目前，企業進出口業務內控審計已成為會計師事務所開辟新業務的重要領域。了解企業的基本情況是展開審計的必要準備和基本條件。這些基本情況包括企業成立時間、工商注冊號、海關注冊編碼、進出口報關登記證書、注冊資本、法人代表等內容。
這些基本情況可以通過詢問管理人員、查閱相關批文證書、會計和統計資料等方法來獲得。
制定審計總體計劃
制定審計總體計劃主要包括審計的范圍，即業務循環及內容，這是審計展開的主線；審計的重點，即必須控制的重要或經常發生的業務；內部控制應有的嚴謹程度，譬如資產總額大、進出口總值大、內部結構復雜的加工貿易型企業應有完善的內部控制制度；審計人員構成、分工和時間預算。
了解內部控制環境。對進出口業務的內部控制環境進行調查，可采取預先設計好的問卷調查。同時，還要審閱被審計單位的政策和制度手冊、會計憑證和相關原始記錄。
在對被審計單位內部控制有了初步認識的基礎上，應對健全性和有效性進行初步分析，以規劃將要實施的符合性測試程序。
初步健全性分析主要是分析哪些重要或經常發生的業務或作業應該設置控制而未設置。譬如，代理進出口業務，未與委托人簽訂書面代理合同或取得報關授權委托書以及未設置專職報關員等。
初步有效性分析主要是針對控制程序與政策而實施的，這實際就是初步的風險評估。
進出口業務內控的審計方法
目前進出口業務內控審計方法主要以證據檢查法為主，同時輔以觀察和詢問方法。
證據檢查法就是抽取一定數量的會計憑證、報關單證和其他與進出口有關的資料，檢查是否已按內部控制制度的規定認真貫徹執行。
一是審閱。審閱辦理某筆業務應該具備的單證是否都完整；審閱相關單證是否真實，有無偽造、變造；審閱相關單證的法定效力，譬如，報關單時間應該晚于貿易合同。
審閱會計賬簿，譬如，“固定資產”、“在建工程”、“原材料”、“銷售收入”明細賬是否登記報關單號碼、手冊號；產成品明細賬根據耗用材料來源不同按保稅料件和非保稅料件分開設置；“廢品損失”、“邊角廢料”、“殘次品”等損耗區分保稅與非保稅情況。
二是核對檢查，檢查賬面記錄銷售業務的真實性。
抽取部分出庫單，追查有無銷售主管批準簽字的發貨單或提貨單；出庫單記載的數量、日期是否同實物收發存登記簿記錄相一致；追查發出商品的金額是否恰當合理地計入產品成本明細賬中。
檢查付匯核銷是否有相關責任人和經辦人的批準和簽字，來判斷實際工作中是否執行了授權控制程序。
抽取被審計單位與國外供應商貿易合同或定價文件及付匯憑證，檢查被審計單位與國外供應商是否存在關聯關系以及定價政策是否異常。
詢問法就是為了解被審計單位各項業務操作是否符合控制要求，而向有關人員詢問某些內部控制和業務執行情況。譬如，詢問企業生產主管、倉儲主管、相關業務人員和會計人員有關進出口貨物內部控制執行情況，重點詢問各項批準手續和內部審單、對賬等；詢問被審計單位倉管人員是否定期清查和盤點進口保稅料件和減免稅進口物資。詢問法可以獲得一些細節信息或新的線索，對物證、書證起補充或增強證明作用。
實地觀察法就是根據業務處理程序，到被審計單位的工作現場，實地觀察有關人員的實際工作情況，以確定既定內部控制措施是否得到嚴格執行。
實驗法就是選擇一筆或若干筆有代表性的具體業務，進行“穿行測試”，也就是重新執行一遍業務程序，以驗證其內部控制措施是否被貫徹執行。譬如，針對出口銷售，從總經理批準→財務部門價格審核→業務部對外報價→倉儲部門備貨→綜合部門聯系運輸填發運輸保險、提單→財務部門開具發票→報關員報關→收匯核銷→生成銷售明細賬→匯總銷售明細賬，并過賬至總賬等交易的整個流程，考慮之前對相關控制的了解是否正確和完整，并確定相關控制是否得到執行。
內部控制審計需要形成證據鏈，即獲得一系列相互印證的人證、物證和書證。例如，實地觀察可以確定某些實物資產的存在性，卻不能證實資產的所有權，且實地觀察法只能證實觀察當時的情況，而被審計單位在觀察時和沒有被觀察時是否一貫執行內控制度則無法證明。
