基建工程財務審計既是強化審計和經濟監督的一種具體體現，也是重點搞好投資效益審計的一種具體方法。隨著市場經濟的進一步發展，工程項目投資主體的日趨多元化及利益格局的多樣化，都迫切需要開展好工程項目財務審計。下面就政府審計中對基建工程財務審計關注的重點予以闡述：
一、確定重要性水平和風險評估：
（一）確定重要性水平：
（二）風險評估：按照《審計署審計質量控制100條進行》
二、檢查與控制的目標：
對已開工項目的四制（項目法人制、招投標制、工程監理制、合同管理制）進行檢查；對財務財務管理進行檢查，包括各參建單位的合同執行情況和執行財務管理規定以及防止由于損失浪費而導致的投資增加，并分析產生問題的原因，尋找薄弱環節，提出改進意見和建議，完善各項制度。對完工項目工程量作為重點審查對象。
三、檢查重點：
（一）項目檢查：
1.項目法人制理建設與實施情況的檢查。檢查項目法人在項目實施過程中是否存在未嚴格遵守國家有關法律法規規定的有關建設程序和規劃、環保、儲蓄、勞動、安全、消防、建筑等的法律法規，檢查行政許可手續是否齊備，檢查是否遵循建筑質量體系，是否存在擅自（如履行程序就合法了）提高或降低工程建設標準，改變建設內容，擴大或縮小投資規模的行為，是否存在轉移、挪用工程建設資金的問題。
2.招投標情況的檢查。
3.合同管理情況的檢查。
檢查合同約定是否嚴謹，是否存在因合同約定不合理而造成投資增加的情況；合同范本以外特殊的方面有沒有因合同約定不合理或不嚴謹的情況造成問題；檢查合同中對土方如何約定；檢查合同執行中業主對施工條件的約定是否合理；檢查合同執行條款是否存在不嚴謹或相互矛盾的情況；檢查合同是否得到嚴格執行，是否存在違反合同約定對施工方非法補償的情況；察看索賠和補償的相關資料，分析索賠和補償的合理性，檢查是否存在合同與約定不與補償的項目，業主違規予以補償，是否存在應由施工單位承擔的風險，業主考慮其承受能力給與補償的，是否存在將包含的投資包干項目議定補償，是否存在將總價投資包干的臨時工程項目議定補償，是否存在投資變更項目的決策增加給施工方給與補償。
檢查是否存在違反《招投標法》法律規定調整原合同約定或增加補充協議、補償協議，對施工單位給與額外補償與獎勵的。
檢查總價合同的合理性。
4.違法轉包、分包情況的檢查。查看施工單位財務資料，是否簽訂了合同協議，根據資金流向和核算方式來判定是否存在有無非法以借勞務合作之名，借勞務分包進行分包之實，轉包、轉分包行為中有無分包超過國家規定的比例，是否存在再一次分包、轉包，是否存在業主指定轉包分包的行為，關注違規轉分包中利益分配并因此造成工程質量問題，有無存在其他利益分配，支付給個人的行為。
5.監理情況的檢查。
檢查監理單位基本情況：包括監理的資質，檢查監理人員配置情況；檢查監理工作情況：是否按照進度規劃進行監理工作，現場監理是否履行了其職責，監理日志記錄是否齊全，記錄內容是否符合要求；檢查監理對于工程量的計量是否嚴格；檢查監理對工程資料的簽證是否嚴謹，變更理由是否充分，簽證的程序是否合規，資料是否齊全，變更單價是否合理。
6、設計單位和設計變更情況的檢查。檢查設計圖紙的質量是否符合項目的要求，是否因涉及的原因造成工期延誤，包括圖紙的提供是否及時；檢查設計單位是否及時對概算調整情況進行了計劃；檢查設計單位是否按照合同的約定對現場派駐設計人員，現場的設計變更是否嚴謹，檢查設計變更的必要性是否符合規定，是否符合規定的程序，現場服務是否及時到位。
7、獎勵情況的檢查。獎勵理由是否充分真實，依據是否合理，是否符合合同的規定，是否達到了合同規定的考核指標，是否超過合同的限額發放獎金，重復發放獎金，只獎不罰；是否存在業主單位搭車發放獎金。
8、甲方供應材料管理情況的檢查。
（二）財務檢查
1.財務管理情況的檢查；2.各建設單位資金支付情況的檢查；3.施工單位會計核算情況檢查。
檢查各標段會計報表、賬戶、會計憑證重點關注以下事項：（1）核對施工單位收到的工程款是否與建設單位支付的工程款一致；（2）檢查進度款、進度款是否用到該項工程上，有無挪用項目資金問題；（3）檢查施工單位費用報銷憑證，是否存在明示饋贈設計、監理、建設單位的費用；（4）檢查施工單位是否存在轉包、分包的情況；（5）檢查施工單位現金日記賬、大額現金支出情況，關注大額現金的真實用途，是否存在大量的白條抵現的情況；是否存在現金日記賬保持大量余額并一次轉賬的情況；（6）是否存在建設單位人員與個人向施工單位推薦材料，分包工程，提供咨詢服務，超越權限，推薦產品或供貨商；（7）是否存在白條、不合規發票的列入成本費用，虛增成本；關注項目利潤率是否在合理的范圍，有無項目利潤率過高（成本利潤減少，虛報工程量）或過低（虛擬成本，套取現金）的問題。
綜上，基本建設審計的有效控制，既要講原則，按法律、法規辦事，又要實事求是，做到既合法又合情理。加強竣工結算審計是監督基本建設活動的一項非常重要的程序，這對節約工程建設成本，提高經濟效益起到一定的作用。
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