一、現行環境稅收制度存在的問題
（一）資源稅。
現行資源稅存在的主要問題有：（1）定位不合理。對自然資源征稅，可分為一般資源稅和級差資源稅兩種。我國資源稅定位于調節級差為主，這樣的定位不利于將資源開采的外部成本內在化，與環境保護無關，達不到遏制資源浪費的目的；（2）征收范圍小。資源稅的征收范圍只限于礦產品和鹽，而具有重大生態環境價值的大部分非礦產資源——水、森林、草原、灘涂等卻長期處于稅收調節之外。這不僅導致了過度消耗和嚴重浪費，而且使后續產品的比價極不合理；（3）單位稅額設計不合理。過低的資源稅單位稅額既違背了價值規律，又造成了資源的盲目過度開采；而且納稅人具體適用的稅額取決于資源的開采條件，與開采對環境造成的影響無關；（4）計稅依據不合理。現行資源稅對資源的銷售數量或使用數量征稅，而對已經開采而未銷售或使用的不征稅，直接導致了資源的無序開采，造成大量資源的積壓和浪費。
（二）流轉稅。
現行增值稅存在的主要問題有：（1）低稅率問題。為了增值稅的稅收優惠而對煤氣、石油液化氣、農膜、農藥等產品實行的低稅率，不利于環境的保護；（2）稅負問題。循環利用資源的企業原材料成本低，增值部分所占比重較高，稅負較重；且從民間和小規模納稅人收購的廢舊物資，進項稅額均不能抵扣，加重了企業的稅收負擔；（3）優惠政策不到位。當前增值稅即征即退、減半征收的優惠政策只集中在生產電力、水泥、新型墻體材料方面，還有很多循環經濟的鏈條及相應產品沒有涉及。
現行消費稅存在的主要問題有：（1）征稅范圍太窄。一些容易給環境帶來污染或者導致環境資源嚴重浪費的消費品仍沒有列入征稅范圍，如電池、氟利昂、化肥、一次性塑料袋、一次性餐盒以及煤炭等；（2）有些稅率太低。過低的稅率只能對市場發出要限制使用的信號，而不能起到規范引導消費行為的作用；（3）優惠政策不到位。消費稅中對使用新型能源或者可再生能源的車輛的優惠政策不到位，難以達到激勵使用新型能源的目的。
（三）其他稅。
1、城市維護建設稅。城市維護建設稅依附于“三稅”，稅基極不穩定，收入規模占稅收總量比例較低，難以籌集城建維護所需的資金。另外，城建稅只對繳納“三稅”的內資企業和個人征收，造成內外資企業的稅負不公，同時也造成一些污染產業在我國的集聚。
2、車船稅。車船稅的設計本身不具有循環經濟方面的意義。機動車船按輛或載重噸位征收，對由于性能、油耗和尾氣排放量的不同對環境損害程度的差異等因素不予考慮，對能源的消耗量和廢氣的排放量關聯程度較低，納稅人的稅收負擔與車輛對環境的污染程度沒有關系。
3、土地稅。土地使用稅征收范圍僅限于城市、縣城、建制鎮和工礦區，而且稅率較低。由于農村土地不征稅，不少城內企業紛紛遷往農村，大量占用農用地，特別是耕地。耕地占用稅的征收范圍也較窄，稅率也較低。
（四）排污收費制度。
我國目前還沒有開征環保稅，實施了二十多年的排污收費制度雖然提高了治理污染的能力，加強了環保系統的能力建設，但還存在很多的缺陷。
1、立法層次低，征管不到位。排污收費沒有被納入稅法體系中，立法層次低，權威性差，在實施過程中遇到較多困難，征收乏力，隨意性很大。另外，排污收費缺乏有效地監督，收費用途不明確。
2、征收范圍小。排污收費主要針對污水、廢氣、固廢、噪聲和放射性廢物等五大類。像生活垃圾、污水、工業廢棄物等沒有納入征收范圍。而且主要針對部分企事業單位，第三產業和鄉鎮企業只部分實行，居民生活污染物排放基本未實行。
3、征收標準低。從理論上講，收費標準不能低于治理污染的成本，否則，污染單位寧肯交排污費也不愿花資金治理污染。而我國目前的排污收費標準，遠遠低于排污單位污染排放治理設施的運行成本。此外，由于費率的調整很少或多年才調整一次，通貨膨脹降低了排污費的真實水平。
4、收費依據不合理。排污收費制度主要根據污染物排放濃度超標收費，沒有考慮污染物的排放量，且僅對污染體濃度最高的一種污染物收費。這種收費減弱了企業在標準下進行污染削減和污染控制技術創新的動力，也導致了對污染排放濃度稀釋或污染物替代，結果環境污染更嚴重。
二、改革現行環境稅收制度
（一）資源稅
在合理定位資源稅普遍征收性質的同時，做到以下幾點：（1）擴大征稅范圍。基于我國自然資源短缺、利用率低等現象，資源稅應起到全面保護資源，提高資源利用效率的作用。因而，應將資源稅的征稅對象擴大到土地、海洋、森林、草原、灘涂、淡水和地熱等資源；（2）調整計稅依據。資源稅的計稅依據可由銷售數量或自用數量調整為開采數量或生產數量，這樣可以防止資源的無效開采和使用浪費；（3）適當提高單位稅額。尤其對不可再生、不可替代和稀缺的資源應該課以重稅，適當拉大級距；（4）改變計征方法。根據資源的不同特點，可以考慮實行從量定額、從價定率和復合計稅三種計征方法。如對鐵、煤、石油等非再生金屬和非金屬礦產品實行復合計稅辦法，即先在開采或生產環節從量計征，以后在銷售環節再從價計征。
（二）流轉稅
1、增值稅。首先，對農藥、煤氣、農膜等對環境危害較大的產品按17%的基本稅率征稅。為了保證農民的利益，可以運用財政補貼等手段；其次，減輕企業的稅收負擔。凡列入《國家重點鼓勵發展的產業、產品和技術目錄》的產品都實行13%的低稅率，并按照資源循環利用的程度給予一定時期的減免稅優惠。同時，放寬廢舊物資進項稅額抵扣條件，以實現循環經濟的稅收優勢。
2、消費稅。首先，擴大征收范圍。對資源消耗量大且無法再回收利用的和環境污染嚴重的消費品和消費行為納入征收范圍，如一次性塑料袋、一次性紙尿布、高檔建筑裝飾材料、煤炭、電池等；其次，適當提高一些應稅消費品的稅率，達到減少消費的目的；再次，對符合一定節能標準的產品給予一定的稅收減征優惠，以鼓勵消費。
此外，通過調整部分進出口稅收政策，對國內資源的出口和嚴重污染環境或預期污染環境又難以治理的產品進口進行有效的防治，充分發揮綠色關稅的壁壘作用。
（三）其他稅
1、城市維護建設稅。開征獨立的城建稅，改變其附加稅的性質，并適度提高市區以外地方的稅率。另外，外商投資企業和外國企業及個人也征收城建稅。
2、車船稅。車船稅應加入保護環境的因素。對不同能源消耗量或排氣量的機動車船規定不同的征稅額度，實行差別征收。并對使用新型能源或可再生能源的車船給予稅收優惠。
3、土地稅。擴大土地使用稅的征收范圍到農村，并大幅度提高相應稅率，以充分體現土地資源的稀缺性。擴大耕地占用稅征收范圍，把占用濕地的行為納入征稅范圍，并適當提高稅率。
三、適時開征環境保護稅
排污收費制度無論是從立法層面、執行層面，還是作用效果都存在一定的問題。我們應該借鑒國際經驗，適時開征環境保護稅。基本思路如下：
（一）課稅對象。課稅對象的選擇應該具有普遍性，凡是現在或預期對環境造成污染的行為或產品都應該納入其中。具體可以借鑒國際經驗，分階段、分步驟地對廢氣、廢水和固體廢棄物征稅。廢氣主要包括二氧化硫稅和碳稅，廢水主要包括工業廢水、生活污水和農業廢水及其他有害液體排放物，固體廢棄物主要包括工業廢棄物、農業廢棄物和生活廢棄物。
（二）納稅人。根據國際慣例，凡是對環境造成一定污染的單位和個人都有繳納環保稅的義務。但是在稅收實踐中，考慮征收效率、控制稅源等因素，納稅人可定為從事應稅排污行為的企業、企業性單位和個體經營者，對行政事業單位和居民個人可暫不征收。
（三）稅基。稅基可以選擇污染物的實際排放量，在排放量難以確定時，可以根據生產能力及實際產量等指標測算出排放量。這樣主要考慮與排污收費制度銜接，有利于平穩過渡。另外，體現了“誰污染、誰付費”原則，有利于企業自主選擇合適的治污方式，引進治污設備。
（四）稅率。稅率是稅制設計的關鍵。首先，稅率不能太低，應該高于現行排污收費的水平；其次，稅率要有彈性，區分不同地區、不同部門、不同企業和不同污染程度；最后，考慮到廢棄物排放的特點以及稅制的簡化和便利，應實行定額稅率。
（五）征收管理。首先，按屬地原則確定稅收管轄權，并確定為中央和地方共享稅；其次，在征管模式上，明確稅務部門和環境保護部門的職責分工和協調配合；最后，在征收方法上，可選用自行申報法、源泉扣繳法和定額征收法等方法。
總之，為了經濟和社會的可持續發展，必須構建以環境保護稅為主，以各個相關稅種為輔的環境稅收體系。
