水利專項資金實施集中核算是加強水利資金監管的重要措施，實施集中核算對水利專項資金的監督，會計核算
的規范都具有重要作用。
一、水利專項資金集中核算的優勢
（一）對財經違紀行為具有預防、制約作用。實行集中核算在建管單位賬戶、報賬、制度等源頭上制止工程資金的亂支濫用，將建管單位財務收支全過程置于主管單位的監督之下，增加建管單位在項目支出方面的透明度和自我約束力，有效地控制了腐敗的產生。
（二）規范會計基礎工作和核算行為能有效提高會計信息質量。對于大部分單位，基建業務不是經常性發生，一旦發生，財務人員對會計核算工作從業務上便無從下手。采用集中核算，可以使建管單位不必擔心專項資金核算的專業性，更專注于工程，將為民、惠民工程盡快落到實處。
二、水利專項資金集中核算的弊端
（一）有相對獨立的監督條件卻無法有效的實施監督。由于核算中心的會計人員獨立于建管單位，只能按工程進度到施工現場查看專項資金使用情況，無法真正了解經濟事項的全貌，只能通過相關書面資料來審核。因此，克服遠離經濟事項的真實性是實施集中核算的基本條件。
（二）報賬員業務素質參差不齊，制約了集中核算工作的質量。目前，集中核算普遍存在以下問題：（1）無專職報賬員；（2）有專職報賬員，無從業資格證；（3）報賬員實為“跑腿員”。核算中心與建管單位之間主要通過報賬員聯系，加強報賬員職業操守和業務素質是保證集中核算工作質量的必要前提。
（三）核算中心與建管單位在處理監督和服務的關系上難以平衡。尤其是將核算中心設置在主管單位很難找到平衡點，存在著全局意識與制度建設之間的對抗和沖突，以及核算中心與主管單位之間無法很好的溝通和調和。因此，監督和服務的矛盾是集中核算過程中無法回避的主要矛盾。
（四）實行集中核算，水利專項資金的責任主體不明確。集中核算，核算中心的主要職責是對建管單位的賬務進行核算和審核，以及相關會計檔案的保管。但項目工程支出的執行權仍在建管單位，盡管有些主管單位已將支出的審批權收回，但這與工程建設中“項目法人負責制”相悖，也無法真正熟知建管單位各項支出的真實性和合理性。因此，建管單位仍是事實上的會計活動主體，出現責任主體不清晰等情況。
三、應對措施
（一）建立工程與財務集中統一的財務管理體制，對水利專項資金進行集中管理、統一調度和規范使用。建議有關部門對水利建設單位領導定期培訓，強化其財務監管與工程管理并重的思想觀念，將財務工作由事后記賬變為事前參與、事中控制和監督，把基建財務管理工作由被動轉向主動，主動服務、主動監督、主動為領導當好參謀、主動適應新形勢的需求。
（二）各級領導切實重視報賬會計隊伍建設。各級領導要從思想上重視報賬工作，建管單位要配備具有相關從業資格證書和職業能力的專職人員進行報賬。報賬員作為建管單位財務人員，要做好相關備查賬和對賬事項，掌握一手資料，便于建管處領導及時做出相應決策。
（三）把握好為工程服務和財務監督的辯證關系。集中核算工作既要堅決服從和服務于工程建設，又要科學應對相互配合中出現的困難。（1）堅持財務監督核算中心基本職能的地位。強化財務監管在一定時間、空間內會有效控制腐敗的發生，提高資金使用效益，為進一步爭取各級項目資金提供強有力的財務保障。（2）堅持創優服務。熟悉工程項目信息，參加工程招標、價款結算、竣工驗收、制定辦法和重大事項決策等程序，為財務核算管理找準服務點；堅持原則，不放松源頭管理，在財務核算方面堅決做到目標不變、標準不降、力度不減。
（四）建立健全核算中心的培訓機制和激勵機制。集中核算中心會計人員涉及的工程項目多，核算任務重。一方面，加強會計人員職業操守和業務培訓，提高他們的服務思想意識和工作能力，適應新形勢的需要；另一方面，制定激勵機制，激發會計人員的工作熱情，以便提供更優質、更高效的服務。
總之，在新形勢下，要解決水利專項資金集中核算過程中出現的問題，就必須不斷完善和創新專項資金管理模式，才能更嚴格地核算和監管水利專項資金，實現“專項資金為工程服務、工程為百姓服務”的根本宗旨。
