（一）定期自查公司稅務和財務
只有定期自查公司稅務，公司方可提前發現公司面臨的稅務問題，從而將稅務風險控制在萌芽狀況。包括：自查銷售、收款業務流程；自查采購、付款業務流程；自查相關單據的真實性和合法性；相關稅收優惠的利用程度自查；特殊稅種（個人所得稅、印花稅）的自查。
【案例分析：某公司對存貨盤點賬務自查的涉稅分析】
（1）案情介紹
2012年6月，某公司下屬有14個倉庫，所有倉庫都是租賃鄉鎮街道的民用一般建筑，因此，容易引起貨物的非正常損失。為了加強存貨的管理，該公司對下屬各倉庫庫存的包裝物和煙葉，進行了盤點清查，在對倉庫庫存包裝物和煙葉的盤點清查中，有的包裝物和煙葉盤盈了，而有的包裝物和煙葉卻盤虧了。對此財務人員認為，各倉庫都是公司的下屬部門，應該作為一個整體看待，對盤盈和盤虧的結果，應該相互沖減后，其余額才是這次盤存的最終結果。于是，對盤盈和盤虧的包裝物和煙葉，財務人員在賬務處理上，做了如下兩筆會計分錄：
第一筆會計分錄
借：利潤分配——未分配利潤 210450.64
貸：包裝物——公司（各站） 210450.64
應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出） 35776.61
第二筆會計分錄：
借：庫存商品——煙葉 36959.11
貸：待處理財產損溢 36959.11
（2）稅務自查糾正存在的問題
2012年12月，公司財務部組織人員對公司存貨盤點清查的賬務進行檢查，發現該公司財務人員所做的以上兩筆會計分錄存在問題：
對第一筆會計分錄，檢查人員核對有關資料，真實情況是：實際盤虧“新袋片”544837.39元，實際盤盈鐵絲、鋼帶、雨布和繩索是334386.75元。至于賬面上記載的包裝物盤虧金額210450.64元，是以實際盤虧的金額減去實際盤盈的金額后的余額，即544837.39-334386.75=210450.64（元）。
對第二筆會計分錄，財務部檢查人員對記賬憑證后所附報表上的14筆業務，逐一進行認真的核查，結果發現：該公司下屬的9個卷煙站，實際盤盈“外貿煙”和“原煙”共計248871.40元；另外，該公司下屬的5個卷煙站，實際盤虧“機烤煙”是211912.29元。至于賬面上記載的煙葉盤盈金額36959.11元，是以實際盤盈的金額減去實際盤虧的金額后的余額（即248871.40-211912.29）。
（3）涉稅分析
財務部開展稅務自查，經過查實，公司盤盈的貨物與盤虧的貨物，不是同一種類的貨物。因此，不應該依據相互沖減后的余額，計算應該轉出的進項稅。而應該對盤盈的貨物與盤虧的貨物，分別進行會計處理，并對實際盤虧的貨物，全額計算應該轉出的進項稅。依據《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第二十一條第一款第二項之規定，該公司由于對貨物管理不善，造成貨物發生損失，應該屬于非正常損失。依據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條第一款第五項之規定，非正常損失的購進貨物，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。因此，公司對盤虧包裝物和煙葉，少轉出增值稅進項稅88510.80元，及時進行賬務處理，把少轉出增值稅進項稅88510.80元進行轉出，及時補繳增值稅款88510.80元，規避了以后稅務稽查局稽查而給予罰款和繳納滯納金的稅收風險。
（4）自查而得出的經驗教訓
如果是同一種貨物，僅僅是由于企業管理不到位，造成一個倉庫的某種貨物增多，而另一個倉庫的同一品種貨物減少，這種貨物的減少，就不是真正的損失，對這種貨物的盤存金額，可以在兩個倉庫之間相互沖減，以其盤虧余額計算應該轉出的進項稅。如果公司盤盈的貨物和盤虧的貨物不是同一種貨物，那么盤虧的貨物就是實際損失，應該以盤虧的全額計算轉出的進項稅。如果以盤盈和盤虧相抵后的凈盤虧數作為計算進項稅額轉出的基數，就會造成少轉出進項稅、進而少繳納增值稅的后果。
（二）在年度結賬前自查公司稅務
年度結賬前稽核公司稅務可以在年度結賬前針對稽核發現的問題進行賬務調整。此一流程對公司所得稅的影響較為深遠，從實踐來看，我們發現由于未執行年度結賬前稅務稽核程序，導致公司多繳稅的案例在實務中屢見不鮮。一般來講，企業在年度結賬前，應對本企業本年度的發生的各種費用：例如三項經費（工會經費、職工教育費、福利費）、折舊、無形資產攤銷（含土地使用權問題）、業務招待費、業務宣傳費、廣告費、會議費、差旅費、社會保障支出、住房公積金、住房補貼、補充養老保險、醫療保險、特殊工種保險、勞動保護費、傭金、固定資產修理費與裝修費、利息支出、租金支出、公益、救濟性捐贈支出、壞賬損失、壞賬準備、財產損失及進項稅額問題、開辦費、其他雜費（綠化費、工傷事故支出、補稅，行政性罰款，罰金，滯納金，合同賠償金，補繳稅款、債務重組損失）進行重點檢查，看有沒有超過稅法規定的范圍和稅前扣除指標，如果存在超過稅法規定的扣除指標，可以另想辦法進行規避。同時，還得自查稅前扣除的發票規范性和真實性和企業各類收入的劃分是否正確（哪些收入應歸入免稅收入；哪些收入應歸入不征稅收入；哪些收入應歸入應稅收入）。
【案例分析：以前年度發生應扣未扣支出的涉稅處理】
（1）案情介紹
實行查賬征收的A工程公司2010年采購了兩臺施工機械，價值200萬元，在2010-2012三年度沒有計提折舊，設施工機械預計殘值率為5%。2012年12月15日，企業財務部經過檢查發現，該兩臺施工機械在2010-2012三年度沒有計提折舊，意味著過去三年中共多繳納了企業所得稅金額為：200×（1－5%）×3÷10×25%＝51.87（萬元）。請問該企業應如何處理該筆過去應提未提的折舊，稅務上應怎樣處理？是在2012年第四季度申報預繳企業所得稅時進行處理，還是在2013年做匯算清繳時處理？
（2）涉稅分析及處理
對過去年度應提未提和應計未計費用等應扣未扣支出的稅務處理，《國家稅務總局關于企業所得稅應納稅所得額若干稅務處理問題的公告 》（國家稅務總局公告2012年第15號）第六條“關于以前年度發生應扣未扣支出的稅務處理問題”進行了明確：根據《中華人民共和國稅收征收管理法》的有關規定，對企業發現以前年度實際發生的、按照稅收規定應在企業所得稅前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企業做出專項申報及說明后，準予追補至該項目發生年度計算扣除，但追補確認期限不得超過5年。企業由于上述原因多繳的企業所得稅稅款，可以在追補確認年度企業所得稅應納稅款中抵扣，不足抵扣的，可以向以后年度遞延抵扣或申請退稅。虧損企業追補確認以前年度未在企業所得稅前扣除的支出，或盈利企業經過追補確認后出現虧損的，應首先調整該項支出所屬年度的虧損額，然后再按照彌補虧損的原則計算以后年度多繳的企業所得稅款，并按前款規定處理。
《企業所得稅法實施條例》第九條規定：“企業應納稅所得額的計算，以權責發生制為原則，屬于當期的收入和費用，不論款項是否收付，均作為當期的收入和費用；不屬于當期的收入和費用，即使款項已經在當期收付，均不作為當期的收入和費用。本條例和國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。”
依據《中華人民共和國稅收征管法》第五十一條的規定：“納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現后應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起3年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實后應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。”
國家稅務總局《關于納稅人權利與義務的公告》（國家稅務總局公告2009年第1號）第七條規定：“對您超過應納稅額繳納的稅款，我們發現后，將自發現之日起10日內辦理退還手續；如您自結算繳納稅款之日起3年內發現的，可以向我們要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息。我們將自接到您退還申請之日起30日內查實并辦理退還手續，涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。”
基于以上政策規定，本案例中的過去三年中應提未提折舊可以有兩種辦法進行稅務處理：
第一，可以在企業申報第四季度企業所得稅時進行處理。
如果查帳征收企業在進行季度申報時，發現以前年度多繳納的稅收，則應在《中華人民共和國企業所得稅月(季)度預繳納稅申報表(A類)》第16行“以前年度多繳在本期抵繳所得稅額”：填報以前年度多繳的企業所得稅稅款尚未辦理退稅，并在本納稅年度抵繳的所得稅額。因此，A工程公司在申報第四季度的企業所得稅時，可以把過去多繳納的518700元企業所得稅《中華人民共和國企業所得稅月(季)度預繳納稅申報表(A類)》第16行“以前年度多繳在本期抵繳所得稅額”欄。
第二，如果A工程公司在第四季度沒有進行處理，則可以在2013年做2012年企業所得稅匯算清繳時進行處理。
在以前年度納稅調整應遵循權責發生制原則，以前年度少計的成本費用，應對應所屬年度，調整該年度的應納稅所得額，并通過“以前年度損益調整”等科目，對補繳年度作企業所得稅納稅調整，適用的企業所得稅率都為25%。涉及納稅申報表填列的事項，可以在2013年度納稅申報表主表第41行“以前年度多繳的所得稅額在本年遞減額”項下填寫申報，也可以向主管稅務機關申請退稅。
