國有大中型醫院是構成市場不可缺少的重要組成部分，它一方面提供醫療服務，另一方面又是商品和勞務的消費者，其經營管理要按照市場經濟的一般規律操作。因此，建立國有大中型醫院總會計師制度，對醫院進行宏觀經濟管理，深化醫療改革，降低醫療服務成本，協調醫患關系，爭奪醫療市場等方面都具有十分重要的作用。與適應當前社會主義市場經濟體制要求相比，傳統的醫院財務制度已暴露出一些弊端和問題。因此，國家財政部、衛生部共同制定的新《醫院財務制度》中指出：“醫院實行‘統一領導、集中管理’的財務管理體制。符合條件的醫院應建立總會計師制度。
第一，建立總會計師制度的重要性。一是建立總會計師制度是加強醫院經濟管理、提高醫院效益的有力保障。總會計師制度建設是醫院進行經濟宏觀調控、推行全成本核算、降低醫療費用、解決群眾“看病難”、“看病貴”問題的有力保證。實行總會計師負責制，建立總會計師“財務會計一管理會計——成本會計一科室核算員”為一體的會計管理核算體系，貫徹“統一領導、集中管理”的會計管理原則，組織醫院財務管理、預算管理、成本核算、財務監督等方面的工作，有效地與醫院的人事管理、行政管理、業務管理、經濟管理融為一體，共同組成一個高效的醫院管理體系來服務監督醫院經營管理全過程，為醫院有序經營、健康發展起積極地推動作用。二是建立總會計師制度是完善醫院領導體制、優化領導結構的重要措施。醫院需要有一個懂醫學、善經營、會管理的領導班子，來組織管理醫院切實解決近年來醫院存在的會計信息失真、財務收支管理混亂、固定資產流失、不合理收費等現象。實行總會計師制度，是解決這些問題的措施之一，是醫院由“專家管理”向“管理專家”過渡的有效途徑。三是建立總會計師制度是健全內部職能、完善醫院內部管理控制制度的需要。醫院內部控制的最重要的就是要實行職務分管制度。從權責劃分人手，對醫療服務活動全過程各個環節進行控制。醫院作為一個經濟組織。對于醫院內部復雜的經濟管理，需要投入大量的時間、人力、物力去分析掌握，這樣才能確保醫院財產安全，全面實現醫院經濟管理規范化、法制化。
第二，總會計師的含義與任職資格。國務院1990年發布的《總會計師條例》對總會計師的定位是“總會計師是單位行政領導成員，協助單位主要行政領導人工作，主要對單位主要行政領導負責。凡設置總會計師的單位，在單位行政領導成員中，不設與總會計師職權重疊的副職”。醫院的總會計師要協助醫院的主要行政領導，對醫院的經濟核算和財務管理負責，并參與全員重大經營決策活動。總會計師的設立將對發揮會計職能作用，加強現代醫院管理，保護所有者權益，加強對國有資產管理及對主要負責人的監督等方面具有明顯效果。《總會計師條例》的規定，擔任總會計師，應當具備以下條件：堅持社會主義方向，積極為社會主義市場經濟建設和改革開放服務；堅持原則、廉潔奉公；取得會計師專業技術資格后，主管一個單位或者單位內部一個重要方面的財務會計工作的時間不少于3年；要有較高的理論政策水平，熟悉國家財經紀律、法規、方針和政策，掌握現代化管理的有關知識；具備本行業的基本業務知識，熟悉行業情況，有較強的組織領導能力；身體健康、勝任本職工作。在醫院工作任職的總會計師還需要懂得醫務知識，可按照新會計制度，根據醫院的情況編制確定相應的會計科目。
第三，總會計師的職責與任務。一是建立健全的醫院財務制度，加強經濟核算和監督管理。醫院是承擔一定福利的社會公益事業單位，不以營利為目的，但醫院維持的基本條件是以收抵支，力求保持用收入足以補償支出，減少破產的風險，并可以提高資金使用效率來取得效益。建立健全的醫院財務制度，使醫院的各種經濟行為都做到有法可依、有章可循、照章辦事，實現規范化管理，讓醫院利用有限的衛生資源提供優質的衛生服務。二是編制和執行醫院預算，規范并強化醫院的預算管理。醫院的預算是一種“全面預算”管理，具有全面控制的能力，它通常以醫院經營發展目標為預算目標，以前期業務收支為預算編制基礎，綜合考慮醫療市場、醫院本身特點及醫院發展的要求，由醫院通過一定程序討論通過的，對醫院未來一定期間經營目標、經營決策進行財務數據說明。根據《事業單位財務規則》規定，醫院實行“核定收支，定額或定項補助，超支不補，結余留用”的預算管理辦法，其主要包括醫院財務收支計劃和信貸計劃，擬定資金籌措和使用方案，有效使用資金。總會計師在編制醫院預算時，要從醫院整體實際情況出發，根據科室的歷年經營狀況和所承擔的職能來編制預算，在信息理論和控制理論指導下，在不斷地整改中通過對會計信息反饋、輸入、加工、分析、輸出，使醫院預算系統達到最佳，從而增加預算方案的科學性、合理性。三是實行成本管理制度，實施全面成本管理。醫院要以低耗高效實現效益最大，就需要全面地實行成本管理，正確反映醫院的經營耗費狀況。總會計師可帶領自己的團隊，根據醫院提供的全方位醫療信息，通過成本分析和成本控制，來降低醫療服務成本和醫院運營成本，優化醫療服務流程，提高醫院整體經濟效益。還可以制定一套行之有效的成本核算方法和成本管理辦法，包括建立成本核算組織和成本管理網絡，規范核算單位的收入費用項目和收支范圍，健全責任成本會計制度，建立成本考核指標體系，開展成本效益的分析評價工作都具有較強的促進作用。這對于醫院加強經濟核算，強化醫院人員的成本費用意識，倡導勤儉辦院的方針，努力降低醫療服務和藥品經營的成本，提高技術經濟效益，將產生積極的推動作用。四是加強會計監督職能，維護醫院經濟效益。總會計師要運用自己掌握的經濟信息和發揮自己的專業知識進行事先的預測、核算和分析，比較所用與所得，運用系統理論的方法，從中選出技術先進、經濟效益大的最佳方案，提供給院長及相關領導，作為醫院重大問題決策的經濟依據。而且作為總會計師，須配備一套有實力的會計人員協助其提高醫院經濟效益。總會計師通過醫院會計工作對醫院經濟活動全面進行監督，在維護醫院經濟活動的合法、合理和有序的基礎上，制止和避免醫院經濟活動普遍而嚴重存在的損失和浪費，保障醫院的利益不受損害。
要提高醫療質量、服務質量，就必須不斷地對醫療質量、服務質量進行創新與改造，不斷地創造新技術，更新與改造醫療設備、引進國外先進的醫療技術和醫療設備。醫院這些重大的經濟技術方案，必然涉及到資金的籌措。總會計師有必要參與醫院的重大決策中，這樣在資金、效益上保證醫院重大經濟技術方案的可行性，從而使醫院在經濟效益最大化。
