隨著科學化管理水平的不斷提高以及信息化的不斷進步，內部控制的作用在每個企業中得到體現。良好的內部控制，可使企業的生產經營活動有序高效地進行，為進一步實現企業的經營管理目標打下堅實的基礎。反之，如果一個企業內部控制出現問題，可能導致企業管理出現無秩序狀態，導致工作效率低下，甚至造成更嚴重的管理問題。特別是電算化環境下的會計信息系統內部控制則面臨更加復雜的應用環境，不僅僅要求有一個較高的管理水平，而且對信息化技術的依賴顯得更加嚴重。
一、電算化會計信息系統內部控制
內部控制的作用在企業管理活動中逐漸得到人們的重視，特別是在電算化環境下，內部控制顯得尤為重要，這不僅僅是企業良好經營秩序的保障，而且是企業保持旺盛生命力的根本。內部控制良好，就可使生產經營活動有秩序、高效率地進行，實現其既定的經營管理目標；反之，則會使整個企業管理陷于混亂、效率低下和造成不必要的損失，這樣的計算機環境就不能被認為是處于安全性和可靠性之中。根據電算化會計信息系統的生命周期和應用場合，可以將電算化會計信息信息系統的內部控制分為：一般控制與應用控制。這兩類控制均是電算化會計信息系統所產生的信息安全控制方法，目的在于預防、發現和糾正系統所產生的錯誤、舞弊和故障，使系統能正常運行。并提供及時、可靠的會計信息。針對兩種控制的不同范疇，以下就其應用和具體控制方法進行探討。
(一)一般控制的基本方法
一般控制是指對電算化會計信息系統的研制開發、組織、鑒定、應用環境等方面進行的控制。一般控制所采用的控制措施普遍適用于某一單位的會計和其它管理系統，也為每一個應用系統提供了環境。一般控制的強弱，直接影響到每項計算機應用的成敗，可以說，一般控制是應用控制的基礎。一般控制主要包括以下幾方面的內部控制：1、組織控制；2、系統開發控制；3、系統文件控制；4、工作環境控制；5、系統操作控制；6、會計數據存取控制。針對一般控制的研究相對比較成熟，這里由于篇幅所限，主要討論系統操作控制方法。操作控制的目的在于通過標準的計算機操作來保證會計信息處理的準確可靠，防止舞弊和犯罪行為，避免和減少差錯。操作控制是通過制定和執行標準和操作規程來實現的。標準的操作規程其主要內容包括：操作計劃、機器操作規程、作業運行規程、控制臺記錄規程、用機時間記錄規程、數據文件控制標準、監察和檢查措施以及應急措施等。
(二)應用控制的基本方法
應用控制
主要是從信息處理的角度來說的，一般是指對電算化會計信息系統中具體的數據處理功能的控制。應用控制因為其依賴于不同的應用系統，因此其控制難度相對復雜，要求的技術水平較高。針對電算化環境下的數據處理要求，應用控制可以從信息處理模型的角度來考慮其內部控制的方法：數據輸入控制；數據處理控制；數據輸出控制。下面分別進行探討。
1、 數據輸入控制
電算化會計信息處理系統的內部處理過程依賴數據的輸入，如果輸入數據有問題，那么會造成處理結果的錯誤，給企業帶來損失。在許多電算化會計信息系統中，數據輸入可以把原始憑證作為直接輸入的數據，也可以把記賬憑證作為直接依據，或者以兩者作為直接依據。
2、 數據處理控制
數據處理控制是電算化信息處理系統對數據處理準確性、可靠性方面的控制。其目的是要使數據準確可靠，這個過程主要依賴兩個方面的控制：其一是軟件邏輯設計；其二，硬件系統的正常運行以及可靠服務。
3、 數據輸出控制
電算化會計信息系統中數據的輸出也是一個非常關鍵的功能，其處理的是否合理與內部控制的成功有很大關系。一般可考慮從這幾個方面進行控制：首先，輸出設備的物理安全管理，保證數據的正常輸出；其次，確保保密數據的機密性，特別對于磁盤輸出來說，對重要數據的密碼保護是及其重要的，可以通過信息加密技術實現。
二、電算化會計信息系統內部控制的一些局限性
電算化會計信息系統為會計系統的信息化做出了巨大貢獻，其數據自動處理的能力也是傳統會計中無法實現的，但由于其高度依賴于計算機系統和網絡系統，因此，也存在一些新的問題。主要表現在這幾方面：首先，企業管理部門制定內部控制制度要考慮成本效益原則。如果建立或實施某項內部控制的成本過大，而取得的效益相對較小時，管理部門可能就會放棄設置或實施這項內部控制。其次，對會計信息的安全提出了新的挑戰。另外，一旦負有不同責任的職員忽視控制程序、錯誤判斷、甚至相互勾結共謀串通舞弊，也會使內部控制失效。
