農村土地流轉在改變農村面貌、激發農業生產活力并促進農民富裕的同時也產生了一些問題，有些甚至激化為法律糾紛或群體事件，尤其是集體建設用地流轉和耕地的非農流轉，更是農村土地流轉問題的焦點。而在這些問題的背后，一方面是集體土地法律權屬地位模糊與市場身份不確定等體制制度性原因所致，另一方面是基層政府和村組織乃至部分農民法律意識淡薄所致。
從宏觀層面看，一是按照《土地管理法》規定，集體建設用地具體區分為規劃建設用地和建設項目用地，而從規劃建設用地變為建設項目用地須逐批逐次審批，但現實是集體建設用地大多為規劃用地，而土地流轉受讓一方一般愿意承租規劃用地而非項目用地。如果嚴格按照《土地管理法》規定流轉，那么集體建設用地的市場價值就會縮水，而如果將規劃用地納入流轉之列，耕地保護又成問題，現實中一些規劃農地在“生態農業”、“設施農業”、“家庭農場”名義下流轉后實際上都成了變相的旅游項目、工業項目甚至房地產開發項目，如何處理好保護耕地與促進農民致富這一關系對相關部門來說是一個難題。二是目前在農村，特別是在東部沿海農村地區，真正符合規劃用途管制要求的集體建設用地數量有限，一些村委會和鄉鎮政府為招商引資和為集體創收，便通過“以租代征”來逃避用途管制，如在經濟發達的珠江三角洲地區，流轉的集體建設用地竟超過實際集體建設用地的50%，基本上通過“出租”來實現，即便是在一些經濟欠發達地區，這一比例也超過20%。流轉量大大超過存量并以“出租”形式流轉意味著越來越多的耕地被占用，一些集體土地被擅自改變原本屬于農業或公益的用途，直接導致對集體土地的“掠奪性”開發。三是一些地方政府長期依賴廉價征收集體土地取得財政收入，故對農村集體建設用地流轉不積極、不作為。四是我國幅員遼闊，地區差別很大，靠近大城市的農村和東部沿海地區集體土地流轉乃至資本化相當普遍，級差地租等土地的財富效應明顯，而遠離大城市的農村和中西部地區經濟落后，對土地等生產要素需求較少，集體土地流轉甚至要靠政府規定最低保護價才不至于以象征性價格出讓，地區差別所導致的苦樂不均現象十分嚴重。五是由于法律權屬模糊與市場地位不明確，在集體土地流轉，特別是集體建設用地流轉中引發了許多利益糾紛，當地政府大多只能采取息事寧人甚至以政府出錢“買單”的方式維穩，給財政造成了不應有的負擔，也損害了政府公信力和法律權威，致使少數過激者有恃無恐，屢屢挑戰法律底線。
從微觀層面看，一是在城鄉接合部集體建設用地的流轉有相當一部分是從事“小產權房”的開發，這類開發一般由村委會或鄉鎮政府主導開發，以“舊村改造”、“村鎮建設”、“新農村建設”等名義，利用集體建設用地乃至農民宅基地建設住房，滿足當地農民的居住需求后，將其余部分進行市場銷售，所獲收益歸集體所有，向村民分紅。“小產權房”所占用的集體建設用地既不是規劃中的住宅開發土地，也沒有繳納土地出讓金，更沒有土地使用和住宅開發許可證，它的存在嚴重擾亂了正常的房地產市場秩序，也導致農村集體建設用地管理失控，國家稅費收入大量流失，交易雙方利益均得不到法律保障。二是農民利用宅基地建房出租出售給農民工或城市居民的情形在城郊非常普遍，已經形成了一個規模巨大的宅基地和私有房屋的隱形交易市場，由于這些房地產不在政府規劃之列，基礎設施和公共服務無從保障。三是農村建設用地開發主體大多是村委會和鄉鎮政府，在巨大的利益誘惑下，少數基層干部徇私舞弊，侵吞集體財產，引發農民群眾的義憤，甚至引發群體事件，影響社會穩定。四是部分村集體和村民對土地流轉收入“吃光拿光”，既不留集體公積金、公益金之類的積累，也不償還集體經濟組織債務，甚至也不參加社會保險，而“吃光拿光”后，村民生活無保障，還是要找政府解決，造成新的社會問題。五是耕地流轉模式五花八門，許多流轉模式隨意使用，缺乏法律依據，極易引發流轉糾紛。六是部分沿海農村地區為推進城市化而嘗試農民進城的“三置換”，其中就有農民宅基地置換城市住宅和農民承包田置換城市社會保險，然而在承包田局限在內部流轉，宅基地不能上市交易的制度限制下，這些做法存在嚴重的合法合規性疑問，容易留下隱患。
