新企業所得稅法的實施提出建立法人所得稅制的立法原則，對不具有法人資格的分支機構實行匯總納稅。匯總納稅是企業發展的必然要求，一定程度上降低了總分機構的納稅風險，有利于實現稅負公平。但匯總納稅由于制度和機制的缺失，全國各地缺乏統一執行標準，尤其是省內跨市及市內跨縣總分機構管理，問題層出不窮，使總分機構所在地的稅務機關之間征管矛盾日益突出，稅收分配問題、稅收管轄問題、各部門信息共享問題等嚴重制約了稅收工作的順利開展。本文針對新企業所得稅法下總分支機構跨地區經營匯總納稅企業所得稅管理中存在的問題進行探討，并針對出現的問題提出完善我國總分機構企業所得稅管理的相關建議。
一、總分機構跨地區經營匯總納稅企業所得稅管理存在的問題
(一)總分機構地區間利益分配不均衡
現行匯總納稅辦法規定總機構匯總應繳納稅款的50%由總機構就地預繳，50%由二級分支機構按照分攤比例在其所在地預繳，匯算清繳后補繳的稅款由總機構向當地稅務機關申報，由此不難看出只有在總機構和二級分支機構所在地才有稅款入庫，三級及以下分支機構所在地無稅款入庫，其應納稅款匯總到所屬二級分支機構統一繳納，造成有稅源無稅收的問題。從經濟發展形勢來看，企業總機構或部分二級分支機構大多設在發達地區，三級及三級以下分支機構絕大部分設在不發達地區，而現行匯總納稅辦法規定三級及以下分支機構不就地預繳，造成貧富地區間利益分配不均衡。
(二)總分機構地區間預繳比例計算未按“所得”
目前預繳方式為各分支機構按以前年度經營收入、職工工資和資產總額占總機構相應指標比例確定分攤所得稅款，三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30，這種方式下分支機構預繳稅款與是否有應納稅所得額無關，違背了企業所得稅以應納稅所得額為征收依據的初衷，造成獲利多的分公司并不必然多繳稅，而沒有所得額，甚至是虧損的分公司也要預繳企業所得稅。
(三)總分機構地區間稅源征管矛盾升級
新納稅方式下稅收分配職能由企業、稅務、財政三方來承擔，企業計算稅款預繳分配比例→總分機構稅務機關征收入庫→財政部門調整入地方金庫，這樣不僅增加了分配環節，加大了分配難度，也造成了地區間的征管矛盾。一是部分地方政府為了確保本地區經濟利益，通過行政手段干預企業經營模式，對經營效益好的企業提高優惠標準，加大總機構和二級分支機構招商引資力度，排斥三級及以下分支機構，嚴重影響了企業在市場經濟模式下的自主經營；二是國地稅之間對于一些分支機構企業所得稅管轄權也經常發生“好稅源搶，孬稅源讓”的現象。
(四)分支機構主體資格認定混亂
機構資格是否為二級分支機構，成為稅務機關判定其是否就地預繳企業所得稅的唯一依據。現行規定下二級分支機構的必備條件是“總機構對其直接管理”及具有非法人資格的“營業執照”（見國稅函[2009]221號），后者憑借企業注冊時的工商營業執照容易操作，但如何確定總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理，有一定的難度，分支機構所在地稅務機關由于缺乏必要的信息渠道，造成資格認定標準不統一，出現同一總機構下設的同類型分支機構在不同的經營地區實行不同的級別管理，而三級及以下分支機構主體資格認定標準尚為空白，資格確認更加困難，造成了分支機構主體資格認定混亂的局面。
(五)分支機構稅源監管出現空白
新企業所得稅法規定，分公司應稅所得要匯總到總公司匯算清繳。大多數企業的總機構與分支機構主管稅務機關不一致，造成管轄權空白區域較多，一方面，總機構所在地稅務機關難以核實總機構年度申報數據質量如何，對納稅調整真實性難以掌握，匯繳中即使發現問題和疑點需要核實，要耗費大量的時間和精力。因此，總機構主管稅務機關要對全部分支機構進行管理，工作難度大，成本高，效果不明顯，勢必造成多頭管理多頭靠，形成新的征管漏洞。另一方面，分支機構主管稅務機關稅務檢查、稅務稽查查補稅款的入庫問題、企業所得稅優惠后續管理、稅前扣除項目管理等方面都沒有明確的文件，這不僅弱化了征管力度,也影響了分支機構所在地企業所得稅管理工作的整體穩定性。形成了總機構稅務機關想管管不了，分支機構稅務機關能管沒法管局面。
(六)總分機構主管稅務機關信息交流不暢
新匯總納稅辦法最初實行，國家稅務總局就提出了建立“跨地區經營匯總納稅企業信息交換平臺”的構思，而時至今日該平臺仍未開通，絕大部分分支機構所在地主管稅務機關與總機構主管稅務機關交流主要通過信函或電話方式進行聯系，其工作效率和管理效果可想而知。一是分支機構稅務機關對企業生產經營情況了解卻無法與總機構稅務機關及時交流，總機構所在地稅務機關對諸多的分支機構的稅收管理又鞭長莫及，總分支機構企業所得稅稅源管理效率因缺乏行之有效的信息渠道而難以提高。二是對總分機構分別隸屬國地稅管理的情況，一方稅務機關的單項溝通協調勢單力薄，無法解決總分機構間稅收信息溝通問題。基于此，國地稅之間信息共享只能依靠總局信息交換平臺。
二、完善總分機構跨地區經營企業所得稅征收管理的建議
(一)改變分支機構預繳分攤指標，均衡地區利益分配
針對分期預繳匯總納稅的弊端，建議企業匯總納稅預繳比例改變計算方式，將三項指標改為按所得額計算分攤比例，各級分支機構（含三級及以下）均可在年度會計利潤基礎上調整納稅所得額，將各分支機構納稅調整期提前到次年3月底，4月份征期內預繳本分支機構實際應負擔的稅款，總機構在5月底之前完成匯總納稅。此舉既可解決總分機構管理中的前三個問題，又可以確保法人所得稅制的地位不動搖，達到以下管理效果：一是稅款可在各分支機構所在地及時足額入庫，有利于提高各分支機構所在地稅務機關管理的積極性，更有利于實現地區利益均衡。二是按所得額計算分攤指標充分體現了“所得稅依所得計征”的本質思想。三是對于稅率不統一的總分機構從根本上簡化了繁瑣的分配計算過程，有利于提高征管效率。四是所有分支機構所在地均可分享到管理的成果，可以從根本上避免各地區之間和國地稅之間爭奪稅源。
(二)明確細化分支機構主體資格判定標準，減少自由操作空間
為解決分支機構認定混亂，政府部門行政干預企業經營機構設置，各地主管稅務機關出于理解上的偏差造成界定錯誤等問題，建議從以下兩方面強化管理：一是細化總機構對分支機構經營權限、內部機構設置、業務范圍等指標的管理和控制，如對財務負責人直接委派或聘任，具有總機構聘書或任職文件，統一財務核算內部口徑，如營業成本計算、固定資產折舊等；二是對加盟店、掛靠單位等具有獨立經營權的特殊分支機構，作為獨立納稅人進行管理。上述措施便于操作，易于執行，可以減少資格認定自由裁量權，有利于提高征管水平。
(三)明確總分機構管理職責，充分發揮分支機構主管稅務機關管理權
為解決當前總機構稅務機關“心有余力不足”，分支機構“力有余權不足”的困境，總局應盡快明確總分機構所在地主管稅務機關管理職責。一是總機構所在地稅務機關應負責審核總機構計算、分攤各地預繳企業所得額的準確性，督促總機構按時向其二級分支機構提供匯總納稅分支機構分配表。如發現總機構在計算分攤各地預繳稅款過程中有失公允，立即制止并嚴格按征管法的有關規定追究總機構的責任。二是賦予分支機構所在地主管稅務機關日常管理檢查權，將分支機構視同獨立納稅人；負責審核分支機構匯總上報預繳所得稅分攤指標的準確性；賦予三級及以下分支機構所在地稅務機關稅前扣除項目審核權，即上報年度匯繳數據前需先經審核確認，總機構統一匯總清算后還有權復審復查，凡發現不繳或少繳的稅款，連同滯納金和罰款一律全額就地補征入庫。
(四)盡快完善總分機構匯總納稅信息交換平臺，提高工作效率
建議總局盡快完善信息交換平臺，一是從總分機構辦理稅務登記開始采集信息，各級主管稅務機關應將總分機構的登記時間、注冊資金、人員規模、工資支出及經營情況等關鍵信息導入信息平臺，并及時予以更新、維護，保證信息的真實性、準確性；二是實現國稅、地稅信息共享，對管理部門不一致的總分支機構能及時查找到所有涉稅信息，真正實現總分機構在各主管稅務機關之間的信息共享；三是明確總分機構主管稅務機關之間信息交換、備案具體程序，規范信息交換內容、格式、路徑和時限，確保總分機構之間的涉稅資料和數據快速、準確傳送。
