依據1998年11月財政部會同衛生部發布的《醫院會計制度》（財會字[1998]58號）（以下簡稱原制度），設置的會計科目為43個總賬科目（見表2?1），新制度為52個總賬科目（見表2?2）。
表2?1原制度下的會計科目表
序號編號名稱
一、資產類
01101現金
02102銀行存款
03109其他貨幣資金
04111應收在院病人醫藥費
05113應收醫療款
06114壞賬準備
07119其他應收款
08121藥品
09122藥品進銷差價
10123庫存物資
11l25在加工材料
12131待攤費用
13141對外投資
14151固定資產
15153在建工程
（續）
序號編號名稱
16161無形資產
17171開辦費
18181待處理財產損溢
二、負債類
19201短期借款
20202應付賬款
21204預收醫療款
22205應付工資
23207應付社會保障費
24209其他應付款
25211應繳超收款
26221預提費用
27231長期借款
28241長期應付款
三、凈資產類
29301事業基金
30302固定基金
31303專用基金
32305收支結余
33306結余分配
四、收支類
34401財政補助收入
35402上級補助收入
36403醫療收入
37404藥品收入
38409其他收入
39411醫療支出
40412藥品支出
41415管理費用
42416財政專項支出
43419其他支出
表2?2新制度下的會計科目表
序號編號名稱
一、資產類
1 1001 庫存現金
2 1002 銀行存款
3 1003 零余額賬戶用款額度
（續）
序號編號名稱
4 1004 其他貨幣資金
5 1101 短期投資
6 1201 財政應返還額度
120101 財政直接支付
120102 財政授權支付
7 1211 應收在院病人醫療款
8 1212 應收醫療款
9 1215 其他應收款
10 1221 壞賬準備
11 1231 預付賬款
12 1301 庫存物資
13 1302 在加工物資
14 1401 待攤費用
15 1501 長期投資
150101 股權投資
150102 債權投資
16 1601 固定資產
17 1602 累計折舊
18 1611 在建工程
19 1621 固定資產清理
20 1701 無形資產
21 1702 累計攤銷
22 1801 長期待攤費用
23 1901 待處理財產損溢
二、負債類
24 2001 短期借款
25 2101 應繳款項
26 2201 應付票據
27 2202 應付賬款
28 2203 預收醫療款
29 2204 應付職工薪酬
30 2205 應付福利費
31 2206 應付社會保障費
32 2207 應交稅費
33 2209 其他應付款
34 2301 預提費用
35 2401 長期借款
36 2402 長期應付款
（續）
序號編號名稱
三、凈資產類
37 3001 事業基金
38 3101 專用基金
39 3201 待沖基金
320101 待沖財政基金
320102 待沖科教項目基金
40 3301 財政補助結轉（余）
41 3302 科教項目結轉（余）
42 3401 本期結余
43 3501 結余分配
四、收入類
44 4001 醫療收入
400101 門診收入
400102 住院收入
45 4101 財政補助收入
410101 基本支出
410102 項目支出
46 4201 科教項目收入
47 4301 其他收入
五、費用類
48 5001 醫療業務成本
49 5101 財政項目補助支出
50 5201 科教項目支出
51 5301 管理費用
52 5302 其他支出
新制度按照有關財政管理改革政策要求以及其他改革要求，對原制度下的科目體系進行了全面梳理和完善：
①按照國庫管理改革要求，增設“零余額賬戶用款額度”、“財政應返還額度”科目。
②按照部門預算管理要求，增設“財政補助結轉（余）”科目，并要求“財政補助結轉（余）”、“財政補助收入”、“財政項目補助支出”、“醫療業務成本”、“管理費用”等科目按照或參照政府收支分類科目設置明細科目。
③按照行政事業單位工資津補貼改革要求，將原“應付工資”科目（或“211應付工資（離退休費）”、“212應付地方（部門）津貼補貼”、“213應付其他個人收入”科目）名稱改為“應付職工薪酬”，并要求按國家有關規定設置明細科目，進行明細核算。
④適應醫院業務核算要求，增設“短期投資”、“預付賬款”、“固定資產清理”、“長期待攤費用”、“應付票據”、“應付福利費”、“應交稅費”等科目。
⑤適應本次改革要求，增設“累計折舊”、“累計攤銷”、“待沖基金”、“科教項目結轉”、“科教項目收入”、“科教項目支出”等科目。
⑥適應本次改革要求取消藥品售價核算而取消了“藥品進銷差價”科目。
⑦因醫院業務變化將“應繳超收款”科目改為“應繳款項”科目。
⑧因本次計提折舊改革取消了“固定基金”科目、“專用基金”科目中的“修購基金”明細科目。
⑨因考慮重要性原則取消了“開辦費”，開辦費在醫院開業時計入管理費用。
取消“上級補助收入”等科目，而將相關核算內容并入“其他收入”等科目。
除會計科目數量、名稱方面的調整外，新制度還對各科目的確認、計量等核算內容做了更為全面、詳細的規定。
具體變動情況可總結歸納如下六類：
（1）新舊制度下，名稱未變、實質未變的科目有17個，即：
? 銀行存款、其他貨幣資金、 應收醫療款、其他應收款、壞賬準備、待攤費用（6個）
? 短期借款、應付賬款、預收醫療款、其他應付款、預提費用、長期借款、長期應付款（7個）
? 結余分配、財政補助收入、管理費用、待處理財產損溢（4個）。
（2）新舊制度下，名稱變化、實質未變的科目有4對，即：
? 庫存現金現金
? 應收在院病人醫療款應收在院病人醫療費
? 在加工物資在加工材料
? 財政項目補助支出財政專項支出
（3）新舊制度下，名稱未變、實質變化的科目有9個，即：
? 庫存物資、固定資產、在建工程、無形資產（4個）
? 事業基金、專用基金（2個）
? 醫療收入、其他收入、其他支出（3個）
（4）新舊制度下，名稱變化、實質變化的科目有6對，即：
? 短期投資、長期投資對外投資
? 應付職工薪酬應付工資
? 應付社會保障費應付社會保障金
? 應繳款項應繳超收款
? 醫療業務成本醫療支出、藥品支出
? 本期結余收支結余
（5）新制度增加了14個一級科目，即：
? 零余額賬戶用款額度、財政應返還額度、預付賬款（3個）
? 累計折舊、累計攤銷、長期待攤費用（3個）
? 應付福利費、應付票據、應交稅費（3個）
? 財政補助結余、科教項目結余、待沖基金（3個）
? 科教項目收入、科教項目支出（2個）
（6）新制度刪除了6個科目，即：
? 藥品、藥品進銷差價、開辦費（3個）
? 藥品收入、藥品支出（2個）
? 固定基金（1個）
