一、高校整體控制環境的塑造
1.高校文化的建設
高校文化代表著整個學校的精神面貌、行為作風、辦學理念等，是作為一個高等學府實力和競爭力的象征，高校文化可以分為制度文化、精神文化和物質文化。
首先，精神文化需要有嚴謹的教學方法、科學的育人方式、和諧的生活氛圍，塑造一種積極向上的高校精神文化，可以產生巨大的凝聚力和指引作用，使在校的所有人員自覺融于學校內部的控制管理，遵守內部控制制度，推動內部控制措施的實施和改進。物質文化，主要表現在整潔有序的校園環境、配套齊全的設施設備、各種有形和無形的科研成果等，物質文化是精神與制度文化的反映，也是實施內部控制的基礎資源，為高校有效運轉提供良好條件。而制度文化，要求各院、系、下屬子單位、行政部門、校辦產業等都要有相應的制度規章作為保障和依據，凡事按制度來做，有理有據，運作井然有序。高校文化是內部控制環境的靈魂，圍繞高校發展目標，形成良好的高校文化環境氛圍，實現自我控制與管理，這是推動高校內部控制落實的重要力量。
2.高校治理結構的構建
第一，建立高校監事會制度。監事會成員可以由政府、上級主管部門、教育廳及相關部門派出，實施對高校的監管，督促管理和控制的運行。第二，將高校行政權與學術權分離，建立學術委員會。學術委員會專門負責所有和學術有關的事務，包括與招生有關的事宜、學位的授予、教職工職稱的評定、科研項目的審批、學術成果的管理等等，均由學術委員會專職負責。第三，建立并充分發揮教職工代表大會的職能。要本著公平、民主、公正的原則選取代表人選，合理充分地采納職工代表的意見。第四，設立總會計師。總會計師主要負責編制高校年度預算、決算、資產和資金管理政策、財務規章制度、全面分析經濟管理環境、協助校長作出重大相關決策。第五，設立內部審計機構。發揮內部審計部門在高校風險管理、內部控制貫徹落實和整體治理中的重大作用。
3.人力資源政策實務
嚴格職業準入，把好用人關。學校教職工的職業技能和綜合素質的高低影響到教學質量和學校各方面發展的好壞，高校建設需要人才，無論是行政人員、部門后勤還是教職工等都需要有良好的職業道德素養、品質作風和職業專業技能，學校要根據不同崗位職責制定相應的用人標準，在招聘過程中做到公正、公平、公開，認真核實雇員情況，精心組織面試，對應聘者要有較深入的了解。
引入競爭機制，激勵與懲戒制相結合。現代社會是競爭的社會，無論何種情況，若是沒有了競爭，就失去了前進的動力，對于高校任何一個崗位也是一樣，如果沒有競爭的意識，會逐漸失去挑戰和積極向前的精神，可能在本職工作中出現消極、怠慢的現象，因此要合理引入競爭機制，尤其是要激勵和促進教師本人能力的不斷升華提高。激勵政策的一個重要措施是實行績效考評制度，從德、能、勤、績四個大方面進行考評，同時與薪酬制度、獎勵基金制度、職位晉升制度相結合；推行的激勵政策，還可以用宣傳和培訓的方法，建立高校職業化培訓體系，不斷改進培訓方法，優化培訓內容和形式。而懲戒措施要制定得易于理解，讓所有教職工了解一旦違反了特定規則，將會面臨不同程度的懲戒，從而對他們進行有效的行為約束。
二、高校內部控制實務活動
1.建立風險管理框架
高校面臨諸多來自內部和外部風險，建立風險管理框架有助于控制風險，降低風險可能導致的損失。首先對風險要進行總體的評價，即識別、分析相關風險，這是風險管理的基礎。為更好地建設發展高校，籌資模式向多元化方向發展，如貸款建設學校使得負責風險加劇；而由于管理不善等原因也會造成資產流失、資金使用效益低下等內部管理風險；同時許多高校投資辦實體，發展校辦企業，也增加了投資風險以及其它來自外部的風險。因此在對風險進行識別、分析的基礎上高校應確立一套機制來應對這些變化帶來的風險，確立整套關于風險的真實性、風險可能造成的損失、防范風險采取的有效措施、這些措施可能產生的效果和風險發生后將產生的內外部影響的風險管理框架。高校可以成立風險管理小組，對高校涉及的相關活動、事項進行事前調查、分析，編制風險分析報告和行動計劃方案，在實施過程中進行跟蹤考察，視具體情況對報告方案進行修正，作出是否繼續實行或停止實施活動的建議。
2.全面預算及財務活動控制
高校的全面預算要分清層次，做好校級綜合預算、校級預算編制下的各類預算包括重點項目預算、校辦產業預算等、院系級收支預算及其以下等各類預算的編制和規劃，要進行預算跟蹤和分析評價，對于各類項目、重點部門要做到零基預算，努力細化各項預算。財務活動方面要實行嚴格的授權審批制度，對不相容職務要做到分離控制，根據工作需要制定崗位責任制，嚴格審核財務人員的上崗資格，對校財務處以及各財務部門崗位人員嚴格考核，同時制定財務公開制度，增強校財務收支和各類財務經濟活動的透明度，規范各種財務活動。
3.科研經費內部控制
對于科研經費的控制，科研、財務、資產等部門要制定相應的指導性規章制度和操作流程，在科研項目立項后，科研管理部門要做好項目備案工作，并交由審計部門對科研項目合同進行審計，將審計后的結果報予財務部門進行專門的科研經費賬目的入賬。在項目確立后科研經費的使用過程中，一方面審計部門要對第三方合作協議進行審計，另一方面資產管理部門或基建部門要負責儀器設備、材料、工程等的管理。在科研項目完成后，要再一次進行結題審計，確定經費明細和使用情況。
4.資產管理控制
高校所有的財產物資實行歸口管理，由專人分別履行對資產的采購、驗收、保管和處理職責。對于重大物資的采購要實行招標管理制，制定招標流程，并充分發揮監察、審計人員職能，參與招標信息發布、招標文件制作、合同簽訂驗收等招投標全過程，重視采購合同的合法性、規范性和效益性問題。對各類資產的領用、報廢或處置，資產管理部門、實際使用部門或人員要同財務部門相銜接，同步對資產目前狀況進行更新處理。與財務部門隨時核對資產總賬和明細賬，并定期或不定期由專人進行資產清查，維護資產安全，提高資產使用效益，保持資產的保值增值。
5.校辦產業及高校基建項目控制
發展校辦產業、從事基建工程項目是擴大高校規模、提高教學水平和高校綜合實力的重要措施，高校必須建立健全有關內部控制措施，加強對相關產業和工程項目的管理控制。對于校辦產業，主要做好對其領導與負責人的責任考評以及對外投資、籌資活動的評估和控制，預防校外風險向校內轉移。在高校基建項目控制過程中，首先要進行科學決策控制，指定專門部門或委托有足夠資質的單位負責編報計劃，進行經濟、技術分析論證，做好相關預算工作；其次做好職務分離控制，對建議、決策、項目執行、竣工驗收等有效分離，并派專人進行監督復核；第三，做好招投標與合同控制，確保公正、公平，并運用法律手段保證項目的質量、安全和整個運行過程；第四，驗收與決算控制，校財務部門要及時對財產物資進行清理核實，做到賬證、賬表、賬賬相符，校審計部門應會同有關單位對項目資料的真實性、完整性進行檢查，對驗收、決算進行全過程的跟蹤審查。
6.信息和溝通控制
高校內部控制涉及各個環節和各個方面，為了獲得有關內部控制充分準確的信息，為了使控制措施得到充分響應和有效配合，同時為了使高校風險可以得到更客觀公正的評價，廣泛的信息來源和相關人員之間的溝通與理解是高校內部控制中十分重要的環節。高校應確保建立暢通的渠道使所有的教職工都清楚地了解學校各項政策、措施等信息，理解自身應當承擔的控制責任，并且有向上傳遞重要信息的途徑，建立完整暢通的教師、管理者、職工、同事、學生溝通路徑，搭建信息交流平臺。
三、高校內部審計控制實務
內部審計是高校內部控制的重要組成部分，對高校各項活動進行審計監督、評價和服務，根據高校發展現狀，內部審計部門在內部控制職責履行中主要應向以下兩個方面傾斜：
一是對領導干部經濟責任審計。經濟責任審計對防止高校腐敗、促進廉政建設、進行權力的制約和監督有著重要的作用。最重要的一點是對經濟責任要有較為明確的界定標準，一項責任的基本構成要件有主體、行為、心理狀態、損害事實、因果關系。關于“主體”，責任主體就是被審計的領導干部，因此要區分前任責任和現任責任，內部審計人員要通過查實文件、會議記錄、與被審計單位相關人員的交流，闡述清楚事情的來龍去脈，區分哪些是前任領導遺留下來的問題，哪些是本屆領導無法處理但存有隱患的問題。關于“行為”，首先根據法律法規和單位制度的有關規定，區分領導的“作為”或“不作為”責任，二者的性質程度不一樣，承擔的責任也就有輕重之分。關于“心理狀態”，區分主觀原因和客觀因素，如果主觀上故意無視規章制度、玩忽職守，則必須承擔主要責任，如果是善意的或者由于不可抗力等客觀因素造成的損失，則應視情況從輕判定責任，實事求是地界定責任。關于“損害事實”和“因果關系”，領導干部行為與損害事實要存在必然的聯系。另外，學校內部審計部門在對領導干部進行經濟責任審計時，要注意將任前審計、任中審計和離任審計相結合，關注被審計對象的綜合素質和崗位質量要求，使領導干部提高警惕性，更加重視自己所在職位的責任，也為高校人才建設把好一道用人關。
二是以風險導向審計為原則，關注效益審計。內部審計部門要在真實性、合法性審計基礎上，著重關注效益審計，查明資金短缺、浪費的根源，提升對資金的使用管理效益，實現高校活動運行的經濟性、效率性和效果性。由于風險貫穿于經濟活動事項的全過程，因此內部審計人員要分析過程中所有風險點和重點關注點，從單純的事后監督向事前預防、事中控制和事后監督結合轉變，提高資金效益和審計效果，從而強化高校內部控制，確保內部控制的有效實行。
