地和集體經濟組織的債務糾紛，保護農民和有關各方的合法權益，維護市場秩序，形成集體土地流轉的良性機制。
