企業內部控制是指企業為保證其經營行為不偏離其目標，運用控制論中的平衡偏差原理，對企業經營管理活動進行調節、溝通和約束的過程。內部控制制度（以下簡稱內控制度）為基礎的審計是通過對被審計單位內控制度的審查、分析測試、評價，確定其可信程度，從而對制度產生的結果做出鑒定的一種現代審計方法。
一、企業內控制度審計的內容
1．內部審計制度
內部審計是經濟制度改革的產物，越是經濟搞活，越需要加強內部審計。內審已經成為現代企業管理的一個必不可少的組成部分。建立健全內部審計制度，這是改革和開放發展的內在需要，通過加強內審監督，可減少或避免出現違法亂紀，起到“把關”和“保駕”的作用。
2．建立責任控制制度
指以單位內部各部門、層次及人員之間的經濟責任為中心的控制制度。一是工作崗位責任制度，即從領導到職工按工作崗位確定的責任和權力；二是各部門、各層次的責任制，它的對象不是個人，而是部門按各自的職能任務和性質劃分的職權，各司其職，各行其權，各盡其責。這里最重要的是既要充分發揮職能機構的作用，又要做到密切協作，通力合作。
3．業務處理程序控制制度
指單位內部為全面實現經營管理目標，通過制定標準程序及實施要求，達到有效控制、取得企業最大的經濟效益。它一般由三個方面組成：一是生產經營質量控制制度，它主要圍繞作業過程和生產經營質量與勞動效率等方面進行；二是進行業務結算手續控制制度，指經營管理活動中各環節必須履行的手續控制制度規定，如：對外合同審批，采購供應環節中的計劃、審批、采購、驗收、保管、付款、記錄和復核各步驟手續是否健全合規；三是經營管理程序控制制度。如上述采購環節各步驟必須分別是由生產部門、業務部門、采購部門、倉儲部門、財務部門逐一完成。
4．會計控制制度
指財會部門為了保證經濟活動的正常進行、財產安全完整和會計資料的正確可靠而制訂的各種財務處理規程和防范措施與辦法。會計控制制度是企業內部控制制度的核心部分。它包括：（1）人員的分工負責制。（2）資金收付程序控制制度。（3）嚴格的會計憑證、會計賬薄記錄制度和會計報表編制報告制度。（4）財產和憑單控制制度。
5．內部牽制制度
主要指財經業務處理要做到相互制約和監督所制訂的處理程序和控制措施。其核心要求是任何會計事項都必須經過兩個以上部門或人員處理。如會計與出納分管、賬物分管、審批與經辦分管等。這種利用職務分工進行相互牽制的制度，也是判斷組織責任控制手段功能是否健全的主要標志。
二、企業內控制度審計的程序
企業內控制度審計程序的建立，大體可分為四個階段，即：健全性測試階段、符合性測試階段、實質性測試階段、全面評價階段。
1．內控制度的健全性測試階段
主要是了解被審計單位的基礎情況，這是審查內控制度的第一步。其方法步驟是：首先查閱收集資料，了解被審單位基本情況，包括單位性質、組織機構、經營范圍、各種內控制度、業務處理程序和手續等；其次，將上面了解的情況，應用記述法、調查表法、流程圖法，把被審計單位的內控制度直接描述出來，了解其健全程度和完整程度；最后，匯總調查結果，確定符合性測試的人員分工，重點和方法等。 2．內控制度的符合性測試階段
進一步檢查內控制度在實際經濟活動中是否得到貫徹執行，執行程度如何，其中有何缺陷和薄弱環節，確定被審計單位內控制度可信賴程度，以確定下一階段實質性測試的范圍、重點和方法。測試的過程，就是對調查結果進行查證核實的過程。進行符合性測試的方法主要有憑證測試、實地測試、實驗測試三種。
3．內控制度實質性測試階段
就是對被審計單位內部會計處理程序發揮作用程度的測試。其目的是為了驗證內部會計處理程序發揮作用下所產生會計數據的可信性，從而揭示內控制度的實質問題，以便審計人員據以做出審計結論。這一階段，通過對內控制度的調查、測試和評價，給予信賴的，則實質性測試份量和程度就可以相對減少；反之可定為審計重點，并增加實質性測試的份量和程度，找出問題所在，收集審計證據，確定性質，以便對被審計單位內控制度做出切實、全面、公正、準確的評價結論。
4．全面評價階段
在實質性測試結束后，根據其測試結果，編寫審計報告，對被審計單位內控制度的健全性、合理性、合法性、可行性、有效性做出全面評價，既要肯定成績，又要指出不足，并提出具體切實可行的審計建議，以據此改進工作，完善內控制度，促進企業提高經濟效益。
三、建立和完善內控制度審計工作中要重點解決的幾個問題
在建立和完善企業內部控制審計工作中，應注意：
1．企業遵循的基本原則
一是合法性原則；二是全員管理原則，內部會計控制應當約束單位內部涉及工作的所有人員，任何個人都不得擁有超越內部會計控制的權利；三是全面性原則；四是動態性原則，內部會計控制規范建設應隨外部市場環境變化，不斷修訂和完善；五是成本效益原則，內部會計控制應以合理的控制成本達到最佳的控制效果。
2．推行職務不相容制度，杜絕公司高層管理人員交叉任職
交叉任職主要體現在董事長和總經理由一人兼任，董事會和經理層人員重疊。這種交叉任職的后果是董事會與管理層之間權責不清，制衡力量弱化。資金調撥、資產處置、對外投資等方面出現的決策失誤往往在于交叉任職，董事會缺乏獨立性。因此內部會計控制系統的構建首先要在組織機構設置和人員配備方面做到董事長和總經理分設，董事會和經理層班子分設，避免人員重疊。
3．突出董事會在建立和完善內部控制系統中的核心作用
我國公司制企業的董事會在內部控制體系中嚴重缺位，這對改善內控環境是極為不利的。要改變這種狀況，首先要強化董事會在公司治理結構中的主導地位，突出董事會在建立和完善內部會計控制體系中的核心作用。其次實行獨立董事制度，通過對董事會這一內部機構適當外部化，引入外部獨立董事，以期對內部人形成一定的監督制約力，設立專門委員會，從而加強內部管理和控制。
4．在內部控制的監督上，克服重程序監督，輕對內部人監督的傾向
當前，許多企業在內部控制上只是強調對審批程序的監督，而不論人做得對不對，只要有人簽字，就算控制監督到位了。因此，在內部會計控制的監督上，必須堅決克服重程序監督，輕對內部人監督的傾向，真正做到三個加強。一是加強對企業法定代表人的內部控制監督；二是加強對企業部門管理的控制監督；三是加強對關鍵崗位管理人員的控制監督，從而建立健全企業內部會計控制的監督機制。
5．科學設置內部審計機構，強化對內部會計控制的再監督
內部審計既是內部控制一個組成部分，又是內部控制的一種特殊形式。內部審計機構通過對企業經營活動和內部控制系統進行獨立評價，以確定既定的政策和程序是否貫徹，建立的標準是否遵循，資源的利用是否有效，單位的內控目標是否達到，并負責向企業最高管理當局提出建議和報告。就科學設置內部審計機構而言，內部審計機構應對董事會（而不是對總經理）負責，接受監事會指導，并能夠完善監事會監督功能并對董事會在一定程序上產生制衡作用
