一、該行業業務特點
上海市航務管理處隸屬于上海市交通運輸和港口管理局,是上海地方航務專管機構。兼掛“上海市地方海事局”和“上海市船舶檢驗處”兩塊牌子，同時行使上海市地方海事和船舶檢驗的行政執法職能。差額撥款事業單位，下設1個市區非獨立核算管理所（市區航管所），4個非獨立核算海事督察大隊（海事督察大隊），9個區縣獨立核算管理所（署）。預算管理級次省級。
航務處主要承擔上海市地方海事、水路運輸、內河港口、內河航道、船員證件、船舶檢驗等行政執法和管理職能，依法維護水上交通安全和水運市場秩序。隨著上海國際航運中心建設的推進，內河航運在上海國民經濟發展和城市綜合交通運輸體系中發揮著不可替代的作用。
各區縣航務管理所（署）的人事任免權在區縣人事局，市航務處對9個區縣所（署）僅業務條線管理。按年度市航務管理處下撥給9個區縣所（署）撥出經費。 9個區縣所的經費來源除市航務處下撥人頭費和專項經費外，不足部分由各區縣財政撥付。
據此，該行業除一般行政事業單位常有的工作流程外，還有特有的業務特點：承擔地方海事、水路運輸、內河港口、內河航道、船員證件、船舶檢驗等行政執法和管理職能，屬于13頂“大蓋帽”之一；負責內河航道行政規費稽征工作，涉及到各類票據發放與核銷、各項規費的稽征、統計、匯繳和管理工作；負責區縣航務管理所（地方海事處、船舶檢驗所）的業務指導,涉及到資金配套撥付的監管工作，尤其是下撥至各區縣的專項資金使用管理；資產分散范圍廣，遍布9個區縣所及市區所，給資產管理帶來一定的難度；財政收支預算和決算的編報、平衡工作量大，涵蓋了9個區縣的核算內容，管理和協調難度大。
二、該單位各項內控制度的實際執行情況
根據業務特點航務處在近5年來逐步完善了內部控制制度，尤其是在非稅收入系統收繳及票據管理方面實現了電子信息化，如： “非稅系統”收繳實行直接交納和集中匯繳兩種方式，按月做好收繳的核對、匯總工作，及時上報統計數據。納入“非稅系統”管理的票據，建立健全票據領購使用登記制度，設置票據登記臺賬，票據存根聯、銀行回執聯保管期限為五年，內部監督制約機制有效，執行良好。又如票據的領用、發放、保管、核銷、回收工作由專人負責，票據填寫錯誤，加蓋作廢戳記，并保存其各聯備查，無涂改、補挖、撕毀行為。
近年來，航務處在資產管理方面力度加大，將歷史遺留的長期損壞資產逐年清理，逐步實現賬實一致；實現了年度決算報表電算化，統一了格式及口徑；預算外資金的管理逐步規范，將房租收入統一納入到本部管理和使用，不在職工技協核算；票據的
領用、發放、保管、核銷、回收工作由專人負責，在有條件下盡量做到電腦開票等等。但還有要完善的地方，如：
(一)預算編制與執行情況
預算的編制、執行及分析不精細，財務軟件中設置的會計科目與預算項目不能一一對應，致使每年預算執行情況的分析都不清晰。
航務處財務核算軟件是按事業單位會計核算的要求設置各明細科目的，與預算口徑沒有對應關系，導致在做年度預算執行分析時不能清晰地從財務核算軟件中取數。如：購置某項資產，財務軟件中會標明項目支出、事業支出，但不設置預算項目編號，預算執行分析不清楚應歸屬于哪一個項目。
(二)固定資產方面
航務處實物資產的使用及管理分散在各業務科室，賬務處理集中在財務部門，各科室的溝通交流工作不夠及時，存在賬在實物不在（車輛已調撥他處，未辦理轉移手續）、資產不實（設備已報廢,未及時做減少處理）、基建項目已完工，入賬時間滯后等等。
(三)跨年度執行項目
往往已列入當年度支出預算，但當年未實施或未能實施完畢。為完成預算，航務處列入“事業支出”科目，對應掛賬“其他應付款”，沒有真實的反映事業單位業務狀況。
(四)基建項目投資
市區所及各區縣所基建項目投資，因產權為市航務處所有，市航務處應跟蹤工程進度，控制資金投入的來源與金額，核實基建支出。
(五)內部審計的權威性、獨立性和有效性受限。
內部審計機構和人員受各方利益牽制，難以開展獨立的經濟監督活動，嚴重制約了內部審計的獨立性。內部審計上級審下級，由于下屬單位執行的財務制度和要求，一般是按照上級財務部門的規定與要求去做的，即使存在不合理、不合法，或管理上的漏洞與問題，內部審計人員也難以正確履行審計職能。
(六)對各區縣所屬技協單位管理力度不夠
導致技協有超額發放獎金和職工福利，甚至有購買公務用汽車、亂收費現象存在。
三、內部控制及風險防范亟須強化的地方
(一)開展有效的內部控制審計，以預防為主加強事前、事中審計，避免潛在風險損失
由于內部審計的權威性、獨立性和有效性受限制，可以考慮內審外做，真正發揮應有的管理職能。
(二)推行審計公示和問責制度
通過對以往審計發現問題的分析，找出制度不嚴、有制度不執行、管理不規范或內部控制有盲點的主要原因，落實整改：對審計 發現的問題必須查明原因，對審計建議和改進措施必須落實，對相關人員的責任必須追究。
