內部會計控制指的是企業為了提高會計的信息質量，保護資產的安全和完整，確保有關的法律法規和相關的規章制度貫徹執行而制定和實施的許多的內部控制方法、措施和程序等。會計電算化沒有改變內部控制的目的，但是引起了內部控制的方式等許多方面發生了變化。
1 電算化會計與手工會計下的內部控制的區別
1.1 職責分工的內部控制的變化
在傳統的手工會計中，企業會計部門通常會根據會計的業務性質不同，也就是核算的內容不同，進而分設不同的崗位，然后依此配備相關的會計人員，他們分別管理會計工作的不同方面，職責分工非常明確并且各職能崗位通過對會計業務的反映與相互稽核，自然地形成了相互牽制和相互監督的局面。而在電算化會計環境下，傳統會計崗位的很多工作都由計算機來完成，數據處理也十分的集中。建立在這種崗位職責分工上的內部控制機制明顯失去了作用。
1.2 審查復核機制的變化
在傳統的手工會計環境下，賬務處理已經很自然地被分成填制記賬憑證、記賬、結賬、對賬、編制報表等一系列按順序的步驟。在會計工作中，按照一定的程序完成會計工作，并且每一個步驟都是對前一個步驟的審查和復核，前面步驟中出現的差錯和錯誤常常會在后一個步驟中得以發現進而得到糾正，例如，記賬憑證的錯誤能夠在記賬過程中發現，而記賬的錯誤又一般可以在對賬的過程中發現，對賬過程中未發現的錯誤還能在編制報表過程中發現等，但是，在電算化會計環境下，賬務處理呈現出一體化趨勢，從輸入會計憑證到輸出會計報表，所有中間環節都在計算機內自動處理，因此，手工方式下處理步驟不再存在，審查復核內部控制機制削弱了。
1.3 電子數據與紙質數據的變化
在傳統手工會計環境下，會計數據被記錄于記賬憑證和賬簿等紙張上，一項經濟業務的每一個環節都要經過具有相應權限的人員的簽章，其法律效力被廣泛承認，一旦出現任何錯誤進行修改時，都會留有痕跡。但是在電算化環境下，賬戶記錄與紙質材料已經逐漸的分離，記賬憑證、賬簿和報表等都可以存儲在計算機中，對于電子數據也不容易實現簽字和蓋章等具有相應法律效力的手段，更重要的是，電子數據可以被輕易的修改并且不留下任何痕跡，還有就是電磁介質容易受到損壞，所以電算化下會計信息容易丟失和毀壞。
2 電算化環境下加強內部控制的措施
內部控制制度是這樣一種制度，它要求處理同一經濟業務的會計人員要相互聯系，同時還要相互制約。嚴格的內部控制制度可以防止違法行為的發生。目前為止，會計電算化的實踐表明，計算機本身處理出錯的可能性幾乎為零，如果企業管理制度不那么健全或者實施不那么有力，會給各種舞弊行為以可乘之機。企業出現舞弊時，損失一般是巨大的。因此，制定嚴格的內部控制制度是十分有必要的。
2.1 加強崗位的合理設置和操作人員權限的控制
制定崗位責任制與操作規程，實行部門的設置、人員分工、崗位職責的制定和權限的劃分。通過建立組織機構和職責分工制度，達到相互牽制，防止和減少錯誤和舞弊的發生，要將系統內不相容的職務劃分清楚，由不同的人員負責不相容職務，劃分時可參照手工會計中職能崗位的分工，同時要符合電算化會計系統的工作要求，制單人員、審核人員、系統管理員和維護人員的職權是不相容的，須分工明確，不得兼任。例如，會計主管要能控制系統管理員、系統管理員不能兼任會計和審核工作、審核和制單不應由一個操作員做，系統軟硬件維護人員不應同時擔任系統操作工作與會計工作。
2.2 加強對電算化程序的控制
程序控制是一種自我保護，它由輸入控制、處理控制、輸出控制三部分組成。
2.2.1 輸入控制，數據必須經過一定的授權和審批才能輸入，根據通過審查的原始憑證，輸入會計數據。只有這樣，輸入的數據的合法性、完整性和準確性才能得到保證。
2.2.2 處理控制，對已經錄入的數據實行有效性控制，軟件系統應將數據反復核對才能入帳，對在處理過程中出現的數據的丟失和出現的錯誤都要有及時防止與糾正的能力，對已經輸入的記賬憑證和帳簿的修改，都應該有查詢和修改痕跡的功能。
2.2.3 輸出控制，對于輸出的紙質會計資料應由專門的人進行核對，檢查數據的完整性和正確性，檢查所有打印出的賬簿和報表是否有缺漏現象。
2.3 加強對會計信息系統安全的控制
要保證會計數據不被修改，同時程序不損毀和病毒感染，主要應以下幾個方面進行控制：
2.3.1 非系統維護人員不得接觸程序的技術資料和加密文件，減少數據和程序被修改的可能性，任何人員不得直接打開數據庫文件隨意增、刪、改數據，如有確需修改的應由會計主管臨時賦權并作書面記錄且有該操作員及會計主管簽字。
2.3.2 系統中的數據每次操作后都應該進行備份處理，以防不同原因引起的數據破壞。
2.3.3 使用自動監測病毒軟件，嚴格控制外來的軟盤使用，設置系統防火墻，阻擋非法網絡用戶進入系統。
2.3.4 建立電算化會計檔案管理制度，對能夠打印的數據信息，要全部打印，同時用紙介質和光磁介質保管，部分數據還要雙份備份和異地存放。
2.4 加強內部審計
內部審計是指企業內部對各種經營活動和控制系統的獨立評價，進而確保會計制度的一貫執行。內部審計是內部控制的組成部分，還是監督內部控制其他方面的一種重要手段。內部審計的內容包括系統開發審計、內部控制制度審計、數據文件審計、會計軟件審計等等，通過審查電算化會計賬務處理的正確性、是否有文件和程序的非法修改和輸入等內容，督促企業完善內部控制系統，做好預防工作。
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