日本企業會計準則和國際會計準則之間的區別主要體現在對并購采用的會計處理方法、并購過程中發生的相關費用及商譽的處理三個方面。
日本現行的企業合并準則是2003年10月31日由日本企業會計審議會發布的，該準則要求合并會計的處理原則上采用購買法，但在符合三個特定條件時允許采用權益集合法。允許采用權益集合法的原因在于,日本會計準則認為企業合并是經濟資源的結合而不是經濟資源的接管。采用購買法時，將哪一方作為購買企業將影響到整個合并數據結果。因此，當不能確認哪一方是購買企業或被購買企業時，需采用公允價值記錄企業的資產和負債。由于采用公允價值的前提是要存在一個活躍的市場，而日本的條件尚未成熟，因此公允價值很容易成為利潤操縱的工具。
關于并購過程中發生的相關費用，日本會計準則規定計入購買成本的直接費用，僅包括向外部支付咨詢、顧問等所需的特定報酬、手續費等支出，其他支出則作為業務年度的費用處理。關于商譽的會計處理，日本企業會計準則采用了分期攤銷方式。規定購并方應在購并日確認商譽，并應按照《國際會計準則第36號—資產減值》的要求每年對商譽實施測試，如有事項或環境的變化顯示其可能減值，應更頻繁地進行測試。
