通過加強培訓、研究政策、積極研討等一系列措施，目前北京市新醫療衛生機構會計制度的貫徹實施取得明顯成效。
一是全面提高了醫療機構的會計核算水平，包括統一規范了全市醫院成本核算標準，北京市衛生局、財政局聯合制定下發了《北京市醫院成本核算辦法》，并制定了《北京市醫療項目成本核算管理辦法》；統一規范了軟件，由市衛生局和專業軟件公司合作研發了“醫院成本核算經濟管理信息系統”，形成了全市統一的會計成本核算工具。
二是應用新制度改革的數據成果促進財政改革。北京市借鑒對醫院項目核算的有關數據，將財政對醫療機構的補償分成經常性補償、鼓勵性補償、專項補償，有效提高了醫院部門的工作積極性。
三是加強了預算執行的監督與管理。新制度的貫徹執行是預算管理與財務管理的有效結合，更加注重預算的編制過程，更加注重預算編制的合理性、實操性、可行性，更加注重預算監督，更加注重強化預算執行結果的分析和考核。
四是加強了醫療衛生機構的資產管理。根據新制度的相關規定，北京市重新梳理和制定了相關規定和辦法，統一規范了北京市行政事業單位資產管理，有效提高了各單位資產的核算水平。
五是推動了醫療服務改革工作。通過新制度的執行測試工作，有效利用了項目成本核算的結果，形成了醫療服務價格的成本測算方法，作為制定醫療服務價格的重要依據，為醫療服務改革提供了重要的技術支撐。
下一步，北京市將繼續開展新制度的培訓工作，同時搭建溝通平臺，為制度執行提供專家技術服務；加強基礎調研，規范醫療衛生機構的財務管理；加強監督指導，對制度的執行情況進行檢查與指導，及時了解制度執行中的有關問題，并及時反饋相關的問題。
