為加強財政資金監督管理，我國推行了會計集中核算制度，這是政府加強財政資金管理的一項重要舉措。會計集中核算實施后，雖然顯示了其優越性的一面，但也暴露了一定的弊端，如：管理模式上的缺陷，核算人員難以把握經濟事項的真實、合理性，導致會計監督工作存在盲點；支出漏洞難以完全堵塞，以單據論單據，難以控制不合理的支出；制度建設滯后于業務的發展，崗位控制風險加大；難以正確處理核算與監督、管理與服務的關系等。這些問題的產生，也對審計監督帶來了一定程度的影響。
一、會計集中核算對審計的影響
（一）對會計信息的影響
個別違反財經法紀的經濟事項為了順利報賬，往往會想方設法完備有關的手續，而核算中心人員又難以把握其真實合法性，審核其手續完備予以報賬后，該經濟事項即被表面合法化，違規違紀的線索被埋的更深，會計信息可能失真。
（二）對審計處理和審計評價的影響
實行集中核算后，單位賬務處理由核算中心負責，財務收支經過會計核算中心的審核，改變了被審計單位的核算權和監督權，也相應地改變了會計責任主體資格。由于會計核算中心記賬人員的失誤或會計財務處理差錯，責任難以確定、審計處罰主體難以明確。
（三）對審計線索的影響
傳統的手工會計系統，審計線索比較清楚，審計人員也比較熟悉。而會計集中核算后，大都采用了會計電算化軟件，會計處理過程由計算機自動完成，數據的輸入、存儲、查詢，與手工會計賬簿有較大的不同，數據的修改和造假痕跡更加隱蔽。雖然核算中心也有紙質形式的存檔資料，但已無法還原其真實面貌，對審計線索有較大的影響。
（四）對審計人員的影響
在計算機環境下進行審計，不僅要求審計人員具備一定的分析、判斷和表述能力，還要求對會計核算的軟件系統有一定的了解，對其輸入輸出的控制、數據處理的過程以及有可能發生的舞弊情況有深刻的認識和掌握。目前條件下，大多數審計人員還難以開展有效的計算機審計。
（五）對審計風險的影響
會計集中核算后，會計核算趨于規范，各類賬面問題越來越不明顯，違規違紀問題更為隱蔽，查處難度加大。對會計核算中心審核的認同感，也會影響到審計人員的專業判斷性，增大了審計風險。另外，核算系統處理的合規、合法、安全可靠性，放大了審計固有風險。
二、會計集中核算下的審計風險防范
實行會計集中核算后，由于可視線索、內部控制和會計環境的變化，放大了固有風險和控制風險。因此，審計人員必須對固有風險和控制風險的高低進行評估，采取主要措施，控制審計風險。
（一）對會計核算中心軟件系統進行測評
1．對軟件系統開發質量的審計
如系統設計、系統實施及控制、系統維護等。
2．對軟件系統功能的審計
通過對軟件系統的各個子系統程序的審計，測試應用控制系統的符合性。
3．對軟件系統處理對象的審計
主要審查軟件是否符合審計的要求，程序質量是否滿足對數據進行處理和控制的及時性、正確性和可靠性,程序是否具備糾錯能力和容錯能力，提供的會計信息是否具有真實性、正確性和可靠性。
（二）對會計核算中心內部控制制度進行評審
審計時，應充分調查了解會計核算中心的內部控制制度建立及執行的情況，并做出記錄、描述，通常可采用的方法有詢問法、觀察法、檢查法、重復執行法等，同時，還應著重關注以下幾個關鍵控制點。
1．不相容崗位的設立情況
如會計人員的崗位設置、人員操作權限，憑證錄入、審核及過賬，是否符合有關規定。
2．安全運行的管理措施和手段
如操作密碼的管理、操作權限的設置，是否合理有效。
（三）強化延伸調查，重視實物清查，注重跟蹤審計
要改變只審計一級財務單位的局限，注重外圍調查工作，全面掌握被審單位、部門收支項目和財務事項的變化和真實情況。要加大對實物資產的現場清查，對被審單位、部門尚未納入中心的資金、賬戶以及所屬二、三級單位財務狀況納入審計視野，對審計中發現的一些異常開支和往來款項要進行跟蹤，查明是否存在與有關單位串通，采取虛列支出、轉移收入等手段在外單位套現，違規列支等問題。
三、會計集中核算后的審計應對
面對會計集中核算后給審計工作帶來的影響，審計機關應當針對實際情況，及時采取有效措施應對，在審計的客體、內容、重點、方式方法上面，依據實際情況予以調整。
（一）調整審計重點，改進審計方法
在審計內容上，要大力推廣制度基礎審計和績效審計；在審計的方式方法上，要逐步嘗試抽樣法和分析法；在審計的手段上，要變傳統的手工操作為計算機審計、網絡審計。審計重點除審查由核算中心提供的會計報表、賬冊、憑證等資料外，更要注重向管理審計轉變，積極開展內部控制評價，找出管理上的薄弱環節。
（二）改變審計模式，強化聯網審計
由定期集中就地審計模式，向網絡“在線”監控和集中就地審計相結合的方式轉變。審計人員根據年度審計項目計劃，有目的、按程序隨時登錄會計核算中心中央服務器，利用會計集中核算賬務處理系統中的查詢功能，對局屬各二級單位財務實施網上遠程審計監督的過程。
（三）加強“人、法、技”建設，提高審計整體素質
應注意側重于以下方面：（1）培養和提高審計人員的綜合素質。抓好審計人員的繼續教育，積極探索適應會計集中核算的審計模式和方法，提高運用計算機審計的實踐能力，培養一批既懂審計又精計算機的復合型人才。（2）加強法制建設。呼吁修訂現行審計法律法規，對《審計法》所規范的審計程序作適應會計集中核算影響變化的相關調整，使之有法可依；增加相應的審計執法手段，進一步強化審計職能。（3）提升審計技術水平。改進審計人員人工檢查、手工作業的現狀，要把計算機技術與審計有機結合，提升各級審計機關計算機網絡的硬件建設水平，開發能廣泛運用于審計具體業務的審計軟件，掌握和熟練運用計算機輔助審計的技能，不斷提升審計技術水平。
