為了維護與發展現代企業制度，我國相應建立了完善的審計組織體系。根據《中華人民共和國憲法》、《中華人民共和國審計法》和《中華人民共和國注冊會計師法》的有關規定，我國組建的審計組織形式，主要由政府審計機關、部門和單位內部審計以及民間審計組織。
一、現代企業制度與健全的審計組織體系的關系
建立和完善現代企業制度是發展社會主義市場經濟的必然要求，也是國有企業改革的重點?，F代企業制度大體可包括以下五點內容：企業資產具有明確的實物邊界和價值邊界，切實承擔起相應的出資者責任;企業通常實行公司制度，即有限責任公司和股份有限公司制度;企業以生產經營為主要職能，有明確的盈利目標;企業具有合理的組織結構，在生產、供銷、財務等方面形成行之有效的企業內部管理制度和機制;企業有預算約束和合理的財務結構，可以謀求企業的擴展，經營不善難以為繼時，可尋求資產和其它生產要素的再配置。
現代企業制度下，企業作為經濟運行的主體，完全按照市場的需求組織生產和開展經濟活動，同時，現代企業制度的重要內涵是所有權對經營權的分離和有效監督。眾多的信息使用者都對企業的財務信息有需求，最適當的審計方法應是請處于第三者地位的獨立審計主體――社會審計組織做出客觀公正的評價。這樣才能使所有進入市場的企業都擁有平等的競爭條件。 因此，現代企業制度完善的審計組織體系要求國家審計、內部審計和民間審計共同存在與發展，這樣對促進公平競爭、建立科學管理體制有重大意義。
二、政府審計
政府審計機關是代表政府依法行使審計監督權的行政機關，它具有憲法賦予的獨立性和權威性。政府審計機關審計監督活動有合法性、獨立性和強制性原則。隨著現代經濟的進一步發展,中央、地方、部門和企事業組織之間的利益關系發生了重大調整，現存的國家審計制度出現了不適應性，具體表現如下：審計機關的領導機構構成影響了國家審計的獨立性。目前，我國地方各級國家審計機關是屬于各級政府機關的一個部門機構,同時審計機關還要受本級人民政府和上一級審計機關的領導。由于彼此間具有一定的隸屬關系和共同利益，勢必會造成審計過程上的非獨立性;目前的政府審計對國家的財政金融機構和企事業組織的審計制約了現代企業制度的進一步深入推廣。
在現代企業制度下，若要解決上述各類問題，使政府更加有效地行使行政職能，需要進行以下幾方面的改進：實現審計機關領導機構的轉變。將國家審計機關直接歸屬于全國人民代表大會領導，使國家審計機關不隸屬于國務院，從而進一步提高政府審計的獨立性。同時，審計部門經費從人民代表大會通過的專款中單獨列支，脫離分支審計機構所在地的當地政府機關;根據審計法的有關規定及國外成熟的審計組織體系設置的經驗，重新劃分國家審計和社會審計的范圍。企業審計應全部由社會審計完成,國家審計對會計師事務所提交的審議報告進行審查，即對審計報告進行再次審計。這樣符合《審計法》“對國有企業的資產、負債、損益等方面的財務收支的審計監督”的有關規定，加強了國有資產的監督管理，有利于政企分開，使審計機關充分發揮職能作用。國家審計和社會審計的側重點不同。前者是對真實行、合法性和效益性進行審計，后者是對企業會計報表的公益性、合法性、一貫性和財務收支情況進行審計;國家審計只需要對中央銀行及政策性銀行的財務收支情況進行審計。通過以上措施完善國家審計，將有利于現代企業制度中的政府職能的轉變，提高國家審計的獨立性。
三、內部審計
內部審計是指由部門或單位內部相對獨立的審計機關和審計人員對本部門或本單位的財政財務收支、經營管理活動以及經濟效益進行審核和評價，查明其真實性、正確性、合法性、合規性和有效性，并提出意見和建議的一種專職經濟監督活動。
內部審計機構或者審計工作人員對本單位及本單位下屬單位的下列事項進行審計監督：財務計劃或者單位預算的執行和決算;與財務收支有關的經濟活動及其經濟效益;國家和單位自產的管理情況;違反國家財經法規的行為;承包、租賃經營的有關審計事項;所在單位領導人交辦的和審計機關委托的其它審計事項。
我國的內部審計機構，包括部門內部審計機構和單位內部審計機構。雖然我國的內部審計在近些年有了長足的發展，但有兩個問題目前仍未得到妥善解決。即：內部審計仍未引起部分國有企業負責人的重視，部門設置不科學，人員配置不充分；我國內部審計從業人員普遍素質不高，缺少相關培訓與職稱評定。為了解決上述問題，可從以下幾方面考慮：提高企業負責人對內部審計重要性的認識。社會主義市場經濟條件下，現代企業在經營過程中，為了降低成本，追求效益，健康經營，內部審計是不可缺少的，它能幫助企業負責人監督管理，為企業提供控制信息，有利于企業的決策和發展，如果現代企業的負責人真正領悟到這一點，將有助于內審工作的進一步發展;同時，內部審計機構因為是專職業務，其性質與會計檢查并不相同，因此必須單獨設立，并受本部門或本單位主要負責人的領導。內審部門不應設在財務部門之內，受財會負責人的領導，因為這樣將嚴重影響內部審計的公正性和獨立性;審計機構中人員素質的高低直接影響現代企業內審工作的發展。內部審計部門應該配備知識全面，不僅精通審計、財會專業，而且懂得經營管理方面的知識，并且是為人正直、作風正派，具有良好的形象，能夠開展內部審計工作的人員。同時，內審部門還應大力開展所屬人員的培訓和后續教育，以增強審計部門的執業能力。
四、民間審計
民間審計又稱獨立審計、社會審計、注冊會師審計，是市場中介組織中的會計師事務所接受單位或個人的委托進行了審計，與單位或個人之間的委托關系是民事關系，承辦業務的雙方要簽訂合同和協議，是有償服務的民事活動。民間審計組織是指根據國家法律和規定，經政府有關部門審核、注冊登記的會計師事務所和審計事務所。民間審計實行會計審計業務，應根據審計組準則，按照一定的工作規則，履行必要的審計程序和方法，對被審計單位的財務會計報表和其反映的財務收支以及相關經濟活動的公允性、正確性和合法性做出判斷和評價。
但就目前社會審計的發展情況來分析我國的民間審計還存在以下幾個問題需要探討：建立有效的運行機制。會計師事務所最關鍵的問題是能不能建立權責利緊密結合的機制，國外會計師事務所的發展歷程是，獨資→合伙→有限合伙。許多國家的事務所都采取專業服務公司形式，其實質是有限合伙制，這種形式也是中國會計師事務所的發展方向;注冊會計師的執業水平有待進一步提高。注冊會計師行業是知識密集型行業，會計師事務所應不斷吸納高素質的注冊會計師加盟，并允許其以知識資本這個無形資產參股。對事務所的原有從業人員應加強后續教育，更新知識結構，以滿足會計師事務所拓展新業務的需要;會計師事務所成立條件較低，規模較小，尚未具有與國際會計師事務所競爭的實力。隨著經濟全球化趨勢不斷加強，跨國公司、跨國資源流動正以驚人的速度發展，執業區域全球化則成為必然選擇。中國會計師事務所不應坐等國際會計公司侵蝕本國市場，而是應試培養一批具有國際水平的注冊會計師，敢于與國際會計公司競爭，并把觸角伸到國外去，開拓國際生存空間。
五、結論
我國審計組織體系是維護現代企業制度的重要保證，政府審計、內部審計與民間審計的有機結合，是我國社會主義市場經濟良性發展的必須條件。隨著改革開放的進一步發展，政企分開的逐步完成，我國的審計組織體系必將更加健全，并發揮更大的社會作用。
