我國科研經費的管理經歷了集中管理模式到分散管理的發展，現階段科研經費總量很大，分屬很多部門管理，不同的管理部門有不同的管理經費。但也存在很多管理誤區，需要制定詳細的管理辦法，來規避科研經費管理中的漏洞。
我國科研經費的管理誤區
（一）科研經費投入方向偏差
從上世紀80年代中期開始，我國科研經費的管理模式，從計劃管理模式轉變為自由探索、創新資助管理模式，但科研經費投入方向上自由探索度不足，科研偏重規劃現象嚴重，掌握撥款的部委一般先出《申報指南》，科研人員根據《指南》規劃的研究方向申請科研資金，而制定《指南》的專家、院士對研究方向具有一定的局限性，限制了科研人員自由探索、創新研究的精神。
（二）科研經費浪費現象嚴重
1.同一內容項目多頭申報。由于我國掌握科研經費撥款的部門各自為政，很多研究項目存在重復、反復申報的現象。比如同一研究內容的課題先在校內申請，過后換個名稱申報省級、部級課題，然后再換個名稱申報國家基金，造成科研經費重復申報，資金利用率低，浪費現象嚴重。
2.科研經費過度集中在少數研究人員手中。科研經費管理體制經過多年發展，目前掌握科研經費撥款的單位政出多頭、分工不清。國家層面的科研經費有國家自然科學基金、教育部重點學科建設、科技部“973”計劃和“863”計劃、中科院知識創新工程；工程院、發改委等部門也有各自的科研資金。地方層面上，各省級、市級也有一定比例的科研資金。這些掌握大量科研資源的管理部門，為了科研資金的安全和效益，大多青睞知名大學（如北大、清華、復旦等）和知名研究機構的知名教授，而對部分具有創新精神的一般科研人員和具有實際意義的科學研究卻資助不足。科研經費過度集中在少數研究人員手中，科研效果不突出，科研經費浪費嚴重。
（三）科研經費成為考核工作業績的重要指標
近年來，流行對各高校進行排名，其中一項重要指標就是科研經費總量。科研經費已不僅是科學研究的經費保障，而成為考核科研人員、科研機構和各高校工作業績、工作水平的指標。從不同科研經費撥付部門盡量多的獲得科研經費、多發表論文成為高校首要追求的目標，造成手段和目的倒置，反而忽略了科研的真正本質。
（四）科研經費分配過程的行政主導問題
我國一些大型研究項目，如“973”、“863”計劃項目，由政府指定專家制定項目指南，科研人員根據項目指南申請項目。這種情況可能造成評審者、申請者、評估者是同一個人或同一個團體，存在政府行政主導科研經費分配的問題。研究人員浪費過多的精力拉關系，卻沒有時間作研究、討論學術問題，造成學術資源浪費、腐蝕精神、阻礙創新等危害。因此，亟需打破這種行政主導科研經費分配的方式，行政人員應退出科研經費分配環節，可以參考國家自然科學基金的評審方式，讓各行業專家擔任評審主角。專家與被評項目無利益關系，純粹根據項目的優秀程度、創新精神確定科研經費的分配方向，確保優秀的科研團隊拿到所需的科研經費。
（五）科研投入與產出不成比例，成果轉化率偏低
“十一五”期間，我國科研經費占GDP的比重從1.3%增加到1.8%，“十二五”期間這個比重將繼續增長，預計2015年將增加到2.2%。科研撥款逐年增加，大量的科研投入是否能產生好的科研效果，是必須關注的問題。現實是大部分的科研經費被投入到購買儀器設備上，設備投入大大超過對人才培養的投入，部分設備使用一次或未經使用就閑置起來。相比較美國則將70%至80%的科研經費投入到人才培養上，我國科研經費用于人才培養的比例太低。
在科研產出上，我國科研人員發表的論文數量已經超過美國，居世界第一位。但是這些論文平均引用率排在世界100位之后；研究產生的科研成果，轉化為生產力的不到10%，投入與產出嚴重不成比例。科研成果轉化率偏低，學術成果缺乏創新，存在雷同和造假現象。
（六）科研勞務報酬未正確體現
我國制定的科研經費管理辦法普遍缺少對科研人員提供勞務報酬的條款。幾類基金項目，如《國家自然科學基金項目資助經費管理辦法》、《國家社會科學基金項目資助經費管理辦法》，雖有勞務費支出項目，但僅限于參加項目研究，無工資性收入的研究生、博士生。其他省、部級及地方科研經費，大都參照國家科研管理辦法制定，不允許支付科研人員勞務費。科研人員所耗費的腦力、體力勞動無法正確體現，打擊了科研人員的工作積極性，以致于科研人員用一些虛假票據套取科研資金。
（七）科研經費管理機構不完備
國內的高校沒有配備專門的科研經費管理機構，一般由學校財務處負責科研經費管理。財務人員只是對報銷單據是否合法、報銷手續是否完備以及報銷內容是否在預算范圍內進行審核，對于經濟業務是否真實發生無法判斷。高校財務管理過程粗放而不到位，管理隊伍和管理人員的水平已不適應高校日益增長的科研經費管理需要。美國、歐洲等國家大都實行專業的管理團隊進行管理。值得借鑒的是加拿大高校，設有專門的科研經費管理辦公室，課題負責人一般只掌握自己的經費號，需要使用經費時先申請，學校管理辦公室對經費使用進行審計，撥款部門也對經費使用進行審查。
