近年來，隨著我國水利基礎設施建設步伐的加快，水利事業單位在面臨各種發展機遇的同時，也在面臨著各種各樣的嚴峻考驗。特別是在水利項目資金管理上存在的問題突出，違規違法現象嚴重，管理混亂。為了避免項目資金管理的混亂，水利事業單位應堅持“專戶儲存，專款專用，專賬管理”的原則，項目資金實行報賬制，并嚴格實行項目法人審批負責制。這樣，有利于加快資金周轉，防止了擠占、挪用和拖欠，提高了資金使用效益和每筆經濟業務的真實性、合法性。
因此，水利事業單位要做好項目資金管理應規范以下幾點。
一、依法依規加強計劃、預算管理，規范資金安排程序
(1)水利資金的計劃、預算的申報按自下而上的原則，逐級審核，匯總上報上級單位。
(2)水利基本建設資金，首先由計劃部門按照規定的用途提出安排意見，會簽業務主管部門、財務部門，經行政分管領導批準后，正式下達，作為下級單位安排執行的依據；水利事業費（包括國家通過財政安排的各項事業性資金），首先由財務部門按照各項資金規定的用途提出安排意見，其中專項資金部分會簽有關業務主管部門，經行政分管領導批準后正式下達，作為下級單位預算安排執行的依據。
(3)下級單位計劃、預算的使用安排，必須同上級下達的計劃、預算項目和任務保持一致，對上級未明確具體項目或任務的計劃、預算，下級單位應在規定的使用范圍內進行細化安排。
(4)各級計劃、預算一經審批下達，一般不得調整；執行過程中確需調整的，必須按原審批程序逐級報批。
(5)各單位立項、設計、概（預）算及計劃、預算審批下達、調整必須以正式文件形式進行。
二、建立健全水利資金的申請與撥付制度
(一)資金申請
1、水利基本建設資金申請
水利基本建設資金計劃下達后，各計劃項目實施單位要根據投資計劃安排和工程項目建設進度需要，向上級主管單位提出“用款計劃表”。該表主要包括年度內計劃下達金額、各季度用款金額、上年度（季度）項目資金到位情況（含配套資金和自籌資金）、投資完成情況、工程形象進度、特殊情況說明等。
2、正常事業經費的申請
各級主管單位及事業單位要根據預算安排及任務需要，按季編報“用款計劃表”，內容包括：預算安排情況、上年度（季度）資金到位情況、事業支出情況及特殊情況說明等。
3、各事業專項資金的申請
各使用事業專項資金的單位，要根據預算安排及任務的需要，向事業專項資金安排單位提出詳細的專項資金安排使
用預算及說明。
(二)資金撥付
基本建設資金及事業專項資金撥付的原則，要堅持以投資計劃、用款計劃為根據，按工作程序、工作進度、支出預算進行撥款。主管單位，一般應在收到上級撥款的十五日內撥出，特殊緊急資金應隨時撥付。
正常事業經費根據預算和審核后的“用款計劃”按月或按季撥付，主管單位一般應在預算確定及收到上級撥款的十五日內撥出。
具有下列情況之一者，上級單位可以暫緩或停止資金撥付：
(1)未按規定要求報送“用款計劃”或會計報表及其有關信息資料不實的可以暫緩資金撥付。
(2)基本建設資金銀行支出達不到已到位資金的７０％，主管單位銀行支出達不到６０％，可以暫緩資金撥付。
(3)多渠道資金項目，其他配套資金嚴重不到位的，可以暫停資金撥付。
(4)有重大工程質量問題，造成經濟損失或社會影響尚未處理完畢，可以停止資金撥付。
(5)資金使用有嚴重違紀違規問題未經審計處理的，可以停止資金撥付。
(6)資金安排不符合資金使用范圍的可以停止資金撥付。
(7)不具備獨立核算、立帳管理條件的項目建設單位，在整改期間暫停資金撥付。
三、嚴格水利資金的使用管理
各級水利部門要嚴格按照各項水利資金的使用管理及核算制度、辦法規定的用途和使用范圍，分賬分項管好用好水利資金。加強財務統一管理及單位的內部監督約束機制的建立，嚴格按規定的程序、手續辦理水利資金的撥付業務，加強資金流轉各環節的財務監督。各項水利資金的撥付業務不得由非財務部門經辦，各項水利資金的支付，不得脫離單位財務部門的管理和監督。水利資金的使用必須經過以下三個程序方可辦理支付手續。
第一、經辦人審查。經辦人要對支付憑證的合法性、手續的完備性和金額的真實性進行審查，實行工程監理制的項目，還須監理工程師簽發的支付憑證。
第二、財務等有關部門審核。經辦人審查無誤后報單位有關業務部門和財務部門負責人審核。
第三、單位主管領導核準簽字。
四、加強財會機構建設，規范銀行賬戶管理，保證資金安全完整
各級水利部門要按照“一個單位只能設立一個財會機構”的原則，對現有財會機構進行認真檢查清理。規模較大、實行多級財務管理體制的單位，單位本級只允許設立一個財會機構，二級或三級財會機構必須在單位本級財會機構領導下開展工作。非法人單位或雖有法人資格但不具備設立財會機構條件的，一律不得設立財務機構。對一些過于分散，不便于管理，規模過小，不具備獨立核算條件的單位財務機構要予以撤并，實行集中統一管理。在清理整頓的同時要充實加強財會人員，要把那些經過正規專業訓練，高素質的優秀人才放在財會重要崗位上。要堅持會計、出納人員持證上崗制，未取得會計證的人員不得從事會計工作。
規范單位銀行賬戶管理，按照國家有關規定，要堅持按資金性質，每個單位對每種性質的資金只允許開設一個基本賬戶，包括基本建設賬戶、事業經費賬戶、水利建設基金賬戶、自有資金賬戶。單位各類水利資金各類賬戶必須由本單位財務機構集中統一管理和核算，嚴禁私設“小金庫”和資金體外循環。
