稅法對費用的扣除在某些項目上規定了扣除限額（見下表）針對表中提及的扣除限額項目，會計準則規定中是可以全額扣除的。稅法之所以在費用扣除上更嚴謹是出于維護稅收的穩定性，也能避免企業隨意將過多支出抵扣應納稅所得額，人為調節利潤。據分析，費用科目稅法規定的扣除標準可歸為兩類：一是有限額的扣除，且超過限額部分不能結轉扣除，如職工福利費、工會經費等；二是有限額的扣除，但超過限額部分可以結轉扣除，如職工教育經費、廣告費、業務宣傳費等。對有限額扣除，且超過限額部分不能結轉扣除的差異屬于所得稅法出于稅收保全目的，永遠不得稅前扣除，形成的是永久性差異，這樣只能通過納稅調整，依法調增應納稅所得額、應交所得稅、所得稅費用；而對于超過限額部分可以結轉扣除的部分，從整體看，稅法允許全額扣除，只是扣除時間與會計準則規定不同，從而形成可抵扣暫時性差異，會計應當確認遞延所得稅資產，減少所得稅費用。
值得注意的是：《條例》規定，對化妝品制造、醫藥制藥和飲料制造（不含酒類制造）企業發生的廣告費用和業務宣傳費支出，不超過當年銷售（營業）收入30%部分，準予扣除，超過部分準予在以后納稅年度結轉扣除；對煙草企業的煙草廣告費和業務宣傳費支出，一律不得在計算應納稅所得額時扣除。會計準則中，沒有對具體行業作特別規定。《條例》還規定，除委托個人代理外，企業以現金等非轉賬方式支付的手續費及傭金不得在稅前扣除。會計準則沒有對此作特別說明。兩者差異的形成表明，企業在支付費用的方式上是有選擇性的。稅法提倡以轉賬方式支付，財務信息經過銀行轉賬，信息公開化、透明化，減少了現金流轉風險，也減少了財務舞弊風險。會計上則可以針對財務目標，靈活地選擇支付方式。此種差異并非會計上對某些科目的確認、計量問題，而屬于永久性差異，需通過納稅調整方式調整應納稅所得額和調整應交所得稅。
（三）不得扣除項目稅法規定，在計算應納稅所得額時，下列支出不得扣除：向投資者支付的股息、紅利等權益性投資收益款項；企業所得稅稅款；稅收滯納金；罰金、罰款和被沒收財物的損失；贊助支出（企業發生的各種非廣告性質的贊助支出，下同）；未經核定的準備金支出；企業之間支付的管理費、企業內營業機構之間支付的租金和特許權使用費，以及非銀行企業內營業機構之間支付的利息；與取得收入無關的其他支出。會計中向投資者支付的股息、紅利等權益性投資收益款項，所得稅稅款不計算在會計利潤中，稅法與會計的處理沒有差異，不需要進行納稅調整。而對上述其他項目，會計上計算利潤時，均為全額扣除，這與稅法區別較大。分析可知，這些差異均為永久性差異，需納稅調整。但實務中，部分企業對稅前不可扣除項目的確認與計量都有了固定的會計處理模式。對企業來說，這些項目均屬收益性支出，只能全額扣除計算當期利潤。但稅法不允許稅前扣除，即要求通過納稅調整調增應納稅所得額。稅務機關應當重點稽查，可以要求一些行政機關密切配合，將稽查對象的重要行政處罰資料及時送達相應稅務機關，利于稅務稽查的開展。注冊會計師審計時，則重點審查其他項目，如企業之間支付的管理費等，對費用的發生、確認、計量進一步落實，減少審計風險。
