家庭農場推動了農業大發展，但要在一國范圍內全面推進面臨以下幾個難點。
一、土地流轉和集中困難
“土地是財富之母”，土地流轉和集中連片是形成和培育家庭農場的前提與基本條件。在我國現有的土地制度框架下，廣大農村集體土地流轉雖已普遍存在，流轉方式多樣，但這些流轉多是農民一種自發的、無序的行為，存在著流轉主體混亂，流轉收益分配不合理，農民權益得不到保障等現象。特別是隨著我國土地附加值的逐年增加，農民“惜地”現象越來越突出，即使農戶有意愿流轉土地，但承包戶與農戶的合同是兩年一簽，農戶不愿意簽訂長期的租賃合同。據調查，寧波68個家庭農場中土地流轉時間在5年以下的有36家，占總數53.2%；5年-10年的有22家，占32.9%；10年-20年和20年以上的，分別只有6家和4家，占8.37%和6.53%。土地流轉關系不穩定是土地不集中的重要瓶頸。另外，在多數情況下承包戶流轉到的土地極其零碎且不連結成片，也嚴重制約著農業的規模化、集約化、專業化經營，影響家庭農場的發展。
二、生產資金不足
資金不足是制約家庭農場規模擴大的又一重要因素。以海鹽家庭農場的資金投入來源為例,家庭投入占到65%，信貸投入占到22%，而政府補貼占到13%。位于海鹽縣沈蕩鎮的綠葉家庭農場，專業種植蔬菜面積達到200畝，除了初期的固定投資以外，每年仍需流動資金40多萬元。由于大部分家庭農場主資金實力不強，再加上固定資產投資額有限，無法通過資產抵押等方式來獲得更多的流動資金，也就制約了其擴大經營規模，提高技術水平和生產效益。目前農村地區開展融資信貸的金融機構較少，大部分只有農村信用社，且申請借貸資金的程序較為復雜，審批效率較低，借貸金額較少，難以滿足農場發展所需的資金需求。政府雖然在土地流轉、農機農技、融資信貸等方面提供一定的政策補貼,但是相對于農場投入來說，補貼力度較小，起到的作用有限。
三、社會化服務體系不完善
現在的家庭農場與以前的散戶經營有著本質的區別，現代化的家庭農場對農田水利、生產輔助房、晾曬場、公路設施、種子采購、田間管理、農技咨詢、農機服務等提出了更高的要求，所以與家庭農場相配套的產前、產中和產后的社會化服務體系是發展家庭農場的第二個關鍵要素。而目前這些與家庭農場配套的設施以及產業鏈在我國尚未形成。同時，家庭農場發展的方向是與大市場對接，走集約化道路，所以其本質是企業法人，而企業法人就應該擁有與之對應的法律地位。因此，發展家庭農場的突出問題是制定制度規范確立家庭農場的地位和行為，只有具備了合法的身份才能在財政稅收、用地優惠、金融服務、農業保險等政策上得到實惠。但是目前，我國大多數地方對家庭農場的注冊登記制度、家庭農場的認定標準、登記辦法都還沒有制定相應的細則。
四、家庭農場主文化程度偏低
由于工業化、城市化的發展，我國農村青壯年勞動力紛紛外出打工，轉向非農產業和到城市就業，剩下的農業生產者和經營者普遍素質不高。家庭農場主文化程度偏低，致使他們主要依賴傳統經驗對農場進行經營管理，他們與現代家庭農場經營管理理念的要求存在較大差距，難以適應社會化大生產和市場化競爭。
五、農業科技有效供給不足
雖然改革開放已30多年，但我國科研體制在許多方面還具有計劃經濟時期的痕跡，再加上農業技術本身具有很強的公共品特性，導致當前我國農業技術產權依然界定不清，農業技術創新成果的產權收益低。這樣，產權制度激勵功能嚴重弱化，農業科研主體研發動力不足；科學技術創新，經費投入是關鍵，而經費投入恰恰是我國技術創新的軟肋。由于我國技術研發投入不足，財政基本支出保障不了農業科研人員和運轉費用支出，結果項目經費競爭現象嚴重，項目主持人在申請課題、應付各類檢查等方面，要花費大量的時間與精力，大大減少了實際科研時間，農業技術成果轉化率低。據統計，我國農業科技成果平均推廣轉化率為30%-40%。其主要原因是技術創新主體與市場嚴重脫節，導致研發成果不適應農業生產經營實際需要。顯然，這種情況遠遠不能滿足我國農業現代化對農業科技的需求。
六、農業補貼方式的選擇
現在國家對農業的補貼越來越多，但培育發展家庭農場，需要選擇合適的農業補貼方式。例如土地流轉戶在合同期內失去了土地的使用權，此時土地直補款應該補貼給土地流轉戶還是家庭農場主？政府在支持家庭農場發展過程中，以農業補貼方式建立的農業基礎設施，其所有權到底歸屬于家庭農場、集體還是政府？鼓勵培育發展家庭農場，以政策優惠和補貼家庭農場，需要進行單方補貼還是雙方補貼？這些問題都需要重新考慮。
