隨著市場經濟體制的逐步建立與行政事業單位經費體制改革不斷深化，行政事業單位財務預算管理工作從內容到形式都發生了較大變化：預算編制方法由零基預算法逐步替代“基數＋因素”法；預算內容中，收入預算由重撥款轉向重自籌收入，支出預算由寬打寬用變為精打細算；預算控制由忽視預算轉為月、季、年對照預算分析進度。預算管理方式方法的改進對加強行政事業單位財務管理起到了積極的促進作用，但是預算管理工作還存在許多問題，沒有達到預算管理的要求。
一、目前我國行政事業單位的財務預算管理中存在的主要問題
1、預算管理意識不強，預算管理作用未充分發揮，致使資金使用效益不高。有些行政事業單位未建立一套完整的財務預算管理體系，包括預算組織、預算制度、預算執行及考核具體辦法等。有些些行政事業單位為調整和追加預算，把大部分精力用于湊預算，而對于預算的執行情況的關注卻較少。資金投向是否正確，資金使用效益如何，有無超預算支出等等問題得不到足夠重視，為預算而預算，預算應有的作用被削弱，資金使用效益降低，浪費現象也很常見。
2、預算編制準備不充分。財務收支預算是單位綜合預算中的一個部分，它以單位總體目標為前提，以經營預算、行政預算、事業預算為依據，牽涉的部門多，時間跨度長。因此，在編制財務預算時應由相關部門組成預算編制小組，充分考慮宏觀環境、現實任務等因素，分析預算實現的可能性和難度。但是目前編制財務預算通常僅僅就一個財務部門的工作，編制時間也不足兩個月。這樣，無法充分調動各職能部門積極參與預算，也無足夠的時間對預算項目進行必要的調研，這樣的預算只能依據上年數據編制，往往與實際相距甚遠。
3、預算編制方法簡單，“零基預算”流于形式，財務預算缺乏科學的依據。盡管運用零基預算法編制預算己推行多年，但“上年基數 ＋本年因素”的影響根深蒂固，“零基預算” 難以落到實處。預算編制中往往不以部門或單位的具體人員狀況，實際業務發展為基礎來確定預算收支總體水平，調整支出結構，而習慣地以過去的基數為基礎，收入定增長率，支出層層切塊、分配，層層留機動。這樣編制的預算比較籠統，不切實際，并且難以將預算分解到各部門執行。
4、重分配、輕管理，資金使用效益不高。由于預算編制存在方法簡單、準備不足等問題，單位將大部分精力用于湊預算的盤子，應付預算的調整和追加，而較少關注預算的執行情況。資金投向是否正確，有無超預算支出，資金使用效益如何等等問題得不到足夠重視。為預算而預算，預算應有的目標不能實現，資金使用效益降低，浪費現象也不少見。
5、預算執行缺乏分析與考核。行政事業單位的性質決定了其關注社會整體效益較經營效益更重，所以一般未建立一套完善的預算執行的分析考核制度，考核意識不強，考核指標不明確。預算制定后沒有層層分解、層層控制，因此在預算的執行過程中支出很少受到預算的約束。開支前不計劃，開支后審批不嚴的現象普遍存在。預算執行結果未與經濟責任人的經濟責任掛鉤，未與職工的激勵機制掛鉤，預算執行約束力大打折扣。
二、加強行政事業單位財務預算管理的對策
1、加強行政事業單位對于財務預算管理重要性的認識，轉變行政事業單位忽視財務預算管理的觀念。首先，實行財務預算管理是行政事業單位建立自我控制、自我約束、自我發展的良好機制的有效辦法。預算管理是西方國家政府和企業多年成功實踐的經驗之談，能優化資源配置，強化單位管理，提高單位行使行政職能的效率；其次，預算管理是一個系統工程，它不僅僅是財務部門的工作，而是整個系統或單位內部各項資源的最優整合，它的戰略性和系統性要求各職能部門共同參與；再次，增強預算法制觀念，強化預算約束，按照《 預算法》的要求，實現預算管理的科學化、法制化。
2、推行復式預算管理方法。復式預算管理即將同一預算年度的經費收支按其不同性質，分別匯編成兩個或兩個以上收支對照表，以特定的預算收入來源來保證特定的預算支出費用，并使兩者之間保持相對穩定的對應關系。實行復式預算管理，有利于強化財務監督管理職能，可以把各項收支按其不同性質，分開管理，并根據其財力來確定兩種資金的比例，從制度上杜絕兩種不同性質資金在安排使用上的相互擠占和挪用。同時，實行復式預算管理后，對不同性質的經費實行不同的管理方法，能較好地提高財務預算的約束力度。
3、高質量地完成預算編制工作。首先，財務管理工作的預算編制人員必須熟悉行政事業單位的發展目標規劃,準確把握單位事業發展的資金來源渠道和保障能力,在編制預算時正確處理生存與發展的關系,合理安排基本支出與項目支出,切忌急功近利,盲目上項目。其次，必須準確掌握包括單位職能、業務范圍、資產配置、人員狀況等在內的一系列單位基本情況;對于行業系統管理部門,只有全面掌握了所屬單位的基本情況,才能審定所屬單位預算的編制質量,科學、合理的核定所屬單位的基本支出經費。此外，預算編制人員要熟練掌握預算定額的核算內容,搞清每項定額的適用范圍;同時,要非常熟悉本單位基本支出的各項經費的來源渠道和性質,是否每一項基本支出,都可以套用相應的基本支出定額。
4、加強預算執行監督。一是完善單位內控機制，利用不相容職務分離控制，會計系統控制，風險控制等方法對預算執行過程進行自我檢查、制約和調整，保障預算良好實施。二是充分發揮內部審計作用，利用內審對預算執行過程進行監督。內審不僅要對財務狀況的真實性、完整性和績效性進行監督鑒證評價，還要對預算執行過程進行監督評價，發現問題及時查明原因，提出解決辦法。三是要建立預算執行崗位責任制，以制度定責任，以責任定人。四是要實行預算執行信息化管理，通過網絡科技迅速反饋預算執行信息，及時糾正執行偏差，化解預算和財務風險，保障預算順利完成。
5、做好年度財務決算編制工作。年度決算就是要對當年預算執行情況進行全面總結,主要是總結年度預算收支任務完成情況。檢查明細預算的執行情況,檢查項目實施進度,清查資金結余情況等。通過對年度預算執行情況的全面總結,檢驗預算編制的科學、合理性,據此總結經驗,改革預算編制程序、方法,提高預算編制水平。
