隨著社會主義市場經濟的確立和發展，醫院作為醫療行業的主體已經邁入市場，經營管理同市場經濟息息相關，市場已成為醫療資源基本配置的主體。它一方面提供醫療服務，另一方面又是商品和勞務的消費者，其經營管理要按照市場經濟的一般規律操作。
與此同時，醫院發展觀念逐步轉變，經營模式不斷創新，管理需求在日益提高。國家財政部、衛生部共同制定的新《醫院財務制度》中指出：“醫院實行‘統一領導、集中管理’的財務管理體制，符合條件的醫院應建立總會計師制度。”
醫院引進全新的經營管理理念和經濟運行機制，對保證醫院的可持續經營尤為重要。伴隨著我國醫療保險制度改革的逐步實施，以及醫院經濟活動日益增加，資金來源呈多元化發展趨勢，醫院的經濟運行環境也發生了深刻的變化，從醫院外部環境的復雜化和內部管理嚴密科學化的客觀要求來看，會計工作在醫院管理、決策、監督、控制中起著越來越重要的作用，建立總會計師制度，發揮總會計師的作用，對不斷推進醫院改革與發展，提高醫院經營管理水平是十分必要的。隨著內外環境的變化，總會計師的角色定位已從傳統的會計核算分析者轉變為醫院經營管理的決策參與者，對醫院的經營管理起著不可或缺的重要作用。
一、總會計師的職責與任務
國務院1990年發布的《總會計師條例》對總會計師的定位是“總會計師是單位行政領導成員，協助單位主要行政領導人工作，主要對單位主要行政領導負責。凡設置總會計師的單位，在單位行政領導成員中，不設與總會計師職權重疊的副職”。醫院的總會計師要協助醫院的主要行政領導，對醫院的經濟核算和財務管理負責，并參與全員重大經營決策活動。具體來說：
1．建立健全醫院的財務制度，加強經濟核算和監督管理。醫院是承擔一定福利的社會公益事業單位，不以營利為目的，但醫院維持的基本條件是以收抵支，力求保持用收入補償支出，減少破產的風險，并可以提高資金使用效率來取得效益。建立健全的醫院財務制度，使醫院的各種經濟行為都做到有法可依、有章可循、照章辦事，實現規范化管理，讓醫院利用有限的衛生資源提供優質的衛生服務。
2．編制和執行醫院預算，規范并強化醫院的預算管理。醫院的預算是一種“全面預算”管理，具有全面控制的能力，它通常以醫院經營發展目標為預算目標，以前期業務收支為預算編制基礎，綜合考慮醫療市場、醫院本身特點及醫院發展的要求，由醫院通過一定程序討論通過的，對醫院未來一定期間經營目標、經營決策進行財務數據說明。根據《事業單位財務規則》規定，醫院實行“核定收支，定額或定項補助，超支不補，結余留用”的預算管理辦法，其主要包括醫院財務收支計劃和信貸計劃，擬定資金籌措和使用方案，有效使用資金。總會計師在編制醫院預算時，要從醫院整體實際情況出發，根據科室的歷年經營狀況和所承擔的職能來編制預算，在信息理論和控制理論指導下，在不斷地整改中通過對會計信息反饋、輸入、加工、分析、輸出，使醫院預算系統達到最佳，從而增加預算方案的科學性、合理性。
3．加強會計監督職能，維護醫院經濟效益。總會計師要運用自己掌握的經濟信息并發揮自己的專業知識進行事先的預測、核算和分析，比較所用與所得，運用系統理論的方法，從中選出最佳方案，提供給院長及相關領導，作為醫院重大問題決策的經濟依據。而且作為總會計師，須配備一套有實力的會計人員協助其提高醫院經濟效益。總會計師通過醫院會計工作對醫院經濟活動全面進行監督，在維護醫院經濟活動的合法、合理和有序的基礎上，制止和避免醫院經濟活動普遍而嚴重存在的損失和浪費，保障醫院的利益不受損害。要提高醫療質量、服務質量，就必須不斷地對醫療質量、服務質量進行創新與改造，不斷地創造新技術，更新與改造醫療設備、引進國外先進的醫療技術和醫療設備。醫院這些重大的經濟技術方案，必然涉及到資金的籌措，總會計師有必要參與醫院的重大決策中，這樣在資金、效益上保證醫院重大經濟技術方案的可行性，從而使醫院實現經濟效益最大化。
4．實行成本管理制度，實施全面成本管理。醫院要以低耗高效實現效益最大，就需要全面地實行成本管理，正確反映醫院的經營耗費狀況。總會計師可帶領自己的團隊，根據醫院提供的全方位醫療信息，通過成本分析和成本控制，來降低醫療服務成本和醫院運營成本，優化醫療服務流程，提高醫院整體經濟效益。還可以制定一套行之有效的成本核算方法和成本管理辦法，包括建立成本核算組織和成本管理網絡，規范核算單位的收入費用項目和收支范圍，健全責任成本會計制度，建立成本考核指標體系，開展成本效益的分析評價工作都具有較強的促進作用。這對于醫院加強經濟核算，強化醫院人員的成本費用意識，倡導勤儉辦院的方針，努力降低醫療服務和藥品經營的成本，提高技術經濟效益，將產生積極的推動作用。
二、總會計師在經營管理中的作用
醫院的經營管理應由院長和總會計師直接領導，規范醫院財務規章制度，負責處理財務管理工作中出現的問題，評估、審批重大項目的資金運作事項。總會計師應是既精通業務又具有行政管理能力的單位行政領導，組織領導單位的財務管理、成本管理、會計核算和會計監督等方面的工作。充分發揮總會計師的作用對醫院的發展將會起到十分重要的作用，具體體現在：
1．從全院的經營活動入手，合理劃分經費使用范圍。總會計師是一個單位財務管理的核心，是宏觀管理者，要從實際情況出發，嚴格審批制度，最大程度控制支出。
2．參與醫院的全成本核算及成本管理。醫院作為一個獨立的經濟實體，在一定范圍內具備了企業的一些特性。成本管理的內容包括成本測算、成本計劃、成本核算、成本控制、成本分析、成本考核六部分。總會計師的工作重點就應放在這六部分上。成本核算和成本控制是成本管理的重要環節。成本核算要針對醫院的具體情況，對醫院各科經營成本量化分析。成本控制則需要加強醫院內部管理機制，使醫院職工都能積極配合，以此來降低醫療科室所發生的衛生材料、易耗品的成本費用。
3．保證醫院資金的科學管理和合理使用。總會計師要領導和指導醫院編制年度預算，監督預算執行情況。要根據實際編制財務計劃，信貸計劃，資金籌措使用，并進行科學、合理和有效的控制，要保證各項資金的使用效益最優化。
4．合理分布經濟資源。總會計師應根據各項成本系數和成本費用的核算，針對醫院未來發展及長遠規劃，合理安排、調配醫院的全部資金，以便更好地提高醫院的經濟效益。
5．研究制定醫院經濟發展的中長期發展規劃。總會計師要做好醫院的整個經濟狀況的調查研究和分析評估工作。根據醫院的經濟運行狀況的發展趨勢和影響因素的可變動情況，提出醫院的未來發展的中長期發展規劃。在制定規劃時要注意正確處理好國家、集體、個人的經濟利益關系，群眾利益和醫院利益的關系。
6．為醫院領導提供準確財務信息，給領導作出重大決策，當好參謀。會計信息可以為醫院的決策提供依據，使領導全面了解本單位的經濟運行情況，因此，總會計師要深入細致地研究醫院的整個經濟運行狀況、發展方向、醫院全體員工的需求等多種因素，運用科學、規范的評價方法，對決策進行分析和效績評估。
三、管理中存在的問題及現狀
總會計師制度的建立，對醫院的經濟管理而言，有著重大影響，但目前全國各地真正實行了總會計師制度的醫院可謂微乎其微，究其原因主要問題在于：
1．醫院領導重視不夠。醫院與公司企業相比最明顯的差別就是財務部門在單位里的地位不同，當前醫院（極少除外）尚未實行總會計師制度，而公司企業都普遍實行了總會計師制度。而且《公司法》明確規定：“公司財務負責人、副經理由經理提名，由董事會決定聘任或解聘并決定其報酬事項。”可見財務管理部門在公司企業中的地位之高，而在醫院，財務部門并沒有被領導層高度重視，財務部門在醫院經濟管理中并沒有起到應有的主導作用，一直處于被動地位，財會的職能也僅限于傳統的報賬記賬算賬，醫院領導對財務部門的要求也就是提供財務數字。
2．缺乏先進的經濟管理理念。在市場經濟條件下，醫院經濟活動日趨廣泛、頻繁。資金來源呈多元化的發展趨勢，“經濟核算”組織資金調配方面要求較高，“業務組織”經濟的運行情況復雜等需要具備經濟管理知識的專業人才來管理，但是目前醫院領導在經濟資源的籌措、投融資和經濟管理方面，還不能適應市場經濟的需要，存在管理混亂、決策失誤的現象。
3．缺乏高素質的經濟管理人才。我國醫院院級領導主要來源于醫學專家，經濟管理專業的幾乎為零，偶爾有一兩個非醫學專業的也不是學經濟管理的，這就造成醫院領導班子的知識結構單一，而且醫院領導身兼數職，既要管理醫院，又要鉆研業務，有的還要帶研究生，精力難以集中放在經濟管理上，專業技術上他們是強，對于提高醫療質量他們具有豐富的經驗，但這些專家缺乏經營管理理論的學習，對于市場經濟條件下的籌資和投資管理力不從心。這不利于科學決策，尤其是涉及經濟管理方面的決策。
