一、明確部隊財務管理目標
部隊財務管理目的主要在于確保部隊資金應用與流通的科學化，希望部隊資產品質提升，達到預期的運行目標與持續性運用目標。具體來說，部隊財務管理工作應當重視如下兩個目標。
一是戰略性（Strategic）目標。戰略的涵義很廣。戰略的定義，從各行各業所設定的機制也各有不同的基調。因此，其定義繁多，效用廣泛，但卻離不開愿景、使命與目標。就部隊而言，是指部隊領導從戰略的制定程序中，對部隊本身使命及愿景在明確化情況下，思考內部環境的優勢與弱勢，外部環境的威脅與機會來設定目標，并展現現代化部隊風險管理與財務管理戰略步驟，加強風險的辨識、量化、監督以及控制的機制及活動，以積極態度面對復雜環境等惡性競爭的挑戰，也可以說是現代部隊所追求的戰略性目標。戰略性目標一般短期性、或作業性的態度內涵不同，它是屬于層面更廣，動員部隊資源、多層次化目標。有一點更要體會的是，戰略性目標，在進行財務管理與風險管理的過程中，會去衡量風險忍受度。二是運行（Operations）目標。部隊財務管理的基本目的就在于促進部隊科學運行，以期符合理滿足“運行的效果與效率”。部隊應按依據本身的特色而運行，并降低風險最低，才能夠確保資源的有效利用。因此，在財務管理架構的分類目標中，應明確指出部隊的運行與資源的使用可產生效果與放率有關。這也就是說，財務管理工作要有效的使用部隊資源，使運行達到效果及效率的目標，包括獲利、績效及保障資產安全等。
二、嚴格按照科學的原則制訂相應制度
完善部隊財務管理制度必須重視如下五個方面的原則，這包括有約束性原則、內部牽制原則、合法原則、全面性原則及成本效益原則。一是約束性原則，指財務管理規則是部隊內部各單位執行內部“法律”的依據，人人應遵守。二是內部牽制原則，指執行必須權責分明，相互制衡的內部牽制原則。所謂權責分明，就是誰該做事，而發生問題時能判別問題的來源，可以清楚的聚焦在一個人或一個程序上，而不是模糊的范圍。內部牽制是一個以工作和作業分工為核心的監督控制，可以再分為四類：機械牽制、職務牽制、帳簿牽制與實踐牽制。例如在財務管理上，處理現金帳簿的人員，不同時發放及保管現金，這是屬于職務的牽制。三是合法性原則。合法性指的是財務管理的規章不應該違背法律的規范。部隊在設計財務管理制度時，必須要以法令、法規作為財務管理設計的法源。四是全面性原則。設計財務管理制度時，必須要針對部隊運行過程的關鍵控制點，落實到決策、執行、監督及回饋等各個環節。這一個原則明確了部隊的控制應具有完整性跟系統性。五是成本效益原則，這指的是以合理的控制成本達到最佳或最適的控制效果。控制的成本，除非有法令依據必須執行，部隊在監督上是有許多彈性。基本原則上的成本不應該超過錯誤或潛在的風險所造成的損失跟浪費。而且過度的實施財務管理也會造成工作效率的低落。
三、重視財務內部控制工作
為促進部隊財務管理工作的合理開展，維護部隊資產的安全及確保財務、管理信息的可靠性與完整性，部隊財務監督部隊領導層通過例行性的財務監督，除查核部隊各項運行活動的執行狀況外，也應一并了解內部控制是否有效執行。就目前情況來看，部隊管理階層每年度均會對部隊內部控制工作的情形進行考核，并開展定期辦理內部控制座談會，與部隊財務部隊領導層就內部控制工作所產生的問題進行雙向溝通，以期有效提升部隊財務內部控制的品質。隨著我國部隊逐漸成型的發展趨勢，并在落實以風險為導向的監督原則的指導下，部隊領導層對部隊的財務風險管理及內部控制制度的落實問題日趨重視，也應當進行實施的創新變革。目前所面對的外部查核的不足之處主要包括：一是財務內部控制人員的資格與培訓，有不符規定的情況；二是未將領導階層要求列入內部控制查核重點的事項列入查核；三是內部控制部門未就查核缺失與監督意見，持續辦理追蹤復查；四是內部控制單位未履行督導各部隊辦理自行查核，并覆核其自行查核報告。
為了有效開展財務內部控制工作，應當做好如下幾點工作：一是目前內部控制技術已經逐漸科學化、數量化，而將部隊的內部控制工作予以量化，采用數據導向的內部控制，有效分配查核資源在部隊中高效率應用已是刻不容緩的工作。內控人員也應提高風險意識，增強風險識別能力，確保可應對未來內部控制工作的挑戰。二是改變及創新量化的內控結果，以提高其效率；并簡化內部控制報告，引用二八法則的觀念，撰寫內控發現、具體明確的建議及改善情形，讓部隊高層領導人員迅速掌握內部控制報告的重點。三是部隊領導層對內部控制的支持態度會影響內部控制的獨立性，因此部隊領導者應強化對內部控制的重視態度。四是目前部隊內部控制單位多由高層所控制，可能因領導人員行事作風及對內部控制的重視程，影響內部控制單位的獨立性。因此，部隊應設置審計委員會，并將內部控制單位隸屬于審計委員會，以提升其獨立性。
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