教育系統會計集中核算工作后，由于納入集中核算的學校數量比較多，業務量大，會計核算中心的工作量很大，同時由于內部控制制度不完善，內部管理規范性不足，出現了各單位報銷標準不一、會計信息泄露等問題，因此完善會計核算中心的內部控制制度建設尤為重要。目前教育核算中心內控制度參差不齊。
一、教育系統會計集中核算下內部控制現狀及存在的問題
(一)內部控制制度不健全
由于目前沒有針對行政事業單位內部控制制度的基本規范及配套指引，各單位制定的內部控制制度參差不齊。如一些單位并沒有建立內部牽制制度、內部稽核制度、財務分析制度等內部會計制度；或一些單位雖建有規章制度，但有章不循，內部控制制度僅僅限于文件，流于形式，沒有切實有效的貫徹執行內部控制制度；甚至有的單位領導凌駕于內部控制制度之上；加之相應的績效評價制度沒有跟上，從而導致會計信息失真，會計秩序混亂，違法違紀現象時常發生，以致管理失控，資產流失。
(二)缺乏內外部監督，沒有相應的內審制度
首先目前作為事業單位主要外部監督力量的審計、財政部門，多偏重于對單位財政資金的運用是否合法、合規進行監督，較少對被審計單位是否建立有效的內部控制及其執行情況加以實質性檢查。其次有些單位財務崗位有限，難以實現不相容崗位分離和重要崗位的定期輪崗，加上沒有獨立的內審機構，使監督職能無法得到真正的發揮。
(三)學校預算執行與經費支出存在隨意性
按照《預算法》規定，學校每年的經費支出必須按照預算執行。但從目前的核算中心的管理來看，核算中心目前還沒有對具體日常經費支出進行預算指標監控，報賬員不清楚學校具體的預算情況，對學校看上去似乎“合理”的支出都予以結報。造成預算對支出的控制和約束非常薄弱，在支出方面隨意性仍然存在。
(四)會計信息的真實性難以辨別判斷，監督存在盲區
原始憑證是記錄各單位經濟業務的載體，對其審核和監督是對會計信息實行源頭控制的重要環節。核算中心人員由于職能限制，只能審核原始憑證本身的合法性、有效性，而對單位的教育教學活動是否合法、活動支出的實際內容是否真實卻無法識別。在假發票盛行的今天，核算中心只審核憑證的規范性，對單位業務是否真正發生卻不得而知，從而難以真正履行監督職責，影響了審核工作的質量。
(五)報賬會計素質參差不齊，不能很好地適應內部控制工作要求
由于報賬會計素質參差不齊，部分單位連財產明細賬、備用金日記賬等都沒有建立；個別報賬會計甚至無視財經紀律，不積極履行財務監督職能，卻為弄虛作假出謀劃策，加劇了會計信息失真。
(六)計算機信息技術不完善，信息共享性差
目前使用的會計核算軟件還停留在基本的會計核算上，缺少完善的財務統計、分析功能和遠程報賬查詢等模塊，無法提供一種快捷、簡便的方式使會計信息實現共享，致使無法及時、動態地了解本部門的財務狀況。
二、強化會計核算中心內部控制的建議和對策
(一)重視內部控制環境建設，加大內部審計力度
會計核算中心內部控制建設影響著其他控制業務的開展和實施效果。重視內部控制環境建設，健全有效的監控機制，同時規范內部審計制度管理，成立由主要領導責任人為組長的內部專門考核小組，不斷采取切實措施，提高會計核算中心人員的工作能力與業務水平，定期抽查窗口業務會計處理的核算單位的賬務情況，通過內審及時發現內部控制中出現的問題，并及時予以解決，以不斷規范集中核算行為。
(二)加強內控人才隊伍建設，培養高素質人員，保障內控執行的有效性
人是一切工作成敗的前提和保障，內部控制工作也如此，內部控制制度的制訂和貫徹落實都不能離開人的因素。教育系統會計集中核算中心的內部控制是一個復雜的體系，需要以內控人員的專業勝任能力為基礎。所以各級領導要重視內部控制人才的培養，建立內控人才儲備戰略，建立一支高素質的內控隊伍。培養高素質人才，關鍵要加大內部控制規范的培訓力度，不斷提升內控理論水平和執行力，真正樹立風險防范意識，切實保障財政資金安全，充分發揮資金使用效益。同時各單位要加強內部控制績效管理，認真落實考核獎懲制度，對執行內部控制成效顯著的單位和人員提出表彰建議，對違反內部控制規定的單位和人員提出處理意見，從而激發各單位和全員參與內部控制的積極性，提高內控管理水平，發揮出應有的成效。
(三)加強部門預算管理，嚴格執行預算，規范支出行為，杜絕支出的隨意性
各學校要真正認識到部門預算的重要性，不斷強化預算意識，根據要求早編細編，提高所編預算的的科學性，合理性。預算單位要嚴格按照經審核批準后的預算，規范支出行為，做到有預算的按預算執行，無預算的盡量不安排，從而提高預算的執行質量，財政部門要對各部門實行從預算編制、下達、資金撥付到使用的全程監管，并追蹤問效，切實強化預算管理，提高財政資金的使用效益。
(四)推行財政集中支付制度 ，提高監管力度
針對各單位財務管理職能減弱，核算中心對發票的真實性難以界定，無法把握單位經費開支的實際，因此有必要集中核算的基礎上，推行財政集中支付制度，被核算單位將原始數據輸入財務處理系統中，生成記賬憑證，會計核算中心重點強化對資金的控制和對經費管理的監管，明確單位會計的職責，通過集中支付制度，規范被核算單位的財務和固定資產管理工作，從而有效把握單位所提供票據的真實性和合理性。
(五)嚴格執行資金支付程序，有效降低支付風險
首先，為防止偽造支票、印鑒，到銀行套取資金的現象發生，在開具支票、簽章、付款分屬窗口會計、中心總出納、銀行的前提下，完善財政資金支付系統，實現資金審核“雙保險”，通過系統認證、審核，確定無誤后，方可支付資金，從而盡可能降低中心在支付資金環節上的風險，確保財政資金的安全。
