一、目前我省高校部門預算編制和執行中存在的突出問題
（一）預算“兩張皮”現象普遍
高等學校預算應當與編制和報送的部門預算保持一致，禁止“部門預算”與“學校預算”兩張皮的現象，這是部門預算對高等學校預算最基本的要求。但目前，高等學校普遍存在部門預算和單位內部預算“兩張皮”的現象。一是按照部門預算的要求編制學校的“部門預算”，上交教育主管部門和財政部門；二是根據學校辦學的實際情況，按照現行財務制度的規定編制的校內執行的綜合財務收支預算，這就形成“兩本預算、兩張皮”的弊端。部門預算是按照《政府收支分類科目》的規定，按“類”、“款”、“項”分基本支出和項目支出編制的；而單位綜合財務收支預算是按照現行財務制度規定的支出的用途編制的，并作為高等學校校內預算執行的主要依據。由于兩本預算編制的依據和編制的方法不同，使得兩本預算的差異很大，相互脫節的現象比較嚴重。
（二）預算編制方法不夠科學
當前高校預算的編制方法仍然多采用增量預算法，即以上一年的實際支出為基礎，考慮下年度財務收支的各種因素的變化來確定新年度的預算。這種方法雖然簡單易行，但易于形成剛性支出，不利于支出數額與支出結構的調整和優化。況且基數是多年形成的，其中包含有不科學和不合理的因素，因此用這種方法編制的預算基本結果是一年比一年提高，節約使用經費的意識淡薄。廣東省高校部門預算“一上”編制的文件一般在暑假期間八月下達，要求10天左右報送，部門預算的編制也主要由財務部門個別人員參與，因為他們不參與學校戰略規劃，無法了解下一年度的工作計劃，對學校紛繁復雜的業務活動也了解有限，使得編制預算只能是在往年的開支基礎上進行簡單的加減，只要能保證填寫完整，保證勾稽關系正確，通過審核按時報送上去就行了，缺乏科學認證，編制預算成為“數字游戲”，使得教育主管部門難以了解和掌握高校部門預算的實際情況。
（三）預算編制范圍不完整
部門預算中應該把實際用于該部門的全部政府性財力都反映出來，實現部門預算內容的完整。《高等學校財務制度》提出了高校預算新概念，并規定了“大口徑”范圍，將學校的全部收支都納入預算管理，以準確反映高校財務收支總體規模。但是，由于高校資金來源日益多元化，下屬各院（系）、部門多渠道創收的收入和相應的支出往往沒有全部納入到預算中，脫離了預算的監督管理，而上級財政部門或主管部門對高校的專項經費撥款，由于年初具有不確定性，因此無法在年初部門預算中反映，只能在年中追加，特別是項目確立滯后，預算指標一般在下半年甚至年末下達，致使部門預算內容殘缺，預算不完整，使預算收支的口徑與會計核算的口徑不一致，對預算執行的考核缺乏可比性。
（四）信息系統有待進一步完善
實行部門預算、政府采購和國庫單一賬戶后，不但部門預算軟件沒有和原來各高校使用的會計賬務管理軟件聯網，部門預算、政府采購、國庫支付三個軟件也是互相獨立的。廣東省高校部門預算采用單機版的部門預算系統，實現預算數據錄入和倒盤上報預算數據，基本屬于數據錄入軟件，并沒有實現預算監督執行等管理功能；政府采購軟件實現政府采購計劃申報；國庫支付系統實現財政撥款資金的用款計劃申報和支付申請，高校財務部門使用的各軟件系統之間沒有銜接配套，不能達到數據共享。
（五）預算制度缺乏績效信息
目前，我國部門預算支出績效評價僅僅處于試點階段，尚未全面推開，并且缺乏系統性研究。從高等學校來說，存在重分配、輕監督的問題，當前的財政資金績效審計也主要監督各預算單位編制和執行預算的規范性，對資金使用的效益性和社會效果的關注不夠。各高校部門預算編制方法仍是投入預算，重心放在爭取預算撥款，而對預算執行中資金的產出和效果并不關心，資金分配后，缺少跟蹤問效，預算多少和績效之間沒有聯系，加之現行的《高等學校會計制度》沒有成本核算的概念，不能適應部門預算進一步深化改革建立預算績效考評的需要。
二、解決上述問題的對策和思路
（一）加強領導，統一思想，提高認識，轉變觀念，高度重視部門預算編制工作
部門預算編制的好壞，直接關系到一個部門下一年度經費需求的保障程度、各項工作的正常開展和各項任務的順利完成。因此，高校一定要認真把部門預算編制工作當作一件大事來抓，加強對部門預算編制工作的領導。單位領導應親自主持預算的制定，并監督執行。同時，在組織機構上要給予充分保障，加大編制預算的組織管理力度。要抽調一批政治素質好、業務能力強的同志，集中匯審編制預算，保證預算編制和報送時間。要明確各單位的責任，做到分工合理，責任明確，相互配合，環環相扣，保證預算編制工作的順利進行。要適應國家預算管理制度改革的要求，加快職能轉變的步伐，強化預算管理力量，將工作重點轉變到加強預算管理和監督預算執行上來。（二）完善制度，提高部門預算綜合性 現行的《高等學校財務制度》和《高等學校會計制度》是1997，1998年頒布實施的，這兩項制度頒布實施時正值我國市場經濟體制改革的初期，與市場經濟體制相適應的公共財政體系建設問題尚處于理論探討階段，相應的財政預算管理體制改革是2000年前后的事。所以，相對于部門預算、政府采購、國庫單一賬戶等公共財政制度來說，現行的高等學校財務制度和會計制度已不能適應公共財政建設及相應制度改革的需要，必須及時地加以研究并作出修訂。但另一方面高校應當重視和加強預算管理，根據各項事業活動需要和財力可能，按照《預算法》和《高等學校財務制度》的規定編制預算，把高校的所有財務收支都納入預算管理。同時，也應當按照公共財政建設和部門預算制度改革的規定，編制高校的財務預算。也就是說，高等學校應當把學校的財務預算與部門預算有機地統一起來，嚴禁把高校校內預算與部門預算割裂開來，或把部門預算當作應付財政部門和主管部門的需要。只有把部門預算作為學校預算年度執行的校內預算來認真對待、認真編制，才能保證部門預算制度得到貫徹實施，也才能真正樹立起預算的權威性和嚴肅性。
