公司內部治理機制的核心是法人治理結構。在法人治理結構中，最主要的是董事會。各國公司法與證券交易所都要求公司建立董事會，并且董事會必須滿足一系列要求，如必須滿足一些特定的章程，董事應獨立于經理層等方面的規定。可見董事會應該是法律與法規的嚴物。針對有限責任公司的治理結構我國的公司法已經作了原則性的規定。但是由于會計師事務所市場地位的特殊性決定了其法人治理的特殊性。比如股東必須屬于事務所的專職執業人員。當股東離開事務所時應當首先辦理股權轉讓手續。再比如法人代表必須具有出資人資格且一般都實行兩權合一制度，董事長、法人代表、所長、總經理和主任會計師都由一人擔任。此外與一般有限責任公司不同的是，會計師事務所的股東、董事、監事等同屬專職執業人員因而使得會計師事務所公司治理中的牽制表現為經常的、序時性的約束。
一、事務所董事會的現狀與問題
由于我國恢復注冊會計師行業只有二十幾年的歷程，整個行業處于發展的初期階段，目前會計師事務所普遍存在規模小，法人治理結構不健全，會計師事務所有的為有限責任事務所，有的為合伙事務所，其出資人均為符合條件的注冊會計師，沒有法人出資。其特殊的出資人決定了董事會在規模、獨立性以及質量方面存在一些問題。
（一）大多數事務所股權相對集中，未設置董事會
有些事務所在設立時，為了獲取主管部門的批準設立文件，出資人為符合條件的5名注冊會計師。但實際出資人只有一名或兩名注冊會計師，股權相對集中在一兩名注冊會計師手中，其余股東為持股比例很低的注冊會計師，或者由不具備條件的人出資，以符合條件的注冊會計師為掛名的出資人，此種情況的事務所在日常經營過程中或重大事項決策由實際控制人來控制，體現的是“資合”特性，而不是根據事務所行業“人合”的特性來行使表決權。該類事務所沒有設置董事會同時也不需要設置董事會。
（二）少數事務所股權相對分散，股東人數眾多，業務骨干甚至一般員工均持有事務所股權
該類事務所雖然設置有董事會。在董事會表決時采取一人一票或其他體現“人合”特性的表決權方式。但在事務所日常經營中或事務所重大事項決策時，往往一兩個人說了算。
（三）組織建設存在的問題
當前我國事務所內部更多的是依據《公司法》通過建立董事會、監事會、股東大會制度來實現內部治理的。但在實際運行中，董事會、監事會、股東大會能真正發揮監督作用的只占三分之一左右，特別是在股權高度集中的事務所，承接重要業務的最終控制人主要是主任會計師或首席合伙人，其次是其他合伙人。事務所內部缺乏有效的制衡機制，管理層的行為可能會出現嚴重偏差而無法及時得到發現與糾正，其他利益相關方的利益，以及事務所的利益也都可能受到損署。同時，我國會計師事務所董事會成員均為出資人兼任，為股東董事會，沒有獨立董事、職工董事，所以，有必要完善我國會計師事務所董事會的組織建設問題。
（四）決策機制存在的問題
目前大多數事務所對重大問題的決定還是以股權進行表決的。如果股權集中于少數股東手里，董事會又受制于股權較多的少數股東，那么董事會做出的決議，將會更多地考慮少數股東的利益，忽略其他股東的利益和職工的利益。
由于事務所是執業人員流動頻率高的行業，隨著事務所規模的擴大，需要吸收引進新的執業人員，特別是優秀骨干人才。所以，事務所有必要根據行業“人合”的特點，不斷地吸收職工董事和獨立董事參與事務所重大問題地決策，采取一人一票或其他體現“人合”特性的表決方式，從而有利于事務所的發展壯大，并能留住優秀人才。同時，在會計師事務所大部分出資人都具有雙重身份，既是股東、同時又處于被管理的地位。出資人的雙重身份決定了會計師事務所管理上的難度，即主要管理人員既要對所有股東負責又要對包括股東在內的所有員工實施管理。所以，會計師事務所應按照相互制衡與不相容職權分設機制進行權力分配，從制度安排上為會計師事務所“人合”和管理層分工和諧治理奠定基礎，避免因制度安排缺陷而引發的種種管理矛盾。
（五）獨立性存在的問題
對一般公司而言，董事會是公司的經營決策機構，其職責是執行股東會的決議，決定公司的生嚴經營決策和任免公司經理等。但與一般公司不同，會計師事務所管理層治理特征是所有權與經營權集中統一，事務所的董事會成員為事務所的出資人，肩負著所有者與經營者的雙重身份，其目的主要在于強化出資人和會計師事務所的法律責任意識同時也便于出資人對會計師事務所的管理層進行風險管理和監督。但與此同時，也就存在董事會和經營管理層基本上融合在一起。董事長或執行董事就是事務所的主任會計師，此種情況下，董事會的獨立性就不存在。在實踐中，常常出現以下情形：公司制會計師事務所董事長兼任總經理，負責召集、主持股東會與董事會運作，并且負責日常經營管理;合伙制會計師事務所執行事務合伙人兼任主任會計師，負責召集、主持合伙人會議與合伙人管理委員會運作，并且負責日常經營管理。上述情形下會計師事務所管理層治理架構，弊端一方面在于權力過度集中，不利于充分發揮“人合”優勢，阻礙會計師事務所做大做強;另一方面在于不符合權力合理制衡原理，遇到主任會計師不稱職情況下，會導致會計師事務所管理機制運作不暢，易伴生管理矛盾與糾紛。盡管我國目前會計師事務所董事會幾乎與股東會重合，但并不排斥不相容管理職權分立與合理制衡管理規原則。所以，在實踐中，可以通過適當的制度安排來彌補其獨立性不足的問題。
二、對加強事務所董事會建設的建議
（一）完善我國會計師事務所董事會的決策機制
在一些公司中，執行層與董事會高度重合，或者執行董事在董事會中占優勢，因而內部人控制現象非常普遍。我國目前會計師事務所管理層治理特征是所有權與經營權集中統一，事務所的董事會成員為事務所的出資人，肩負著所有者與經營者的雙重身份的這種客觀事實，針對以上的分析，我們提出相應的完善董事會決策機制的對策：合理確定董事會規模，而且盡量采用奇數；優化董事會中獨立董事、職工董事和股東董事的構成；董事會和總經理應兩權分離；改善董事激勵機制（包括薪酬和持股數），將薪酬制度和股票期權激勵制度搭配起來。
（二）.完善我國會計師事務所董事會結構與運作
應從兩個方面入手：一方面借鑒上市公司的運作經驗，吸收獨立董事參與事務所重大問題的決策，另一方面根據行業“人合”的特點，不斷地吸收職工董事參與事務所重大問題的決策。在完善我國會計師事務所董事會運作上，一方面，在章程中明確規定，董事會是股東大會的執行機關，又是事務所日常管理工作的決策機關，董事會不能越權代替股東大會。在完成權力的分配以后，有事討論，嚴格按程序、按規定去辦，特別是表決制度，一定要嚴格執行。另一方面可以考慮通過設立各種專門委員會來發揮制衡作用，可以有效彌補當前我國會計師事務所制衡機制嚴重不足的缺陷。例如，通過獨立薪酬考核委員會、專業技術委員會對每個合伙人和每個項目的質量實施獨立控制，同時，在工作程序的設計中，專業問題也必須由有關部門審核，而不是由項目負責合伙人決定，可以防止個人獨斷出現失誤或其他問題。
