預算管理是財政管理的首要環節，也是從源頭上防范財政風險，提高財政運行質量的平衡保障機制。鄉財縣管模式下，如何正確運用《預算法》推進和規范鄉鎮財政預算管理，是縣鄉政府及其財政部門需要探討的一個重要課題。
第一，鄉鎮財政預算管理存在的問題，主要表現在以下方面：
一是在預算編制上，由于缺乏實事求是的態度，收支平衡原則難以與收支結構的具體實際有效地結合起來。主要表現為：以支定收替代量入為出，“政績”所需替代科學合理，風險隱瞞替代風險防范，包攬過寬替代確保重點。
二是在預算執行上，由于缺乏全局觀念整體思路，收支管理原則難以與增收節支的具體實際有效地結合起來。主要表現為：收入隨意減免，支出隨意追加，致使預算結構變動、預算次級混淆。
三是在預算監督上，由于缺乏健全的監管機制制度保障，監督管理原則難以與防范財政風險的具體實際有效地結合起來。主要表現為：事前監督缺少指導性，事中監督缺少針對性，事后監督缺少約束性。
第二，針對上述存在的問題，要求鄉鎮財政的預算管理必須以建設農村公共財政體系為目標，以政府收支分類和部門預算管理改革為導向，以綜合預算和國庫集中支付為途徑，以縣鄉聯網監管為手段，硬化基本支出，優化項目支出，細化公用支出，強化預算約束。為了保證上述思路的順利實行，在日常工作中應嚴格按規定把住“五關”：
一是把住預算編制環節的可行性論證關。為了提高鄉鎮財政年度綜合預算計劃的編制質量，規范收支項目設置，在統一設置收支項目過程中，項目設得越細越具體（即子目以下的目級科目），就越能提高預算計劃的準確性、合理性和可操作性。鄉鎮財政在起草年度綜合預算計劃時，必須深入調查論證市場因素、政策因素、存量資產因素、可能發生的自然災害因素、收支結構因素等對財政收支的影響，提倡鄉鎮部門、站所參與預算方案的籌劃，盡最大限度減少預算計劃中的水份。
二是把住預算審批的法定程序關。為了提高預算執行方案的嚴肅性和權威性，要求每年前兩個月，各鄉鎮財政所起草年度財政綜合預算計劃書并報鄉鎮主要領導，由鄉鎮領導召集有關部門、站所召開預算計劃通報會，對當年財政收支計劃的測算程序和依據先行說明，并征求各站所的意見，對不切實際的開支進行合理調整。2月底3月初，鄉鎮財政所根據草擬的預算方案，編制《鄉鎮財政年度綜合預算計劃》報縣財政局審核，縣鄉財政局按照設定的方式和標準，逐一審核各鄉鎮的收支計劃并提出修改意見，然后返回審核（調整）修改稿。各鄉鎮根據縣鄉財政局的修改意見進行更正，形成正式預算（草案）提交鄉鎮人民代表大會（主席團）審議批準。鄉鎮財政的預算方案經鄉鎮人民代表大會（主席團）批準后，由鄉鎮財政所及時下達到各部門、站所，同時報縣財政局備案。
三是把住預算執行過程的順序進度關。年初就要把經審核、審議批準的鄉鎮財政年度綜合預算指標，如實錄入鄉財縣管財務軟件“預算管理系統”的“指標管理模塊”中，嚴格按照規定的順序完成收支進度。在收入管理方面，國地兩稅由其兩稅征管部門依法及時、足額征收且直繳國庫，按月向縣財政局和鄉鎮財政所報送收入進度表。鄉鎮取得的契稅、耕地占用稅和基金預算（預算外）收入，必須按照“鄉財鄉用縣管實施辦法”的有關規定，及時足額繳入縣級“結算專戶”進行核算。在支出撥付方面，先保基本支出、對個人和家庭補助支出、村級轉移支付、公用支出；其次為項目支出、鄉鎮其他支出。對鄉鎮在編人員的基本工資、津補貼、社保、醫保、住房公積金等基本支出，按照有關程序和文件規定，全部由國庫直撥到相關銀信機構計入個人賬戶，不編制分月用款計劃。對鄉鎮差額撥款人員的不足部分以及對個人和家庭補助支出、村級轉移支付、公用支出、項目支出、鄉鎮其他支出等，由鄉鎮財政所編制分月用款計劃，經縣鄉財政局審批后，從鄉鎮財政所的“基本結算專戶”撥付到鄉鎮政府機關的“支出專戶”按規定支付，有條件的地方可全部實行銀行代發。
四是把住預算調整審批關。鄉鎮財政的年度綜合預算計劃批準后，一般不予調整。如果發生短收或者增支因素，使原收支平衡的預算執行可能出現赤字，則需要調整預算。確應調整預算的，必須先報縣財政局審核，調整數額較大的，還必須向縣政府報告，然后再報鄉鎮人大批準。
五是把住決算審核監督關。決算審核監督的目的，主要是檢驗鄉鎮政府及其有關部門年度預算執行結果的真實性與合法性，規范鄉鎮財務收支行為，堅決制止新的赤字債務發生。為了做到預算監管與債權債務監管“雙管”齊下，尤其是對債權債務的監管，具體做法是，針對聯網管理模式下舉債業務難以完全控制的新情況，通過改善財務軟件的模塊結構，把凡屬與債權債務有關的業務類型和具體科目，歸類并調制到專設的“舉債控制賬套”中實行集中控管，取消鄉鎮對所有債權債務科目發生額的審批權，從賬務處理的源頭防范擅自舉債業務的發生。
