事業單位建立內部控制體系和內部控制制度既是對國家政策的貫徹，也是對自身社會責任的負責和經營績效的負責。由于經營目的與從事業務的特殊性，很多事業單位內部控制不能像企業那樣實現高效率。隨著事業單位改革的逐步進行，事業單位參與市場化的程度必然大大提高，從而其經營必然要重視效率，因此，內部控制逐漸在事業單位財務管理中體現出其有效管控業務活動的經濟作用。
一、事業單位內部控制的財務意義
事業單位內部財務控制的基本目標就是確保財務信息的真實可靠，保障單位資產的安全和完整，提高財務活動的效率和效益，其職能主要是監督和管理，對促進事業單位行政績效具有不容忽視的重要作用。
首先，內部控制通過對財務基礎環境進行管理和優化而保障事業單位財務活動的有序進行。事業單位內部控制制度和控制體系的建立，為單位會計記錄、核算和財務管理提供了規范化的指引，明確了資產管理的程序和費用收支核算管理的辦法，規定了各部門職位的責任權限范圍，從而改善了單位開展財務活動的組織制度基礎，為財務控制的執行提供了保障。
其次，內部控制過程可以有效的監控財務計劃的執行。內部控制要求對事業單位的整個經營過程，包括財務活動過程，進行全面的管理和監控，控制評價的主要依據就是本期的財務計劃，通過定期或不定期的對財務活動的各項業務進行定量的檢查，及時的發現偏離財務計劃的事項，分析原因并采取調整措施，可以降低財務偏差帶來的風險和損失，保證財務活動按照預計的路線執行下去。
第三，內部控制可以促進事業單位財務資源的優化配置，實現較高的經營效率。內部控制制度對單位資金、材料、能源等規定了嚴格的使用、收發、盤點、報廢處理等程序，對收入費用設立了明確的審批權限，從而防止了資源的浪費，阻塞了內部擠占挪用的漏洞，實現較高的資源配置效率，提高財務經營績效。
二、事業單位內部財務控制存在的問題分析
盡管大多數事業單位都建立起了內部控制制度和體系框架，設置了內部控制組織，也開展了內部控制活動，但從實際的效果來看，并不如預期那么理想，內部控制實施中出現諸多問題，削弱了內部控制財務效益的作用。
(一)內部財務控制實施缺少必要的環境保障
良好的控制機制的運行只有在最適應的條件下才能有效的達成，而從很多事業單位的內部實際情況來看，內部控制所需的環境條件很難滿足要求。具體來說，一是單位內部整體的內部財務控制意識較差，上至領導下至管理人員，將財務控
制簡單的理解為會計核算控制，忽視財務管理控制，從而其控制側重點只停留于會計記錄與核算的表面層次，沒有深入到管理策略中，造成財務控制有失偏頗。二是內部控制缺乏系統性，有些單位雖然建立了內部控制的框架結構，但內容并不詳細，缺乏具體操作的依據，因而指導性不強。
(二)內部財務控制效率低下，作用得不到發揮
事業單位財務活動存在較多的干擾因素，導致內部控制總是出現或多或少的偏差，極大的影響了財務控制效果的實現。首先，財務預算編制依然不規范，預算內容局限于大條目的計劃，不能進一步細化項目，帶有很明顯的形式主義，這樣的編制方法既使預算不具有科學的預見性，又容易導致預算期間業務開展與預算的矛盾，增加財務管理人員不必要的精力浪費。其次，財務決策脫離預算的內容，隨意性很大，造成事業單位在后期預算中追加很多調整項目，使預算形同虛設，根本起不到財務約束的作用。第三，財務核算和管理不嚴格，漏洞百出，主要表現有：日常核算中，對零星的支出不重視，不加以記錄，造成隱性成本流失；對資產清查盤點不及時，報廢處理存在隨意性，審批程序不嚴謹；財會人員相互串通，隱瞞財務事實；費用報銷不執行標準審查，即報即銷；私設各種補貼，利用公款消費；在專項支出等列支招待費等超支費用，擠占挪用專項資金。種種行為都嚴重偏離正確的財務規范，甚至已經構成違法違紀，損害了單位甚至國家的利益。
(三)財務內部控制監督評價機制不健全
內部控制效果的實現，除了防范和堵塞財務漏洞，還要靠全面的檢查，這是控制的最后一道防線，而很多事業單位的這道防線卻極易擊破。首先，有效地內部監督組織的缺失直接導致內部控制職能的極大缺陷，有些事業單位監督或審計部門獨立性嚴重缺乏，受財務部或管理部門的約束極大，因此監督職能難以充分的體現。其次，審計監督執行不規范，程序較簡單，過于側重對會計資料的真實性及合理性的審查，而忽視財務會計管理效果和效率的審查，因此較為片面。第三，監督評價標準的設置不合理，基本是以預算指標為主要參考，對會計期間的經營實際采用的定性評價較多，主觀性很強，極易造成不公允的結果而產生內部矛盾。另外，財務內部控制后評價工作開展不力，不能及時的對本期財務控制活動的情況進行梳理，總結經驗教訓，為以后的控制工作提供改進的依據。
三、完善財務管理、提高內部控制能力的措施
(一)從內部控制環境入手，完善內部控制體系
事業單位要轉變舊有觀念，將內部控制作為經營管理的一項日常活動來開展，提高其在單位發展戰略中的地位。一方面，加強單位內部財務控制的宣傳引導工作，提高全體成員對內部控制的認識與了解，并能主動地參與到內部控制活動中來。另一方面，要繼續在內部控制制度上加強創新，多總結控制理念，并注意借鑒其他單位內部控制的經驗，尤其是財務控制經驗，選擇合理的制度引進來，逐步細化內部控制項目，在控制制度下增加具體的執行方法、措施，增強制度的操作可行性；要從組織體系、人員結構方面夯實內部控制實施的基礎，建立直屬于上級管理部門的內部控制機構，形成包括會計、審計、管理、紀檢全方位的控制系統，強化財務控制人員培訓與教育，適當的引進年輕化的內部控制人才，促進內部控制整體水平的逐步提高。
