2011年1月18日，財政部會同衛生部等有關部門同步推出了醫療機構財務、會計、注冊會計師審計等五項新制度。其中，新醫院財務、會計制度將于2011年7月1日起在公立醫院改革國家聯系試點城市執行，2012年1月1日起在全國執行。
新出臺的《醫院會計制度》（以下簡稱新制度）主要規范各級各類獨立核算的公立醫院的會計核算，包括綜合醫院、中醫院、?？漆t院、門診部（所）、療養院等。與1998年的醫院會計制度（以下簡稱原制度）相比，新制度有以下十大主要變化。
原制度的適用范圍為公立醫療機構，包括衛生院等基層醫療衛生機構。
新制度的適用范圍為公立醫療醫院，不包括衛生院等基層醫療衛生機構。
在制定新制度時，考慮到基層醫療衛生機構在業務活動、資金管理方式等方面與一般醫院的顯著不同，將基層醫療衛生機構排除在《醫院會計制度》適用范圍之外，對基層醫療衛生機構單獨制定《基層醫療衛生機構會計制度》予以規范。
考慮到隨著新醫改方案有關“鼓勵社會資本依法興辦非營利性醫療機構”等政策的貫徹落實，非公立醫院將會有較快發展，并且公立醫院和其他非營利性醫院在運營目標、運營方式、監管要求等方面具有相似性，為便于實施統一評價和監管，新制度在維持“公立醫院”這一主要適用主體基礎上，規定“社會資本舉辦的非營利性醫療機構可參照本制度執行”。
新制度增設了“零余額賬戶用款額度”和“財政應返還額度”兩個會計科目，用以規范國家投資醫院與國庫集中支付相關的會計核算。在醫院會計實務中，部分醫院已于2001年依據財政部頒發的《財政國庫管理制度改革試點會計核算暫行辦法》規定啟用了“零余額賬戶用款額度”科目，但核算過程不規范，年度終了額度注銷時，往往是直接做沖銷憑證，而沒有轉入“財政應返還額度”科目，醫院年終應收財政下年度返還的資金額度不能準確反映。新制度不僅規范了醫院與國庫集中支付相關的會計核算，而且彌補了行政事業單位會計制度在國庫集中支付會計核算方面的不足。
公益性是公立醫院的一個基本特點。國家將通過財政補助的形式提高公立醫院的公益性，這就涉及財政預算管理的問題。
新制度正式發布前的《醫院會計制度（征求意見）》稿曾經把會計制度分成兩個系統，以分別反映預算信息和財務信息，但考慮到醫院財務人員工作量問題，新制度最終將兩種信息在一個會計系統中同時進行反映，其基本思路是：
第一，按照部門預算管理要求，增設“財政補助收入”、“財政項目補助支出”、“財政補助結轉（余）”科目，用于編制“財政補助收支情況表”。
第二，對于財政基本補助支出，主要用于 “醫療業務成本”、“管理費用”的，要求在 “醫療業務成本”、“管理費用”等科目中按照或參照政府收支分類科目設置明細科目，并要求在“醫療業務成本”、“管理費用”科目下專設的“財政基本補助支出”備查簿中進行登記。
第三，對于財政補助資金形成的財產物資的攤銷（權責發生制）與財政預算資金支出（收付實現制）的兼容性問題， 通過創造性地設置“待沖基金”科目解決，兼顧滿足預算管理需要。
比如，用財政性資金購買固定資產，在收付實現制下，形成了當期財政預算支出，通過借記“財政項目補助支出”科目反映（貸記“零余額賬戶用款額度”等科目），同時，由于固定資產并沒有一次性消耗，在權責發生制下，需要通過計提折舊，表示其還將繼續使用。怎么辦？通過設置“待沖基金”科目解決。新增固定資產時，借記“固定資產”科目，貸記“待沖基金”科目。等到資產要被攤銷或者存貨被領用的時候，不再反映為成本費用，而是沖銷“待沖基金”，借記“待沖基金”科目，貸記“累計折舊”科目。這樣，醫院就可以把財政資金和非財政資金形成的資產區分開來，從而在一個會計體系中，同時體現了預算信息和財務信息。
在原制度中，科教資金不納入醫院的收支管理，而是作為專用基金管理，或掛在往來款項中核算，這就導致醫院整體收入數據不全，也就無法真實反映醫院的收支情況。
新制度將科教資金納入收支管理，體現醫、教、研三位一體的醫院整體。新制度明確了科教收支的如下會計處理：
醫院取得的科研、教學項目資金通過“財政補助收入”、“科教項目收入”科目核算，醫院使用科研、教學項目資金所發生的支出通過“財政項目補助支出”、“科教項目支出”科目核算，醫院留待下期繼續使用的科研、教學結轉資金通過“財政補助結轉（余）”、“科教項目結轉（余）”科目核算。
醫院取得的與教學相關的培訓收入等通過“其他收入”科目中核算。
醫院開展科研、教學項目使用自籌配套資金發生的支出，以及醫院開展的不與特定項目相關的醫療輔助科研、教學活動發生的支出，在“醫療業務成本”科目中核算。
原制度下的醫療成本核算體系不健全，缺乏對醫院醫療成本核算對象、核算范圍和口徑、核算方法等的合理、統一規定，加之將醫療成本機械割裂為醫療支出和藥品支出，造成實踐中各醫院成本核算口徑不一、成本信息缺乏可比性和科學性，難以為政府部門制定醫療改革政策、醫療收費價格以及實施醫院績效評價等提供可靠依據。
新制度一方面通過“在加工物資”科目，對醫院自制物資的成本項目、成本歸集和核算方法做了詳細要求；另一方面要求醫院將其業務活動中所發生的各種耗費按照成本核算對象（如科室成本、醫療服務項目成本、病種成本等）進行歸集和分配，計算出總成本和單位成本。最后要求在財務情況說明書中呈報一系列的成本報表，把醫院各種各樣不同層面、不同角度的成本通過這一系列的成本報表展示出來。同時，公眾可以通過醫院披露的成本報表知道醫療收費是否合理的問題。
原制度的一個突出問題就是醫院的基本建設項目在辦理竣工決算前不在醫院會計“大賬”中核算，與之相關的資產負債未在醫院的資產負債表中反映，使得醫院基建會計核算與醫院總賬會計核算脫節，造成醫院會計信息很不完整，不利于加強醫院的資產負債管理，不利于防范和降低財務風險。
近兩年來，中央預算單位的基建撥款和支出已納入部門預決算統一編列，會計上實現基建會計與單位會計并軌的要求十分迫切。新制度通過增設“在建工程——基建工程”明細科目、在“財政補助收入”科目下增設“項目支出”明細科目等，將基建會計與醫院會計并軌整合，這將進一步增強醫院資產負債及其他會計信息的完整性。
一直以來，由于財政補助不足，藥品加成是國家給予醫療機構的一項補償政策，“以藥補醫”、“以藥養醫”可以說是國家財政資金不足情況下的一種無奈選擇。在這一政策下，由于藥品收入占醫院總收入的比例非常高，是醫院的主要收入來源，因此，在原會計制度中對“藥品收入”及與之相關的“藥品支出”單設科目，單獨核算。
近年來，隨著中國經濟的發展、國家財政收入的提高，人們對“以藥養醫”的怨氣越來越大，國家也在加速推進醫、藥分開改革。新制度將原制度下的“醫療收入”與“藥品收入”兩個科目合并為“醫療收入”一個科目，將“醫療支出”與“藥品支出”兩個科目合并為“醫療業務成本”一個科目，配合弱化藥品加成對醫院的補償作用。新制度的這一規定與新醫改方案中逐步取消藥品加成、避免‘以藥養醫’的理念相一致。
其實，從藥品收支的性質來看，藥品收入與治療收入、化驗收入等一樣，都是醫院提供醫療服務所取得的收入；醫院耗用的藥品與醫院耗用的衛生材料、發生的醫務人員工資一樣，都構成醫院提供醫療服務所發生的成本。從國際慣例以及我國醫院性質和現狀考慮，藥品收支都應構成醫療收支的組成部分，在醫療收支下單列，而沒有必要將其并列于醫療收支。
同時，這樣處理也避免了管理費用在醫療支出和藥品支出之間的分攤，解決了藥品醫療收支不配比問題。
原制度規定：“醫院的凈資產是指醫院資產減去負債后的余額”，包括事業基金、固定基金和專用基金。
由于原制度使用了固定資產等于固定基金的恒等式，而固定資產在使用過程中又不計提折舊，因此，將固定資產中的水分實實在在地反映在屬于凈資產的固定基金中。
同時，原制度將應列入負債的部分專用基金（如住房基金、從成本中提取的職工福利費等）亦列入了凈資產中，造成了凈資產的嚴重不實。
新制度對這類問題均進行相關處理，如要求對固定資產全面計提折舊，增設“應付福利費”科目反映醫院從成本中提取用于職工個人的職工福利費。
與原制度相比，新制度增加了現金流量表和財政補助收支情況表以及一系列的成本報表。報表體系比較完整，而且與企業的會計報表已經非常相似。
特別是現金流量表對醫院自身管理有著重要的現實意義。隨著醫保的推進，醫保后付制的范圍和幅度越來越大，使得醫院對現金流的關注度更加提高。因為有了醫保之后，病人看病只交自付部分的錢款，剩余部分需要醫保中心支付，而醫院相關的成本和費用都發生了，這就產生了時間差。有了現金流量表就可以加強醫院對現金的規劃和管理，從而提高醫院整體的資金使用效率。
另外，新制度增加了財務狀況說明書，以達到對財務管理包括預算管理、成本管理方面信息的要求，這是比《企業會計制度》規定更加完善的方面，同時也有利于國家加強對醫院管理方面的信息了解。
