根據國家稅務總局《關于加強國有糧食購銷企業增值稅管理有關問題的通知》(國稅函[1999]560號)第二條的規定：經稅務機關認定為增值稅一般納稅人的國有糧食購銷企業，1999年內要全部納入增值稅防偽稅控系統管理，自2000年1月1日起，其糧食銷售業務必須使用防偽稅控系統開具增值稅專用發票。
根據國家稅務總局《關于國有糧食購銷企業開具糧食銷售發票有關問題的通知》(國稅明電[1999]10號)的規定：財政部、國家稅務總局《關于糧食企業增值稅征免問題的通知》(財稅字[1999]198號)規定對屬于一般納稅人的生產、經營單位從國有糧食購銷企業購進的免稅糧食，可依據購銷企業開具的銷售發票注明的銷售額按13%的扣除率計算抵扣進項稅額。
因此，國有糧食購銷企業可以按13%的稅率開具增值稅專用發票。
