在科研經費監管方面，目前一些科研經費支出往往由項目負責人自己說了算，他們對財務人員的審計往往存在抵制情緒。因此，財務人員與其溝通起來也很費勁。為防止挪用經費、張冠李戴的現象發生，中南民族大學在財務報銷時進行了嚴格審核。學校財務處要求一些科研項目支出要具體細化到項上，發票要求明細，財務報銷實行逐級簽字制度。但在一些專業課題中，比如對于特殊材料的使用范圍和更新頻率，財務人員仍然無法判斷其合理性，這也成為經費管理中的難題。
中南民族大學承擔著許多具有民族特色的研究課題。民族地區對于一些特殊藥材，有著巨大的市場需求。民族醫藥科研課題做實驗時往往需要很多原始藥材。這些藥材往往由學校老師去農戶家里定制，要求農戶按照實驗所需的溫度、濕度、土壤等具體要求來種植。
然而，等這些藥材長成后，實驗人員從農戶家中購買時，卻很難出具正規發票。
這在財務報銷時就成為了一個不小的難題。沒有相應發票支出明細與之相對應，但這些的確又是科研項目實施過程中的必要開支。
會計核算最重要的使命，就是體現經濟活動真實的價值，學校建立了專家復核特殊支出的相關制度，準許科研課題經專家審批后支出部分特殊費用。學校反對科研人員以別的發票，如個人的其他招待、個人支出來抵賬，認為這種不實事求是的做法會加劇不良的科研風氣。
在課題結題驗收時，不少項目強調科研成果和論文數量。我認為，績效評價的主體不應局限。如橫向課題的績效評價，更應尊重企業的評審意見。因為學校承擔的一些特色應用型課題，不見得能發表哪一級別的獎勵或論文，但卻能為企業解決實際技術問題，幫助其節約成本、創造財富。另外，中南民族大學承擔了許多民族口的課題，往往是一些個性化的科研項目。比如非物質文化遺產保護等方面，更是純粹公益性的課題。
對于科研項目的評價，現在的評價機制往往是“只許成功，不允許失敗”，項目評價主要以成果和論文數量為評價依據，而真正的科學研究過程都不可避免地經歷失敗，這也同樣不利于最大限度地發揮科研人員的積極性。
北京工業大學財務處處長楊松令
目前學校的科研經費分為縱向和橫向兩種。一般來說，能申請到科研項目的大多是一些資歷比較深的名教授，年輕教師機會較少。一般來說，這些資歷比較深的教授，他們要指導其博士生或碩士研究生來共同完成。
依據目前的規定，除863、973科技項目外，一些科研項目中沒有勞務費支出項目，不允許課題組發放勞務費。這樣一來，這些研究生往往就成了免費勞動力，其勞務費、助研費無法在項目經費中得以體現，無疑會大大挫傷他們的積極性。還有，不少高校對研究生培養體制進行改革，實行導師資助制。
也就是說導師要按月給研究生發放助研費。因此，我們希望有關經費主管部門應充分重視這一問題，在經費項目上列示助研費支出項目。
另外，目前對于科研項目支出的補償主要體現為直接費用，如購買設備、調研差旅費、測試費用等。
而對水電、設施、房屋占用等間接費用則沒有補償。我認為，科研經費撥款應該借鑒國外做法，科研主管部門在撥付老師科研經費的同時，給學校撥付間接費用，并且將這種做法逐步進行推廣，這樣才有利于促進科研水平提高。
在課題申請時，一些科研項目的預算會要求編制得非常細，比如：未來3年參加什么會，有哪些人？費用如何分配？預算編制的作用本來是為了更好地管理經費。
然而，如果依據這種編制方法，就失去了其實際意義，完全成了走形式。我們推崇對科研經費實施預算管理，但反對“形而上學”的預算。
此外，依據目前的規定，如果前一個項目沒有結題，就不能申請下一個項目，很多項目都會有一些預研費。因此，我們在科研經費管理制度里允許在結題時將一部分經費預留一部分，以便于下一個項目的申請，這樣就可以保障科研工作的良性循環。
